国家高技术研究发展计划(2002AA104540)
- 作品数：12 被引量：84H指数：5
- 相关作者：迟学斌陆忠华牛北方赵永华郎显宇更多>>
- 相关机构：中国科学院中国科学院研究生院中国科学院过程工程研究所更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划中国科学院知识创新工程国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术化学工程更多>>
- 分子空间结构比较方法优化与点部署的并行实现
- 2005年
- 分子空间结构相似性比较的指标函数可以定量地描述两个分子空间结构相似性大小,但难题在于如何确定分子初始相对位置,以保证得到全局最优叠合.由于以往都是利用程序随机生成初始相对位置,所以没有规则也不确定.为保证得到全局最优叠合,需要大量的初始相对位置优化计算.利用“均匀设计”的实验设计手段,在空间规则地筛选部署分子初始相对位置,使其具有代表性和均匀分布性,这样只需少数确定数目的初始相对位置,便可以稳定地得到指标函数的全局最优解.而后利用并行处理方法,把初始相对位置集合部署在Np个处理器上同时工作,大幅度地减少了运行时间,并输出与串行执行相同的运算结果.
- 郎显宇牛北方沈斌陆忠华迟学斌
- 关键词：全局优化叠合
- 基于SMP集群的MPI+OpenMP混合编程模型及有效实现被引量：41
- 2005年
- SMP集群混合了两个内存模型:每个节点是一个共享存储的多处理器,而节点间使用分布存储。这一多级体系结构引起了编程模型和性能方面的问题。文章讨论了MPI+OpenMP混合编程模型的性能和不同的实现方法,提出了多粒度MPI+OpenMP混合编程方法。建立了对称三对角特征问题的多粒度混合并行算法,并在深腾6800超级计算机上同纯MPI算法作了性能方面的比较。结果表明,该混合并行算法具有更好的扩展性和加速比。
- 赵永华迟学斌
- 关键词：SMP集群混合编程模型
- 分布式数字视频监控系统的设计和实现被引量：9
- 2004年
- 介绍了分布式数字视频监控系统的设计和实现,详细描述了各模块的功能与实现,着重研究了该系统的实时性、可靠性和实用性等特点,为智能化楼宇提供一个通用的、实时的。
- 石大立迟学斌陈文阳
- 关键词：视频监控高可用性容错分布式系统LINUX
- 计算网格Portal的设计与实现被引量：17
- 2004年
- 网格Portal就是网格的门户,网格Portal利用流行的Web技术提供Web界面方便用户运行网格应用程序,用户可以利用客户端浏览器通过网格Portal来方便安全透明地使用网格的各种计算资源。本文提出了计算网格Portal的设计技术和方法以及实现的功能,并分析了在设计中遇到的一些问题以及解决的办法。
- 陈博迟学斌武虹
- 关键词：网格计算网格门户PORTALGLOBUS
- mRNA可变剪接问题的并行化研究
- 2008年
- 对mRNA可变剪接问题进行了并行化分析和研究,解决了原AltSplice程序中Nbest参数选取欠合理的问题,结合实验实现了基于MPI平台的并行AltSplice版本MPI_AltSplice,并在5万亿次的联想深腾6800高性能计算机上获得了较好的运行性能。
- 牛北方郎显宇陆忠华迟学斌
- 关键词：可变剪接并行化
- 视频监控中基于LVS的负载均衡模型分析被引量：3
- 2004年
- 在监控系统中,随着控制台的增加,访问中心服务器用户请求的增多,对中心服务器的性能要求也越来越高。本文从面向企业级应用的视频监控项目工作出发,讨论了在中心服务器负载均衡的几种基于LVS的解决方案,并做出了分析。
- 陈文阳迟学斌石大立
- 关键词：视频监控负载均衡LVS集群
- GABA受体抑制剂的柔性原子受体模型研究被引量：2
- 2005年
- 利用Flarm软件为GABA受体抑制剂建立了其抑制家蝇和大鼠GABA受体的柔性原子受体模型,很好地模拟了两种受体与药物分子结合的情况,具有较好的预测能力,预测集的预测值与实验值的相关系数(r2)分别达到0.923和0.733,模型的结果与药效团模型有很大的一致性,为揭示药物与两种受体作用的区别提供了依据.
- 沈斌陆忠华迟学斌吕海峰任天瑞
- 关键词：GABA受体抑制剂
- SMP集群系统上可扩展并行特征问题求解器研究被引量：1
- 2006年
- 基于对称三对角特征问题的分而治之方法,提出了一个适合SMP集群环境的多级混合并行算法。SMP节点内的并行求解采用了粗粒度和细粒度两种OpenMP并行。为了改善纯MPI算法中的负载不平衡,混合并行算法使用了动态任务分配方法。在深腾6800上的试验表明,混合并行算法具有好的扩展性和加速比。
- 赵永华迟学斌姜金荣
- 关键词：SMP集群MPI+OPENMP
- 对称矩阵三对角化的混合并行算法设计被引量：5
- 2005年
- 基于Householder转换,给出了稠密对称矩阵三对角化的MPI+OpenMP混合并行算法。内容集中在SMP集群系统环境下算法的负载平衡、通信开销和性能评价。OpenMP共享内存并行采用了粗粒度方法,解决了MPI算法中的负载平衡问题,降低了通信开销。在深腾6800上的试验结果表明,MPI+OpenMP版本比纯MPI版本具有更好的性能和可扩展性。
- 赵永华迟学斌陈江
- 关键词：对称矩阵三对角矩阵加速比MPI+OPENMP
- Motif识别算法简介及软件性能研究被引量：5
- 2006年
- Motif在转录和后转录水平的基因表达调控中起着重要的作用。目前,识别Motif的算法和相应的软件已有不少,但是却鲜有对各种算法及软件性能共同评测的研究和报告。介绍了算法的分类以及三种常见的Mo-tif识别算法W ordup,MM和G ibbs采样,并对A lignACE,MEME,MotifSampler,W eeder等13种Motif寻找软件进行性能比较分析。通过生物学意义的研究和性能比较结果可以得出:由于唯有W eeder算法考虑了Motif保守核心位置,因而它在各种软件中识别效果较好;大部分算法只考虑简单而且短的Motif,所以各种软件对酵母菌这种单细胞生物的Motif识别性能比多细胞生物要高。
- 朱骥杨华牛北方郎显宇陆忠华迟学斌
- 关键词：MOTIFMMGIBBS采样
