创新研究群体科学基金(30621063)
- 作品数：8 被引量：29H指数：3
- 相关作者：贺福初周钢桥朱云平张小爱林虹君更多>>
- 相关机构：军事医学科学院北京蛋白质组研究中心国防科学技术大学更多>>
- 发文基金：创新研究群体科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生理学农业科学更多>>
- 蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略被引量：7
- 2007年
- 当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大,而新蛋白质鉴定更是其中一个重要的内容.新蛋白质鉴定是蛋白质鉴定的一个方面,新蛋白质的定义按照序列和功能的已知程度分为3个层次;以蛋白质鉴定的方法为基础,目前新蛋白质鉴定的方法可分为denovo测序和相似序列搜索结合的方法以及搜索EST、基因组等核酸数据库的方法2大类;两者各有利弊.存在各自的问题和相应处理的策略.不同的研究者可以根据具体目的应用和发展不同的鉴定方法,同时新蛋白质的鉴定也将随着蛋白质组学研究的发展而更加完善.
- 马洁吴松锋朱云平
- 关键词：蛋白质组学数据库搜索
- 系统生物学研究中不同组学数据的整合被引量：9
- 2007年
- 高通量实验方法的发展导致大量基因组、转录组、代谢组等组学数据的出现,组学数据的整合为全面了解生物学系统提供了条件.但是,由于当前实验技术手段的限制,高通量组学数据大多存在系统偏差,数据类型和可靠程度也各不相同,这给组学数据的整合带来了困难.本文以转录组、蛋白质组和代谢组为重点,综述了近年来组学数据整合方面的研究进展,包括新的数据整合方法和分析平台.虽然现存的数据统计和网络分析的方法有助于发现不同组学数据之间的关联,但是生物学意义上的深层次的数据整合还有待于生物、数学、计算机等各种领域的全面发展.
- 刘伟朱云平贺福初
- 关键词：转录组蛋白质组
- MMP-14基因功能性多态性位点的鉴定及其与肝癌的遗传关联研究
- 肝癌(HCC)是严重威胁我国人民健康的主要常见恶性肿瘤,其发生发展与机体的遗传因素密切相关。已有的研究表明,基质金属蛋白酶(MMP)在肝癌的生长、血管形成、侵袭和转移等多个阶段中发挥重要作用,由此,MMPs 成为令人关注...
- 邱炜翟芸谢伟敏张红星张小爱杨灏贺福初周钢桥
- 关键词：MMP-14肝癌基因多态性
- 文献传递
- 胍基化修饰结合稀土金属标记应用于蛋白质相对定量研究被引量：2
- 2010年
- 稀土金属元素标记技术利用双功能试剂二乙三胺五乙酸双酸酐(DTPA双酸酐)将稀土金属元素和目标肽段连接起来作为质量标签,结合基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分析实现蛋白质的相对定量研究。为进一步提高标记效率,本研究对反应体系温度、pH值、反应时间和金属标签过量倍数等进行优化,并结合胍基化修饰技术封闭蛋白质酶切肽段中的侧链ε-氨基,使标记反应只发生在末端氨基,提高标记选择性。标准蛋白质实验结果表明,所有酶切肽段胍基化反应效率均大于95%,且胍基化修饰反应对金属标记效率没有影响。对于选定的7个标准蛋白质而言,每个蛋白质都至少有3个肽段可以得到良好的标记结果。对于离子抑制效应带来的干扰,可通过标准曲线进行校正,结果表明,当两种金属离子浓度比小于6时,该效应对蛋白质相对定量没有影响。胍基化修饰结合稀土金属标记方法不仅能在肽段水平实现相对定量,而且能在蛋白质水平实现相对定量。
- 林虹君卫军营贾伟张养军钱小红蔡耘
- 低氧诱导因子-1α基因多态性与肿瘤易感性
- 2008年
- 低氧诱导因子-1(HIF-1)是参与调节机体氧平衡的重要转录因子,HIF-1α是其主要的氧调节亚基和功能亚基,体内HIF-1α的水平直接影响着肿瘤的易感性。简要介绍了HIF-1α的生物学功能,并对近年来HIF-1α基因多态性与肿瘤易感性的研究进展进行了回顾。
- 张小爱周钢桥贺福初
- 关键词：基因多态性遗传易感性肿瘤
- 肝素酶与肿瘤发生发展的研究进展被引量：2
- 2008年
- 肝素酶(heparanase,Hpa)是一种糖苷内切酶,可特异性地降解硫酸肝素,破坏细胞外基质和血管基底膜的完整性,释放结合于硫酸肝素上的生长因子、酶类分子等生物活性分子,促进细胞增生和微血管的生长,使肿瘤易于生长转移。国内外的大量研究已证明了肿瘤组织中肝素酶异常高表达,而抑制肝素酶的活性或表达可明显抑制肿瘤的生长、转移和血管发生。
- 虞立霞宫锋贺福初周钢桥
- 关键词：肝素酶肿瘤血管发生
- 电感偶合等离子体质谱(ICP-MS)在蛋白质绝对定量中的应用被引量：3
- 2009年
- 有机体的生物功能不仅与蛋白质种类有关,而且还与所含各蛋白质的量密切相关。如何在规模化程度上实现蛋白质的绝对定量,一直是蛋白质定量研究中亟待解决的技术难题。将外源凝集素、抗体和镧系元素螯合形成聚合物,利用电感偶合等离子体质谱(inductively coupled plas mamass spectrometry,ICP-MS)技术进行分析,可以实现蛋白质的绝对定量。本文综述了近年来ICP-MS在蛋白质绝对定量研究中的应用。
- 林虹君张爱红蔡耘钱小红
- 关键词：蛋白质凝集素抗体
- 改进原位循环灌流法分离小鼠肝细胞研究
- 2011年
- 【目的】建立小鼠肝细胞分离原位循环灌流方法,为肝脏细胞蛋白质组研究提供技术技持。【方法】参考Seglen胶原酶两步原位灌流法,对其进行改进,建立原位循环灌流分离小鼠肝细胞方法,对小鼠肝脏进行原位循环灌流,离体消化肝脏组织,差速离心获得纯化小鼠肝细胞;台盼蓝拒染试验检测肝细胞活性,常规血球计数法计算肝细胞得率;利用显微形态观察、HE、PAS及免疫细胞化学等检测方法鉴定所获得的肝细胞纯度;用含体积分数20%FBS的RPMI-1640细胞营养液对原代小鼠肝细胞进行培养。【结果】建立了原位循环灌流分离小鼠肝细胞的方法,采用该方法可从每只小鼠肝脏中成功分选到细胞活性大于90%、纯度在95%以上的(4.2×107)～(6.5×107)个肝细胞。原代分离的小鼠肝细胞培养4h后,大多数细胞可贴壁,12h后贴壁完全,细胞呈伸张状态,该原代肝细胞可持续培养7d以上,且细胞形态状况良好。【结论】成功建立了小鼠肝脏原位循环灌流试验体系,获得了纯度和活性均较高的小鼠肝细胞,分选所得的小鼠肝细胞完全满足构建肝细胞蛋白质组表达谱试验的需要。
- 潘君风姜颖贺福初段敏郭蔼光
- 关键词：小鼠肝脏肝细胞蛋白质表达谱
- PTEN基因多态性与中国人群鼻咽癌遗传易感性的相关性研究被引量：6
- 2008年
- 目的探讨磷酸酶及张力蛋白同系物(PTEN)基因5′端非编码区(5′-UTR)-9C→G多态性位点与鼻咽癌发生风险及疾病严重程度的相关性。方法应用PCR-RFLP方法对593例鼻咽癌患者和480例健康对照PTEN基因的-9C→G多态性位点进行分型。采用非条件Logistic回归分析,校正性别、年龄、饮酒状态、吸烟状态、吸烟量的影响,计算比数比(OR)和95%置信区间(CI),评价多态性位点与表型的遗传相关性。结果PTEN基因-9C→G多态性位点与鼻咽癌发生风险无关联,进一步按性别、年龄、饮酒状态、吸烟状态和吸烟量风险因素进行分层分析,仍无相关性。在疾病严重程度分析中,按临床分级及T、M、N分级均未发现-9C→G多态性位点与鼻咽癌疾病严重程度相关。结论PTEN基因-9C→G多态性位点与鼻咽癌的易感性及其严重程度均无关联,该多态性位点可能在鼻咽癌的易感性和疾病严重程度机制中不发挥重要作用。
- 张小爱周钢桥崔英谢伟敏翟芸杨灏智联腾张红星贺福初
- 关键词：鼻咽肿瘤疾病遗传易感性PTEN
