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国家自然科学基金(30870572)

作品数:3 被引量:65H指数:2
相关作者:宁康陈挺王晓君孙政苏晓泉更多>>
相关机构:中国科学院清华大学更多>>
发文基金:国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
相关领域:医药卫生自动化与计算机技术更多>>

文献类型

  • 3篇中文期刊文章

领域

  • 3篇医药卫生
  • 1篇自动化与计算...

主题

  • 2篇微生物
  • 2篇微生物群落
  • 1篇单细胞
  • 1篇医学图像
  • 1篇生物医学
  • 1篇数据挖掘
  • 1篇图像
  • 1篇细胞
  • 1篇基因
  • 1篇基因组
  • 1篇基因组学
  • 1篇PROTOC...
  • 1篇TRADIT...
  • 1篇WAN
  • 1篇BIOLOG...
  • 1篇大数据
  • 1篇INGRED...
  • 1篇INGRED...

机构

  • 2篇中国科学院
  • 1篇清华大学

作者

  • 2篇宁康
  • 1篇苏晓泉
  • 1篇陈挺
  • 1篇孙政
  • 1篇王晓君

传媒

  • 1篇科学通报
  • 1篇遗传
  • 1篇Genomi...

年份

  • 2篇2015
  • 1篇2014
3 条 记 录,以下是 1-3
排序方式:
元基因组学及其在转化医学中的应用被引量:1
2015年
微生物群落遍布于人体的每个角落,与人共生并对人体健康产生重要和深刻的影响。与人类共生的全部微生物的基因组总和称为"元基因组"或"人类第二基因组"。研究人体微生物群落及相关元基因组数据,对转化医学领域的基础研究和临床应用具有重要的价值。通过对生物医学相关的高通量元基因组数据进行分析,不仅能为基础医学研究向医学临床应用转化提供新思路和新方法,而且具有广阔的应用前景。基于新一代测序技术产生的数据,元基因组分析技术和方法能够弥补以往人体微生物先培养后鉴定方法的缺陷,同时能有效鉴定和分析微生物群落的组成及功能,从而进一步探究和揭示微生物群落与机体生理状态之间的关系,为解决许多医学领域的难题提供了全新的切入角度和思维方法。文章系统介绍了元基因组研究的现状,包括元基因组的方法概念和研究进展,并以元基因组在医学研究中的应用为着眼点,综述了元基因组在转化医学方面的研究进展,进一步阐述了元基因组研究在转化医学应用领域中具有的重要地位。
陈嘉焕孙政王晓君苏晓泉宁康
DNA Extraction Protocol for Biological Ingredient Analysis of Liuwei Dihuang Wan被引量:5
2014年
Traditional Chinese medicine (TCM) clinical practice. So far, the methods commonly preparations are widely used for healthcare and used for quality evaluation of TCM preparations mainly focused on chemical ingredients. The biological ingredient analysis of TCM preparations is also important because TCM preparations usually contain both plant and animal ingredients, which often include some mis-identified herbal materials, adulterants or even some biological contaminants. For biological ingredient analysis, the efficiency of DNA extraction is an important factor which might affect the accuracy and reliability of identification. The component complexity in TCM preparations is high, and DNA might be destroyed or degraded in different degrees after a series of processing procedures. Therefore, it is necessary to establish an effective protocol for DNA extraction from TCM preparations. In this study, we chose a classical TCM preparation, Liuwei Dihuang Wan (LDW), as an example to develop a TCM-specific DNA extraction method. An optimized cetyl trimethyl ammonium bromide (CTAB) method (TCM-CTAB) and three commonly-used extraction kits were tested for extraction of DNA from LDW samples. Experimental results indicated that DNA with the highest purity and concentration was obtained by using TCM-CTAB. To further evaluate the different extraction methods, amplification of the second internal transcribed spacer (ITS2) and the chloroplast genome trnL intron was carried out.
Xinwei ChengXiaohua ChenXiaoquan SuHuanxin ZhaoMaozhen HanCunpei BoJian XuHong BaiKang Ning
生物医学大数据的现状与展望被引量:59
2015年
生物医学是一门新兴的前沿交叉学科,它综合了医学、生命科学和生物学的理论和方法而发展起来.近年来随着先进仪器装备与信息技术等越来越广泛和深入的整合到生物技术中来,生物医学研究中越来越频繁的涉及到大数据存储和分析等信息技术.大数据时代的来临对生物医学研究产生了重大影响.其中,一个重要发展趋势就是由假设驱动向数据驱动的转变.数十年来分子生物学水平上的实验目的是获得结论或者是提出一种新的假设,而现在基于海量生物医学大数据,可以对海量数据的研究来探索其中的规律,直接提出假设或得出可靠的结论.随着先进的生物分析技术的不断推出和更新,生物医学数据迅速积累.基于此类大数据一些以往不能解决的问题将有望解决,同时相关生物医学研究的新问题也层出不穷.生物医学相关的大数据技术和相关应用主要包括:基于高通量测序的个性化基因组、转录组和蛋白组研究,单细胞水平基因型和表型研究,人类健康相关微生物群落研究,生物医学图像研究等.相关生物医学大数据分析任务均具有着数据密集和计算密集的双密集性特点.要充分地利用这些大数据解决一系列生物医学问题,迫切需要高通量、高效率、高准确性的生物信息存储和分析策略.本文总结和回顾生物医学大数据的生成、管理和分析相关的一系列问题,其中重点讨论人体微生物群落、单细胞表型和基因型、生物医学图像等新近出现的生物医学大数据形式,以及相关数据分析和应用前景等.基于目前生物医学大数据的现状我们可以发现,生物医学大数据的研究正处于蓄势待发状态:适应于生物医学大数据的软硬件平台、大数据存储、大数据分析挖掘等方法等还不成熟,制约着生物大数据的研究.然而一旦相关研究获得突破并有所优化和应用,将会全方位地支撑�
宁康陈挺
关键词:生物医学大数据微生物群落单细胞医学图像数据挖掘
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