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5种人细胞色素P450 2A13突变体的异源表达及其香豆素代谢活性被引量：1: 2015年; 目的重组表达人细胞色素P450（CYP）2A13突变体CYP2A13＊2,CYP2A13＊5,CYP2A13＊6,CYP2A13＊8和CYP2A13＊9,并研究CYP2A13突变体与野生型CYP2A13（CYP2A13＊1）对香豆素的代谢活性上的差异。方法通过点突变法构建各CYP2A13突变体。用杆状病毒表达系统制备含各突变体c DNA的重组病毒,并将其与含人源还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷磷酸P450氧化还原酶（POR,野生型）的重组杆状病毒共转染昆虫草地夜蛾细胞（sf9）,共表达CYP2A13突变体和POR重组蛋白。将表达产物制备成微粒体与香豆素（0.25~25μmol·L-1）体外孵育30 min,高效液相色谱法测定各重组酶对香豆素的代谢活性。结果Western蛋白印迹结果表明,各重组酶在sf9细胞中得到了表达。体外代谢实验显示,CYP2A13野生型及其突变体蛋白代谢香豆素在Km值上无显著差异,而在Vmax（mol·min-1·mol-1CYP）上,CYP2A13＊2（0.58±0.05,P〈0.05）、CYP2A13＊5（0.71±0.08,P〈0.01）、CYP2A13＊6（0.84±0.09,P〈0.01）、CYP2A13＊9（0.58±0.04,P〈0.05）等突变体与CYP2A13＊1（0.33±0.06）相比有显著性差异,使得这4个突变体的代谢效率增加了40%~108%。结论体外成功表达了具有活性的CYP2A13＊2,CYP2A13＊5,CYP2A13＊6,CYP2A13＊8和CYP2A13＊9重组蛋白。CYP2A13＊2,CYP2A13＊5,CYP2A13＊6和CYP2A13＊9等突变体的香豆素代谢活性明显高于CYP2A13＊1。; 刘亭李朝辉徐迎春陈枢青; 关键词：细胞色素P450 突变体杆状病毒表达系统香豆素

腹膜间皮瘤组织体细胞突变的分析被引量：1: 2013年; 目的:探讨临床标本全基因组测序中体细胞突变测定技术的应用。方法:对1例手术切除的腹膜间皮瘤肿瘤组织和其癌旁组织进行了第二代全基因组测序,并将结果与人类基因组数据库的参考序列进行比对。结果:发现639 717个肿瘤组织和癌旁组织细胞共有的单核苷酸变异(single nucleotide variation,SNV),20 302个肿瘤组织独有的SNV和2 185个癌旁组织独有的SNV,还有223个位点,在肿瘤组织和癌旁组织以及人类基因组参考序列三者之间均不相同。结论:仅仅对个体2种组织样本和人类基因组参考序列比对,尚不能准确定位病变细胞的所有体细胞突变。因此,建立个体出生时的全基因组序列或预留出生时的DNA样本有助于排除正常组织体细胞突变的干扰。; 陈宾马建婷陈利玲洪旭涛唐晓婧陈枢青; 关键词：基因组体细胞突变测序腹膜间皮瘤

全基因组序列分析——揭示肿瘤发生发展及个体化治疗的新途径: 2013年; 随着全基因组测序技术的发展和测序成本的下降,以及全基因组测序技术与DNA甲基化和组蛋白乙酰化等表观遗传学分析手段的结合,对大量样本进行全面系统的分析已经成为现实,人类已具备了重新认识肿瘤发生发展的能力。从以往的不同个体之间的全基因组序列的比对,到最近大量自身不同组织的横向比对,自身基因组的纵向比对,新思路层出不穷,个体化诊治肿瘤已显露出光明的前景。; 潘映秋张伟陈枢青; 关键词：基因组碱基序列肿瘤

体细胞突变与个性化靶向治疗新思路被引量：1: 2013年; 大量研究已经证明DNA和各种疾病之间或多或少地存在一定的联系。先天获得的基因多态性决定了个体对疾病易感性的差异,后天发生的体细胞突变是直接造成疾病的原因。人类生存在一个特定的环境中,遗传因素和环境因素相互交织,共同作用于人类。自出生起,DNA就会不断受到内源性物质和外源性物质的作用,体细胞突变不断累积,一旦形成肇事突变(drivermutation)或肇事突变组合(driver mutation pattern),就会产生病变细胞,进而发展成病变组织、病变器官,最后产生可被检查发现和主观感知的疾病。体细胞突变的位点是随机发生的,不同的个体就有不同的突变类型。虽然疾病的发生是由一定的肇事突变引起的,但是,突变的具体部位各不相同,因此,疾病是个性化的。目前临床大量难治性疾病大多是症状类似,而发病机制是个性化的,由于其个性化实质无法掌握便成了临床难治性疾病。个性化疾病其实需要个性化治疗,目前颇受临床青睐的靶向治疗药物更需要针对正确目标。无关突变(passenger mutation)虽然与疾病的发生没有直接关系,但是,研究证明它们也可能是疾病治疗过程中的有效靶标。近年,随着全基因组测序技术和生物信息学的发展,人类处理大量基因信息的能力有了很大提高。同时,随着对疾病机制的深入研究,新型靶向药物的数量逐年增加。体细胞突变的信息是否是选择靶向药物使用的个性化标志物,这个崭新的研究思路进入人们的视野,为许多难治性疾病带来了治愈的希望。; 陈枢青; 关键词：DNA 突变基因多态现象体细胞突变疾病易感性基因疗法药物设计

基于水凝胶的基因组DNA固定法研究: 2013年; 目的:通过对人基因组DNA固定化的研究,探讨特异性高的单点共价固定方法,实现对人基因组DNA的反复利用。方法:选取Mirzabekov等发明的DNA-水凝胶共聚化学法作为基因组DNA固定方法,使用甲基丙烯酰胺凝胶作为固相支持载体,以(CH2)6-NH2氨基末端修饰的PCR产物及甲酸随机断裂修饰的pGEM-T-HLA-G质粒为模板,使用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其固定效率,并通过PCR法检测该固定方法的热稳定性。将该法初步应用于人类基因组DNA的固定和反复利用,对基因组DNA扩增的片段进行测序,排除突变可能。结果:使用甲基丙烯酰胺凝胶作为固相支持载体,实现了对质粒DNA以及人基因组DNA的固定和反复使用,该方法可以经受16轮的PCR扩增(每轮36个循环)。测序结果证实基因组DNA的扩增片段未发生突变。结论:甲基丙烯酰胺凝胶法固定DNA的热稳定性好,特异性高,可用于全基因组测序及SNP检测。; 潘映秋张伟陈枢青; 关键词：基因组聚合酶链反应基因扩增水凝胶电泳

Pharmacogenomics of Drug Metabolizing Enzymes and Transporters:Relevance to Precision Medicine被引量：6: 2016年; The interindividual genetic variations in drug metabolizing enzymes and transporters influence the efficacy and toxicity of numerous drugs. As a fundamental element in precision medicine, pharmacogenomics, the study of responses of individuals to medication based on their genomic information, enables the evaluation of some specific genetic variants responsible for an individual's particular drug response. In this article, we review the contributions of genetic polymorphisms to major individual variations in drug pharmacotherapy, focusing specifically on the pharmacogenomics of phase-I drug metabolizing enzymes and transporters. Substantial frequency differences in key variants of drug metabolizing enzymes and transporters, as well as their possible functional consequences, have also been discussed across geographic regions. The current effort illustrates the common presence of variability in drug responses among individuals and across all geographic regions. This information will aid health-care professionals in prescribing the most appropriate treatment aimed at achieving the best possible beneficial outcomes while avoiding unwanted effects for a particular patient.; Shabbir AhmedZhan ZhouJie ZhouShu-Qing Chen; 关键词：PHARMACOGENOMICS

CYP2A13基因8种错义突变与肺癌易感性的关联研究被引量：1: 2014年; 目的探讨细胞色素p450 2A13(Cytochrome p450 2A13,CYP2A13)基因8种错义突变与肺癌易感性的相关性。方法采用以自然人群为基础的病例-对照方法,对2007-2011年间收集的91例肺癌病例以及140例年龄和性别相匹配的正常对照者进行研究。采用等位基因特异扩增法(Allele-Specific Amplification,ASA)对血液样本中CYP2A13基因的8种错义突变位点进行检测。结果在对照组和病例组之间,各错义突变位点的基因型频率均无统计学的差异(均P>0.05);p.Arg257Cys(12.1%vs11%)、p.Thr134_Leu135insThr(2.1%vs1.1%)、p.Arg101Gln(7.3%vs4.4%)、p.Phe453Tyr(2.2%vs1.1%)、p.Arg494Cys(2.9%vs1.1%)、p.Arg101Ter(6.6%vs2.2%)、p.Asp158Glu(2.1%vs1.1%)、p.Val323Leu(0.07%vs0%)。各错义突变位点的等位基因频率也均无统计学差异(均P>0.05);p.Arg257Cys(6.8%vs5.5%)、p.Thr134_Leu135insThr(1.1%vs0.5%)、p.Arg101Gln(4.0%vs2.2%)、p.Phe453Tyr(1.1%vs0.5%)、p.Arg494Cys(1.5%vs0.5%)、p.Arg101Ter(4.0%vs1.1%)、p.Asp158Glu(1.1%vs0.5%)、p.Val323Leu(0.4%vs0%)。结论中国汉族人群中存在CYP2A13基因错义突变,但CYP2A13基因错义突变与肺癌易感性可能不存在关联,这提示虽然CYP2A13在肺癌发生中起到了一定作用,但可能不是影响我国汉族人群肺癌易感性的主要因素,还存在其它因素的交互影响。; 刘亭李朝辉谢章明徐迎春吴敏良徐笑红陈枢青; 关键词：多态性错义突变

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国家自然科学基金(81273578)

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