中国疾病预防控制中心青年科研基金(2010A104)
- 作品数：2 被引量：7H指数：2
- 相关作者：陈晨杜鹏程张雯刘翟于伟文更多>>
- 相关机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所中国科学院北京市计算中心更多>>
- 发文基金：中国疾病预防控制中心青年科研基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 微生物在线生物信息分析系统的开发及应用被引量：3
- 2012年
- 目的基于浏览器/服务器模式构建微生物在线生物信息分析系统,应用于传染病预防控制工作。方法将目前在传染病病原微生物研究和传染病分子诊断、溯源中常用的基于客户端/服务器模式的一些开源的或免费提供使用的分析软件,采用远程桌面、分布式处理等"云计算"技术方案,构建成不需要在本地安装,以浏览器/服务器模式直接通过浏览器以点鼠标的方式使用的微生物在线生物信息分析系统。结果构建了包含引物设计、序列比对和进化树构建、数据统计、图形展示四类共15种常用生物信息分析功能的微生物在线生物信息分析系统,实现了通过浏览器进行病原微生物序列数据在线分析及疫情溯源。结论通过构建基于浏览器/服务器模式的微生物在线生物信息分析系统,可为疾病预防控制工作者提供方便快捷的生物信息分析服务,加快病原微生物序列数据的深度挖掘和疫情溯源,提高应对突发疫情的反应速度。
- 于伟文杜鹏程陈超陈晨吴一雷张雯
- 关键词：传染病预防控制
- 基于同源基因的病原菌鉴定和分型靶位点的功能基因组学研究被引量：4
- 2011年
- 利用病原菌序列差异,对病原菌特定基因和位点进行检测,可以快速发现和鉴别病原菌的分类和特征,对传染病快速诊断和溯源具有基础性意义和重要价值.本文旨在覆盖中国重要传染病的103种病原菌,寻找各分类阶元中特有的同源基因,并从中挑选出适合用于病原菌鉴定、分型的候选基因.利用生物信息学和基因组学方法,对已有全基因组序列的275株病原菌的836415个基因进行比对分析,进一步明确菌株的门、纲、目、科、属各分类阶元中特有的同源基因集合;通过COG功能分类方法,对同源基因集合进行功能注释,并分析在不同分类阶元内的保守基因功能的变化规律.本研究寻找到适合鉴定和分型的不同分类阶元(门、纲、目、科、属)的同源基因集合共19563个(门2891个、纲1016个、目3601个、科10130个、属1925个).对同源基因功能的分析表明,适合对病原菌进行鉴定的基因在不同分类阶元中,表现的功能存在较大差异.革兰氏阳性和阴性病原菌在不同分类阶元中,同源基因表现出的功能也存在差异.该结果将为对在中国广泛存在的病原菌进行检测所涉及的探针、芯片设计提供理论依据,加快目标探针的筛选工作.同时,研究也是首次将世界范围内的全基因组数据和中国重大传染病涉及的病原菌紧密联系结合,为利用功能基因组学开展区域性、有针对性的病原检测和监测,提供候选基因和位点筛选的新方法.相关结果在细菌的元基因组学研究中也具有一定的应用价值.
- 杜鹏程张雯刘翟陈晨
- 关键词：病原菌
