湖南省自然科学基金(10JJ2018)
- 作品数：5 被引量：92H指数：4
- 相关作者：韩文军文亚峰徐刚标谢伟东王利宝更多>>
- 相关机构：中南林业科技大学广西大学更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金湖南省教育厅重点项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 微卫星标记中的无效等位基因被引量：44
- 2013年
- 微卫星标记以其独有的优点广泛应用于遗传学研究,但无效等位基因(nullalleles)的存在与潜在影响是其最大缺陷之一,在研究工作中并未得到足够重视。本文在综述国内外相关文献的基础上,明确了微卫星无效等位基因的概念与特点,对其可能的产生原因、频率估算方法、相关分析软件及其对群体遗传学、亲本分析等研究结果的影响进行述评,以期对无效等位基因有较为全面、深入的了解。微卫星无效等位基因的产生与SSR侧翼序列的变异(点突变、插入或缺失)及引物结合位点有关,其与同工酶标记中的无效等位基因有本质区别,并非基因本身的自然属性。虽然微卫星无效等位基因具有普遍性、复杂性和隐匿性等特点,但完全可以通过Hardy-Weinberg平衡检验、亲子代基因型分析和重新设计引物等方法认识、检测并估算其频率。无效等位基因会对遗传学相关研究结果造成显著影响,如降低群体遗传多样性,加大群体间遗传分化;降低亲本分析排除率,甚至可能造成亲本分析结果的错误与混乱。今后研究工作中,我们应对无效等位基因予以足够重视并谨慎对待,从标记位点选择、无效等位基因数据调整及重新设计引物分析等多个方面尽可能减少和避免其影响,以获得最真实的分析结果。
- 文亚峰Kentaro Uchiyama韩文军Saneyoshi Ueno谢伟东徐刚标Yoshihiko Tsumura
- 关键词：微卫星标记等位基因频率
- 杉木转录组SSR挖掘及EST-SSR标记规模化开发被引量：34
- 2015年
- 【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据（Accession：SRX151872）从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMi B软件批量挖掘SSR位点;利用四色荧光标记通用引物多重PCR（multiplex-PCR）技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 bp,平均长度884 bp。得到2 156个SSR位点,分布于1 822个contigs中,其中256个contigs中包含1个以上SSR位点,复合型SSR数量为118个,SSR平均分布密度为68.4个/Mb。不同SSR重复单元（motif）中,三核苷酸SSR重复单元数量最多,占总数的41.7%。批量引物设计得到1 582个有效位点的引物对,占SSR位点总数的73.4%。利用四色荧光标记通用引物多重PCR检测技术,对35个候选标记位点进行多态性检测,其中28个位点具有多态性,多态性位点比例达到80%,检测位点多态信息含量（PIC）平均值为0.573,表明所开发的EST-SSR位点具有很高的多态性。PCA分析结果表明,28个EST-SSR多态性位点具有很强的鉴别杉木不同地理种源,甚至同一种源不同单株的能力。【结论】将转录组SSRs挖掘和四色荧光标记通用引物多重PCR技术相结合,成功建立杉木EST-SSR高效开发流程和方法,得到较多高质量的EST-SSR标记位点,这些位点已用于后续杉木遗传多样性保护研究。与传统SSR标记位点开发技术相比较,转录组海量序列为高质量多态性位点的选择可提供充足的数据保证。四色荧光标记通用引物基因分型结果清晰、稳定可靠,不但试验成本仅为原来的10%-15%,而且结合多重PCR扩增技术,可使试验效率提高5-6倍。新方法的建立和应用不仅能促进杉木
- 文亚峰韩文军周宏徐刚标
- 关键词：杉木微卫星标记EST-SSR转录组
- 杉木叶绿体微卫星及其单倍型变异分析被引量：2
- 2014年
- 杉木是我国南方重要的用材林树种,但其分子标记开发滞后于其他树种。文章利用种(属、科)间扩增法,从来源于黑松、日本柳杉等的21个叶绿体微卫星(SSR)位点中为杉木筛选适合的标记。结果表明:候选标记位点中有10个能够成功扩增,其中2个位点(CJCP1m_004和CJCP2m_002)具有多态性,其单倍型数量(A)分别为2和6,多样性指数(H)为0.233和0.733。多态性位点的单倍型序列分析结果表明,源于日本柳杉的CJCP2m_002在杉木中属高变异位点,其SSR重复单元类型为(AT)n··(T)n,不同于来源物种的重复单元类型(AT)n。筛选得到的叶绿体微卫星(SSR)标记在杉木分子遗传学研究中具有重要用途。
- 文亚峰韩文军周宏
- 关键词：杉木单倍型多态性位点
- 杉木不同世代育种群体的遗传多样性被引量：10
- 2020年
- 【目的】解析杉木不同世代育种群体的遗传多样性及其变化规律,检测育种群体的遗传结构及其基因流,为我国杉木长期育种和人工林可持续高效经营提供科学依据。【方法】利用核基因组和叶绿体基因组微卫星标记方法,对湖南攸县和广东乐昌2个国家级杉木良种基地的不同世代育种群体,共520份育种材料进行检测分析,比较2个基地育种群体的遗传多样性水平和群体遗传结构特征,分析不同世代育种群体的遗传多样性变化规律。【结果】核基因组SSR检测结果表明,杉木育种材料的总体遗传多样性为0.687,攸县和乐昌良种基地的育种群体都具有较高的遗传多样性,期望杂合度分别达到了0.678和0.667。随着育种进程的推进,2个基地高世代育种群体的遗传多样性均逐步降低,平均等位基因数从9.612(F 1)减少到8.750(F 2),乐昌组群F 3具有最小的等位基因数6.833;世代间期望杂合度的减少幅度小于6.46%。叶绿体基因组SSR检测结果显示,2个基地不同世代育种群体的遗传多样性变化趋势略有差异,随着育种进程的推进,攸县组群的遗传多样性逐渐增大,而乐昌组群呈先降后升的趋势。核基因组和叶绿体基因组SSR检测结果的差异既与不同基因组的进化模式有关,也与2个基地育种群体的数量和来源有较大关系。【结论】2个杉木良种基地育种群体保持了较高的遗传多样性水平。随着育种进程的推进,高世代育种群体的遗传多样性有逐步降低的趋势,世代间遗传多样性的减少幅度小于6.46%,表明我国杉木高世代育种策略和方法是科学有效的。
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- 关键词：杉木育种群体微卫星标记
- 杉木荧光标记通用引物多重PCR微卫星基因分型技术的建立与应用被引量：7
- 2016年
- 荧光标记通用引物基因分型技术以其经济、实用的特点在微卫星标记研究中得到了较多应用。但传统以M13为通用引物的方法存在非特异性扩增条带多、基因分型质量差等问题。为加快微卫星基因分型新技术的推广和应用,提高林木分子遗传学研究水平,本研究参照Blacket等的方法,并结合微卫星多重PCR(multiplex PCR)技术,成功建立了杉木(Cunninghamia lanceolata)荧光标记通用引物多重PCR微卫星基因分型技术体系。新方法的关键在于应用了4个具有较高退火温度的通用引物和QIAGEN誖Multiplex PCR试剂盒,它们能有效减少非特异性扩增条带的产生,多重PCR体系的优化简单、快捷。通常只需调整通用引物的浓度和PCR产物稀释倍数,就能获得清晰、稳定的基因分型结果。研究表明,新方法不仅大幅度降低了实验成本,而且显著提高了微卫星基因分型效率。利用该技术实现了杉木EST-SSR标记位点的规模化开发,并开展了杉木种子园育种材料遗传多样性研究。本研究新技术的建立和应用可为杉木分子遗传学研究提供技术保障,也对其他物种的相关研究具有重要的参考价值。
- 武星彤文亚峰韩文军周宏徐刚标
- 关键词：杉木微卫星荧光标记多重PCR
