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双歧杆菌与产丁酸菌的相关性分析：基于随机对照干预研究及大人群横断面数据: 肠道菌群对人类健康和疾病的影响已经成为近年来人们关注的焦点，数量众多而功能不同的肠道菌群参与调控机体复杂的生理过程。双歧杆菌作为一种常见的益生菌，对人体生理功能发挥重要作用。可溶性膳食纤维不被人体消化道直接吸收，到达肠道...; 李杰; 关键词：肠道菌群双歧杆菌可溶性膳食纤维代谢产物

基于肠道菌群结构预测摄入益生元后双歧杆菌的变化趋势被引量：6: 2018年; 目的研究益生元干预对肠道菌群的影响,基于肠道菌群数据建立模型预测摄入益生元后双歧杆菌的变化。方法将35名健康志愿者随机分为2组,分别接受16 g/d低聚果糖(FOS)或低聚半乳糖(GOS)干预,干预时间9 d,采集第0、5、9天粪便标本进行16s r RNA基因高通量测序分析,分析两种益生元干预对肠道菌群结构、多样性与功能的影响。用随机森林方法区分益生元干预5 d后双歧杆菌变化,并用初始的菌群构建一个连续型指数(index),实现指数与双歧杆菌实际变化量相关联,而后,对模型进行验证。结果 FOS干预5 d后降低肠道菌群α多样性,9 d时回升,GOS在干预5、9 d时α多样性均下降。两种益生元对β多样性影响均无统计学意义(P>0.05)。通过随机森林方法建立的预测模型,ROC曲线下面积为89.6%;建立的指数与双歧杆菌变化量关联r值为0.45(P<0.01),验证模型r值为0.62(P<0.01)。结论益生元干预可迅速降低肠道菌群α多样性。根据干预前的肠道菌群预测服用益生元后双歧杆菌的变化,预测效果良好,此方法为精准膳食的实现奠定基础。; 罗月梅刘斐童陈慕璇唐文丽杨月莲谭细兰谭细兰; 关键词：益生元低聚果糖低聚半乳糖肠道菌群双歧杆菌

微生微生物组学大数据分析方法、挑战与机遇被引量：15: 2015年; 微生物组学是新兴学科,与肠道、代谢、生殖、神经等大量慢性疾病相关。通过测序分析微生物组,主要包括16S rRNA和宏基因组两大技术。16S rRNA数据分析主要包括序列处理、样品多样性分析及统计分析3个步骤。宏基因组数据分析主要包括序列处理、分类、注释及统计分析4个环节。随着测序技术的升级,测序成本将逐步降低,而大数据分析将成为核心内容。数据的标准化和可积累性、通过数据建模和预测疾病的发生发展是未来应用的基础,数据知识产权保护以及数据本身价值的开发与保护价值将日益显现,培养和基于培养的功能验证将是未来的重点之一。人体微生物组学将阐述并调整人与微生物组之间的关系,此领域相关研究有巨大的发展空间。; 盛华芳周宏伟; 关键词：宏基因组学

Illumina测序16S rRNA标签法分析细菌性阴道病患者阴道菌群多样性被引量：17: 2013年; 目的从菌群总体角度分析和比较健康育龄期女性和细菌性阴道病(BV)患者阴道菌群差异。方法采集临床Amsel标准及Nugent评分筛选的37例BV患者及37例健康育龄期女性阴道穹窿分泌物标本,提取总基因组DNA,对16S rRNA V6区基因进行扩增,所有扩增的PCR产物经IIlumina测序后,通过BIPES、UCHIME、TSC、GAST最终得到样品的物种信息。结果健康育龄期女性阴道分泌物乳酸杆菌占95%以上,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者比例相当,同时存在少量加德纳氏菌属,颗粒链球菌属,链球菌属,普氏菌菌属,埃希氏杆菌属和其它菌属;30例BV患者阴道菌群Alpha多样性明显增加(P<0.001),Beta多样性也发生了明显变化,表现为乳酸杆菌明显减少,其相对比例从45%到1%(24例),以惰性乳酸杆菌为主,部分患者(6例)甚至未检出,同时加德纳氏菌属,普氏菌菌属,颗粒链球菌属,厌氧球菌,微单胞菌属,Peptoniphilus.harei-消化链球菌属,戴阿李斯特杆菌属等相对丰富度增加,不同于既往研究的是7例BV患者以少见的格氏乳杆菌,嗜酸乳杆菌为优势菌群,约占75%～50%。结论健康育龄女性阴道菌群以乳酸杆菌占绝对优势,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者相当,并与多种微生物并存;大部分BV患者阴道菌群表现为乳酸杆菌显著减少甚至缺失,小部分BV患者以少见的格氏乳酸杆菌、嗜酸乳酸杆菌为优势菌群。; 许苏容宗利丽刘木彪何彦黄雪梅周宏伟; 关键词：细菌性阴道病阴道菌群

高通量16S rRNA标签测序法比较人与不同动物肠道微生物组多样性被引量：12: 2014年; 收集人、大猪、小猪、大鼠、小鼠以及鸡五个不同个体的粪便样品,每个个体取两个平行样,提取总DNA;PCR扩增,获得16S r RNA V6标签片段;Illumina测序;经BIPES以及QIIME分析并比较菌群结构及多样性。研究结果发现,不同物种之间肠道菌群差异较大。五类物种肠道菌群均以厚壁菌门、拟杆菌门、以及变形菌门为主,但鸡的厚壁菌门显著减少,而变形菌门显著增加。从?多样性角度来看,猪肠道菌群种属丰富度及Shannon指数均显著高于人及鸡肠道菌群。从?多样性角度,尽管不同人之间的肠道菌群相似度较低,但不同物种之间相比较,小猪与大鼠肠道菌群与人相似性高于小鼠和鸡肠道菌群。与人类相比,小猪的肠道微生物组最相近,而鸡的肠道菌群相似度最低。; 邓冠华查龙应张国霞王玉黎耀涛彭欣周宏伟刘移民; 关键词：微生物多样性

脓毒症患者鼻腔与肠道微生态特征及其临床事件关联研究: 脓毒症是指由于对感染的宿主反应失调引起的危及生命的器官功能障碍，发病率和死亡率均很高，总死亡率10％到52％，脓毒症患者肠道、鼻腔微生态特征和病情发展关系，目前的认识尚不充分，本研究借助二代测序技术对相关问题深入探讨。　...; 谭细兰; 关键词：脓毒症病情发展; 文献传递

氧化三甲胺分布特征及其与肠道菌群的关联性被引量：45: 2016年; 目的：了解中国社区人群氧化三甲胺（TMAO）分布水平，分析TMAO与心脑血管风险因素的相关性及探讨TMAO与肠道菌群关系。方法研究对象为颈动脉彩超检查无动脉硬化斑块的体检人群，共纳入181例，男96人，年龄30～73岁。采集血清标本，运用稳定同位素内标液质联用法检测TMAO。采集粪便标本，通过Illumina高通量测序检测16S rRNA基因V4可变区，进行肠道菌群检测。采用SPSS分析TMAO与心脑血管疾病相关风险因素相关性，运用QIIME及LEfSe分析肠道菌群，找出与TMAO相关的菌属。结果健康人群中TMAO中值为2.66（1.96～4.91）μmol/L，呈偏态分布。TMAO不同水平组间传统心脑血管疾病风险因子没有差异，也没有特征性肠道菌群结构。通过统计发现TMAO与BMI及肠道菌群中的梭菌目（Clostridiales）下属的厌氧孢杆菌属（Anaerosporobacter）、梭菌属（Clostridiales）、考拉杆菌属（Phascolarctobacterium）、颤杆菌克属（Oscillibacter）及拟杆菌目（Bacteroidales）下属的Alistipes有相关性。结论中国人群TMAO水平普遍较低，TMAO水平与传统心脑血管疾病风险因子没有显著相关性，不同TMAO水平组间肠道菌群组成没有差异，个别菌属与TMAO水平有相关关系。; 王珊夏耿红何彦廖硕希尹恝盛华芳周宏伟; 关键词：氧化三甲胺肠道菌群动脉粥样硬化

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国家自然科学基金(31270152)

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