浙江省自然科学基金(Z303909)
- 作品数：12 被引量：79H指数：4
- 相关作者：卢亦愚严菊英茅海燕冯燕徐昌平更多>>
- 相关机构：浙江省疾病预防控制中心宁波大学温州医学院附属第二医院更多>>
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- A型呼吸道合胞病毒荧光定量逆转录PCR检测方法的建立与应用
- 2007年
- 人呼吸道合胞病毒（human respiratory syncytial virus，hRSV）是引起婴幼儿冬春季下呼吸道感染最常见、最重要的病原体之一。根据病毒表面糖蛋白的抗原差异，可分为A、B两型，在我国流行的以A型RSV为主。本实验室在建立RSV逆转录（RT）-PCR检测方法的基础上，利用Taqnmn荧光定量PCR技术，建立了A型RSV荧光定量RT-PCR检测方法，有利于RSV的快速诊断和型别鉴定。
- 茅海燕卢亦愚严菊英汤宏峰陈晓芳
- 关键词：人呼吸道合胞病毒PCR检测方法荧光定量逆转录荧光定量PCR技术RSV
- 浙江省近年H_3N_2亚型流行性感冒病毒流行株的血凝素与神经氨酸酶基因与猪型流行性感冒病毒的亲缘关系分析被引量：1
- 2010年
- 目的对浙江省近年两次甲3亚型(H3N2)流行性感冒(流感)病毒流行的代表株,与猪型H3N2株流感病毒在主要抗原基因间进行比较分析,探讨二者间的亲缘关系。方法对这两次流行流感病毒代表株的血凝素(Hemagglutinin,HA)与神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)基因作序列测定,并与同期的人、猪流感毒株的相应基因作同源性与进化树分析。结果浙江省这两次H3N2流感流行中的代表株甲(3A3)/浙江(Zhejiang,ZJ)/10/98、A3/ZJ/6/99、A3/ZJ/8/02与猪流感病毒A3/猪型(SW)/安大略(Ontario,ON)/130/97、A3/SW/香港(Hongkong,HK)/4361/99、A3/SW/HK/74/02在HA1区的同源性,分别为99.1%、99.4%、99.4%;在NA区,A3/ZJ/10/98、A3/ZJ/6/99、A3/ZJ/8/02与猪流感病毒A3/SW/ON/130/97、A3/SW/HK/4361/99、A3/SW/HK/74/02的同源性,分别达到98.2%、99.3%、99.3%。二者之间均呈现出很高的同源性,有的远高于它与同期人流感毒株的同源性,在基因系统进化树上也呈现出这一状况。结论浙江省这两次H3N2流感流行的毒株与猪流感的某些毒株之间存在着密切的联系,猪流感与人流感之间的关系值得深入研究。
- 裘莉佩卢亦愚徐昌平冯燕高筱萍
- 关键词：流行性感冒病毒甲3亚型亲缘关系
- 浙江省1998年H3N2流感流行的溯源研究
- 2010年
- 目的对1998年浙江省的H3N2流感流行进行溯源研究。方法采用RT-PCR扩增浙江省1998年3株H3N2流感流行代表株的全基因组序列，并与GenBank上1995～1998年世界其他地区H3N2流感流行株进行比较；同时，采用交叉血凝抑制实验，计算各毒株间的抗原比。结果HA基因进化树表明，1998年浙江省H3N2优势流行株A／Zhejiang／11／98、A／Zhejiang／18／98与1995—1996年世界各地以及1997年我国大陆的H3N2流行株间存在显著差异，在进化树上虽与A／Sydney／5／97同属一簇，但和美国纽约以及巾同香港1997年后期流行株更为接近。在HAl、NA和MP基因上，A／Zhejiang／18／98与香港1997年后期流行株同源性最高，而在PA、HA和NS基因上，与纽约流行株的遗传距离也小于A／Sydney／5／97。A／Zhejiang／18／98与香港或纽约株在HAl区仅存在1～3个位点的氨基酸残基不同，而与A／Sydney／5／97存在7个位点的氨基酸残基差异，其中3个位点于抗原决定簇区。各毒株间的交叉血凝抑制实验表明A／Zhejiang／18／98与A／Sydney／5／97的抗原比已达2．0，提示二者在抗原性上存在一定差异。此外，1997—1998年H3N2各地流感流行的起始时间序列，也显示了该次流感传播的可能途径。结论浙江省1998年H3N2流感的流行很可能是由1997年底H3N2新型流感变异株经细约和香港输入中国大陆所导致。
- 冯燕徐昌平黄崴钟淑玲严菊英莫世华卢亦愚
- 浙江地区呼吸道合胞病毒G基因分子特征分析被引量：4
- 2006年
- 收集2004年冬季浙江省儿童医院呼吸道感染患儿的鼻咽吸引物,进行呼吸道合胞病毒(RSV)分离,对分离株用特异性RT-PCR鉴定;对鉴定阳性的RSV毒株进行G蛋白全基因序列测定,并与RSV国际标准株及各地参考株的G蛋白基因序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果表明,在4株RSV浙江分离株中,3株G蛋白基因ORF全长897bp,另1株为894bp;各分离株之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为98.05%、97.06%;与A型RSV标准株的核酸同源性为95.69%,与B型RSV标准株的同源性为78.79%;其3’端基因高变区核苷酸序列与RSVGA2亚型的同源性最高。提示2004年冬季浙江省RSV流行株属于RSVGA2亚型。
- 茅海燕卢亦愚严菊英
- 关键词：测序
- Taq Man荧光定量RT-PCR快速检测甲3型流感病毒被引量：22
- 2005年
- 目的建立一种特异、灵敏、快速的荧光定量RTPCR方法用于检测甲3型流感病毒核酸。方法根据GenBank登录的流感毒株序列,应用生物学软件进行序列比对,在甲3型流感病毒血凝素(HA)基因的保守区设计引物和TaqMan探针、并进行筛选。对荧光RT-PCR反应条件进行优化,检测该方法的特异性和灵敏度。并对疑似流感含漱液标本进行检测。结果该方法对甲3型流感病毒的检测有高度的特异性,对甲1型、乙型、禽流感病毒H5、SARS病毒及其他呼吸道病毒均无交叉反应,检测的灵敏度达0.01TCID50,可从疑似流感患者含漱液中直接检测流感病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3h左右。结论本研究建立的TaqMan荧光定量RTPCR是一种快速检测甲3型流感病毒特异、敏感的新方法。
- 严菊英卢亦愚冯燕史雯茅海燕
- 关键词：荧光定量RT-PCRTAQMAN探针甲3型流感病毒临床标本
- 1988-2005年甲3亚型流感流行株与疫苗株的HA1区差异探讨被引量：20
- 2006年
- 目的从基因层面探讨18年来我国及欧美国家甲3亚型流感流行株与当时WHO疫苗推荐株之间的差异。方法收集1988-2005年间我国以及欧美国家的甲3亚型流感流行株与疫苗株的血凝素重链(HA1)区域的氨基酸序列,用BioEdit生物软件进行比较,分析其与当时疫苗推荐株在HA1以及HA1抗原决定簇区域的氨基酸差异。结果在HA1区以及HA1区抗原决定簇位点,我国甲3亚型流感流行株与当年疫苗株之间的差异,均大于它与下一轮疫苗株之间的差异,且已达到十分显著的程度(P<0．01)。而欧美国家甲3亚型流感流行株与当年疫苗株之间的差异,虽然稍大于它与下一轮疫苗株之间的差异,但尚不显著(P>0．05)。此外,使用多年的疫苗株,无论在我国还是欧美,随着疫苗使用年数的增加,流行株与疫苗株之间的差异不断增大。结论WHO推荐的甲3亚型疫苗株与我国甲3亚型流行株之间,从基因层面进行分析,存在明显的滞后现象。
- 卢亦愚严菊英孙朝英徐昌平冯燕莫世华
- 关键词：流感病毒甲3亚型疫苗株流行株
- 浙江省人禽流感病毒Zhejiang／16／2006株的基因特性分析
- 2008年
- 目的分析浙江省首例报道的人禽流感H5N1病毒株A／Zhejiang／16／2006的基因特性与系统进化关系。方法对A/zhejiang/16／2006病毒株的全序列8个基因片段作序列测定，并与国内外相关病毒株进行同源性与系统进化比较。结果A／Zhejiang／16／2006的HA序列，与周边国家和地区的H5N1病毒株之间存在11个氨基酸的差异，但这些差异并未影响到相关糖基化位点的稳定；在NA区，1997年以后的毒株均缺少第49～68位的20个氨基酸。总体上中国大陆近年H5N1毒株的8个基因片段与周边国家和地区毒株相比形成另一个分支，并与1996—1997年香港及广东的H5N1毒株之间存在较大差异，但有个别毒株的基因片段在系统进化树上远离当前的毒株而更接近1997年的病毒株。结论A／Zhejiang／16／2006与中国大陆近年的病毒株自成一个体系，与周边国家和地区的H5N1病毒株之间存在一定差异。
- 卢亦愚严菊英徐昌平茅海燕冯燕陈寅李榛李敏红史雯
- 关键词：基因特性
- 中国南方地区乙型流感流行株与疫苗株的HA1区氨基酸差异研究被引量：7
- 2011年
- 目的探讨1991—2007年中国南方地区乙型流感流行株与WHO疫苗推荐株在HA1区的氨基酸差异。方法收集近17年间中国南方地区乙型流感流行株与WHO疫苗推荐株的血凝素重链(HA1)区的氨基酸序列,用BioEdit生物软件进行比较,分析两者之间在HAl及其抗原决定簇位点的氨基酸差异。结果在这17年中,有近1/3的年份,中国南方地区流行株与疫苗株之间的谱系不符;而在谱系相同的状况下,WHO疫苗推荐株与前两年流行株的符合性较与当时流行株的符合性更好(P<0.05)。从系统进化树也可看出这一趋势。结论 WHO推荐的乙型流感疫苗株与中国南方地区乙型流感流行株之间,存在明显的滞后现象,中国应当推出适合于自己的流感疫苗株。
- 张冬艳冯燕茅海燕邹艳徐昌平卢亦愚
- 关键词：乙型流感疫苗株流行株
- 浙江省1998-2005年甲3亚型流感病毒株HA1区和NA区基因特性分析被引量：4
- 2007年
- 目的分析近几年浙江省甲3亚型流行性感冒(流感)流行株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的特性、变异与流感流行的关系。方法选择浙江省1998—2005年流感流行期间分离的甲3亚型代表株25株,提取病毒RNA,扩增HA1和NA基因,进行序列测定,用BioEdit软件分析处理。结果浙江省近几年甲3亚型流感流行株在HA1区的核苷酸长度均为987 bp,编码329个氨基酸;在NA区的核苷酸长度为1362 bp,编码454个氨基酸。1998—2005年甲3亚型流感病毒HA1区与NA区的氨基酸同源性分别在90.9%～99.3%与95.2%～99.5%之间,HA1区的变异较NA区更大。这8年间在HA1区共发生了30个氨基酸的替代,其中14个氨基酸位点涉及HA1区的4个抗原决定簇;NA区发生了21个氨基酸替代,其中5个氨基酸位点涉及NA区的3个抗原决定簇。在1998与2002年无论是HA1区还是NA区,均产生了较大的变异,在氨基酸进化树上也形成了独立的分支。近年的甲3亚型毒株HA1区有11个糖基化位点,较早期毒株A/Aichi/2/68增加了5个,仅1998年至今的8年中就增加了3个。结论浙江省1998与2002年的二次较大规模的甲3亚型流感流行均与病毒的抗原性漂移有关。
- 卢亦愚严菊英茅海燕冯燕徐昌平周敏余蓓蓓
- 关键词：流行性感冒病毒甲3亚型基因特性
- B型呼吸道合胞病毒荧光定量RT-PCR检测
- 2006年
- 目的建立B型人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)的快速荧光定量RT-PCR检测方法,用于B型RSV实验室早期诊断与病毒核酸的定量分析。方法利用B型RSV N基因保守区设计引物和TaqMan-MGB(minor groove binder,DNA小沟结合物)探针,优化反应体系和反应条件;并对方法进行特异性、灵敏度和重复性评价;同时以10倍梯度稀释的质粒为标准品建立荧光定量RT-PCR的标准曲线,构建定量分析模型。并用该方法对100份临床呼吸道样本进行检测。结果该方法与其他呼吸道病毒均无交叉反应,检测灵敏度达1TCID50/ml50%组织培养物感染剂量病毒滴度,临床样本中B型RSV的检测阳性率达18%。结论B型RSV荧光定量RT-PCR检测方法快速、敏感、特异,适用于B型RSV的早期诊断和核酸定量分析。
- 茅海燕卢亦愚严菊英汤宏峰陈晓芳
- 关键词：荧光定量RT-PCR
