国家自然科学基金(30900045)
- 作品数：3 被引量：12H指数：3
- 相关作者：曾永辉吴灶和简纪常鲁义善陈晓洁更多>>
- 相关机构：广东海洋大学仲恺农业工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 环境16S rDNA和16S rcDNA序列分析湖光岩玛珥湖的浮游细菌组成被引量：3
- 2013年
- 通过提取环境总16S rDNA和总16S rRNA分别构建DNA克隆文库和反转录cDNA文库,并进行克隆测序和序列分析,探讨湖光岩玛珥湖浮游细菌和浮游活性细菌的遗传多样性。结果表明：构建两个水层的4个克隆文库,即1 m和10 m水层总菌的16S rDNA文库和总活性菌的16S rcDNA文库,共获得413条序列,分属15门、32目、52科;1 m水层的rDNA文库与rcDNA文库中Verrucomicrobia类群所占比例最大（36.8%和32.1%）,其次为Alphaproteobacteri（a 15.1%和16%）和Betaproteobacteri（a 17.9%和16%）;在10 m水层的2个文库中,Alphaproteobacteria类群均占绝对优势,分别为63.5%（rDNA）和43.8%（rcDNA）,其次为Verrucomicrobia（11.5%和14.3%）,其他细菌类群包括Acidobacteria、Chloroflexi、Firmicutes、待定门OD1、Planctomycetes、Spirochetes和Deltaproteobacteria,比例在0.8%~3.8%之间;在科的水平上,SAR11为湖光岩玛珥湖最为丰富的类群,占总克隆数的26.9%,其中在10 m水层的比例高达51.5%。序列同源性分析表明,绝大多数序列（89.8%）来源于新种,其中19.6%的序列可能来自于新属,69%的序列可能来自于全新的科。湖光岩玛珥湖浮游细菌群落结构较为独特,有大量的浮游细菌种类尚未获得相应的纯培养物,蕴含着丰富而新颖的微生物资源。
- 秦青英曾永辉郭倩茹简纪常鲁义善吴灶和
- 关键词：湖光岩玛珥湖浮游细菌RRNA系统发育分析
- 湖光岩玛珥湖可培养浮游细菌的BOX-PCR图谱及生物多样性分析被引量：4
- 2011年
- 玛珥湖是一类具有独特地质构造特征的火山口湖泊,目前国内外对玛珥湖内微生物多样性的研究还鲜有报道。为了解具有典型玛珥特征的湖光岩湖泊中可培养浮游细菌的种群资源特征,采用盒式PCR(BOX-PCR)筛选技术,通过通用贫营养和原位湖水培养基研究在冬夏两季各水层内获得的可培养细菌种群的差异。结果表明:不同培养基在不同水层上表现的细菌数量的变化相一致,为夏季的5 m>1 m>13 m,冬季的1 m>5 m>13 m,变形菌占据优势地位,其它为放线菌、厚壁菌和拟杆菌;两类培养基上所获培养菌BOX-PCR图谱的多样性相似,但菌群结构不同;而细菌多样性在季节上的变化表现为冬季高于夏季,这与相关湖泊内细菌微生物多样性在夏季会发生减少的特点相似;相同季节同一水层上不同培养基上获得的培养菌门类不同,表明此类通用性培养基在培养该环境微生物中的局限。研究的结果为探讨此类型湖泊微生物多样性与环境的关系及分离该环境下特定微生物菌株提供参考。
- 纪建达吴灶和曾永辉董亭亭鲁义善简纪常
- 关键词：细菌多样性BOX-PCR
- 玛珥湖好氧不产氧光合细菌pufM基因DNA和mRNA的定量及多样性分析被引量：6
- 2012年
- 【目的】湖光岩玛珥湖是一类特殊的火山口湖,它完全封闭,地质年代久远,尚未受人类活动的剧烈影响,孕育着丰富而特殊的微生物种群。好氧不产氧光合细菌(AAPB)是以其在有氧情况下能行使光合功能而定义的一类专性异养细菌,其生理生态特征独特,进化年代久远,在水生生态系统的上层水体中广泛分布。目前,AAPB在玛珥湖水体中是否有分布仍是未知。【方法】构建和比较夏季湖水1 m、5 m、12 m三个水层的总DNA和总RNA的AAPB光合中心合成的关键基因pufM的6个克隆文库,并结合定量PCR技术,分析了不同水层AAPB的分布、系统发育多样性及其在总细菌中的比重。【结果】6个文库覆盖率和稀释曲线显示样本初步揭示了各水层优势AAPB类群的多样性。BLAST核苷酸同源性介于80%93%;多样性指数表明,湖光岩表层和底层多样性相当,中间层最低,总RNA的多样性高于总DNA。系统发育分析结果表明,OTU21 24所含的序列(占总序列的49.43%)与β-变形细菌的进化距离最接近,是湖光岩玛珥湖的优势AAPB菌群。定量PCR结果显示1 m水层中AAPB在总细菌中的比重最高,可达38.06%;而5 m水层中AAPB所占的比重最低,仅为0.85%;12 m为9.54%。【结论】湖光岩玛珥湖孕育着丰富而多样的AAPB类群。
- 陈晓洁曾永辉简纪常鲁义善吴灶和
- 关键词：多样性荧光定量PCR系统发育分析
