国家自然科学基金(31371261)
- 作品数：3 被引量：11H指数：2
- 相关作者：欧竑宇谭之磊贾士儒毕德玺王静更多>>
- 相关机构：上海交通大学天津科技大学江西省科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 细菌基因组序列中ε-聚赖氨酸合成酶的生物信息学识别与分析被引量：3
- 2015年
- 【目的】ε-聚赖氨酸的合成由ε-聚赖氨酸合成酶(Pls)所控制,考察Pls在细菌中的分布和保守的序列特征。【方法】基于Pls的作用机制,在蛋白序列中识别与底物结合和缩合相关的结构域,以及决定底物特异性的氨基酸残基,进而在已测序基因组中预测Pls。【结果】发现110个已测序的基因组中编码113个预测的Pls,主要分布在放线菌中,也在两株革兰氏阴性菌中被发现。一些亲缘性较高菌株的Pls一致性较高。【结论】Pls在放线菌中可能广泛分布。Pls的腺苷化、巯基化和底物缩合结构域有相对较高的序列保守性,而跨膜结构域和Linker区相对不保守。
- 王静谭之磊毕德玺贾士儒欧竑宇
- 关键词：Ε-聚赖氨酸
- 基于Ⅱ型毒素–抗毒素系统构建ε–聚赖氨酸合成酶的链霉菌稳定表达载体
- 2019年
- 鉴于ε–聚赖氨酸収酵过程对抗生素压力条件的依赖,尝试基于Ⅱ型毒素–抗毒素系统(relBE2sca)构建无选择压力下稳定表达ε–聚赖氨酸的淀粉酶产色链霉菌表达系统:将抗毒素基因relB2sca与ε–聚赖氨酸合成酶基因pls克隆至表达载体,幵导入淀粉酶产色链霉菌pls缺失突变株,将毒素基因relE2sca整合至淀粉酶产色链霉菌的染色体(突变株YY3),获得包含ε–聚赖氨酸稳定表达的突变株YY1。经过多次传代,相比对照组,在不含抗生素压力条件下,突变株YY1依然能够稳定地合成ε–聚赖氨酸。毒素蛋白RelE2sca的表达会导致变铅青链霉菌、阿维链霉菌和链霉菌FR–008等常用链霉菌异源表达宿主的死亡,提示基于Ⅱ型毒素–抗毒素系统(relBE2sca)可作为一种通用的遗传标记。
- 周奕阳李鹏谭之磊邓子新贾士儒欧竑宇
- 关键词：链霉菌质粒稳定性
- 链霉菌基因组岛和次生代谢物合成相关的生物信息学工具及数据库被引量：8
- 2013年
- 随着DNA测序技术的进步,迄今为止已有12个链霉菌基因组被测序。面对海量组学的数据,急需采用生物信息学方法来大规模深度挖掘这些重要微生物资源,进而实现链霉菌资源挖掘和代谢潜力释放的深度互动。围绕链霉菌基因组比较分析中菌株特有的基因组岛和次生代谢物生物合成基因簇的识别及功能解析等两个常见问题,本文收集了近期开发的一些常用生物信息学工具和二级数据库。以链霉菌染色体核心区和两臂的划分、天蓝色链霉菌和变铅青链霉菌基因组岛的识别、卡特利链霉菌巨型质粒的鉴别为例,简介了这些生物信息学资源的使用方法。此外,还简述了我们课题组进行放线菌型整合性接合元件识别和开发硫肽生物合成基因簇预测新工具的一些尝试。生物信息学工具和二级数据库在链霉菌基因组比较分析中有重要作用,可将研究重点迅速地聚焦在某株菌的可移动遗传元件和次生代谢物生成基因簇上,确定其对应的菌株特有表型,及解析新型化合物生物合成和调控机理。
- 欧竑宇
- 关键词：生物信息学
