国家自然科学基金(69935020)
- 作品数：22 被引量：137H指数：8
- 相关作者：徐安龙李衍达赵贵军陈慧萍涂洪斌更多>>
- 相关机构：中山大学清华大学中国人民解放军第一军医大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家杰出青年科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术社会学更多>>
- 隐Markov模型在剪接位点识别中的应用被引量：14
- 2002年
- 剪接位点的识别是基因识别中的一个重要环节。由于现有的基因识别算法主要关注编码区的整体特性 ,而并不着重考虑个别位点的信息 ,因此难以准确地识别出剪接位点。考虑到剪接位点附近的保守序列的相邻碱基之间应该存在某种相关性 ,利用一阶 Markov链建立了表述这种相关性的模型 ,在此基础之上 ,设计了专门用于剪接拉点识别的隐马氏模型 (HMM)方法。实验结果表明 ,用 HMM描述剪接位点附近序列符合实际情况 ,并且利用这一方法进行剪接位点的识别可以很好地提取位点附近保守序列在边缘分布与条件分布 (转移概率 )上的统计特征。使用该方法对真实剪接位点和虚假剪接位点进行识别 ,识别率均可达 90 %以上。
- 夏慧煜周晴李衍达
- 关键词：隐MARKOV模型剪接位点基因识别基因编码区保守序列
- 基因组复杂度进化的仿真研究被引量：7
- 2001年
- 生物进化的主要趋势是由简单到复杂 ,由低级到高级。在整体进化的同时 ,生物界也广泛存在着局部的退化和简单化现象。为了研究生物的进化和退化并行、简单和复杂并存的现象 ,以及各种内、外部因素的影响 ,建立了一个考虑基因扩增/删除机制的进化模型 ,并对这个模型在各种影响因素下的进化过程进行了仿真研究。实验结果和理论分析表明 ,生物进化过程中的复杂化倾向主要是为了适应复杂多变的外部环境 ,但复杂的基因组或结构功能往往需要比较大的生存和繁殖成本 ,这又限制了复杂化的无限发展。当外部环境变化比较频繁 ,幅度比较大 ,而繁殖成本不高时 ,进化倾向于复杂化 ;当繁殖成本过高时 ,复杂化倾向被限制 ;而当外部环境变化很缓慢或基本稳定时 ,退化和简单化则成为主要趋势。
- 卢欣孙之荣李衍达
- 关键词：基因扩增基因删除模拟进化
- 金钱鱼毒腺cDNA表达文库的构建及EST序列分析被引量：13
- 2004年
- 以金钱鱼 (Scatophagusargus)毒腺为出发材料 ,构建以真核表达载体pcDNA3 0为基础的金钱鱼毒腺cDNA表达文库 .应用SMARTTM cDNALibraryConstruction技术和生物信息学分析等方法 ,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析 ,获得了 2 0 1个金钱鱼新表达序列标签 (ESTs) ,其中已确定全长cDNA的克隆有 2 7个 ,包括多个核糖体大小亚基蛋白 (ribosomalprotein)、细胞凋亡相关蛋白 (programmedcelldeath 10 ) ,G蛋白信号调控子 (Gproteinsignalingregulator)、胸腺素(thymosinbeta 4 )、延伸因子 (translationelongationfactor 1 alpha)和泛素 (ubiquitin)等 .金钱鱼毒腺cDNA表达文库的成功构建 ,为研究金钱鱼毒腺的活性组分及其作用机制奠定了基础 。
- 陈慧萍姜孝玉涂洪斌杜晶春卫剑文杨文利徐安龙
- 关键词：金钱鱼毒腺CDNA功能基因
- 62种细菌基因组中密码子碱基位置上碱基分布的差异性及相关性被引量：4
- 2003年
- 应用生物信息学方法 ,对已完成测序的 6 2种细菌基因组进行 :1 同一密码子碱基位置上不同碱基分布频率的比较 ;2 不同密码子碱基位置上同一碱基分布频率的比较。结果显示 :1 三个密码子碱基位置上及四种碱基的分布频率差异存在显著性 ;2 三个密码子碱基位置上的四种碱基的分布频率显著相关。结论提示 ,在细菌的进化过程中 ,任一密码子碱基位置上任一碱基的分布有可能受到所处密码子碱基位置及其他三种碱基分布的影响。
- 钟东赵贵军刘宇虎杨兴龙徐安龙张振书
- 关键词：细菌基因组碱基分布
- 考虑基因表达过程的进化算法被引量：5
- 2002年
- 生物的进化过程是在其基因层与表型层上同时进行的 .表型层上的进化是以环境为参考的自然选择过程 ,而在基因层上则是一个带随机性的自我更新、自我优化的过程 ,而且在某种程度上具有自组织趋向 .基于这种新的进化观点 ,本文提出了一种新的进化算法并将其应用于各种函数优化问题中 .此算法不但考虑了表型层上的自然选择作用 ,还考虑了生物在基因层上的进化过程及两个层次间的相互映射关系 .仿真结果表明 ,此算法不论在收敛速度、参数鲁棒性还是全局搜索能力上 。
- 周晴李衍达
- 关键词：进化算法人工智能遗传算法
- 基于基因表达调控的进化模型被引量：3
- 2002年
- 为了研究生物进化过程中高级复杂结构的出现和不同复杂程度的各种结构并存的现象 ,建立了一个简单的进化模型。在模型中 ,考虑了基因的表达调控过程 ,借鉴了生命作为复杂系统的自组织现象 ,提出了基因突变产生的系列突变效果。在模仿生物的进化的实验过程中 ,出现了由简单结构向复杂结构进化的趋势。对这一过程进行了理论分析 ,将模型推广到多个物种的情况 ,并结合生物学中的现象 ,得出了结论 :生物演化过程中 ,同时存在进化与退化的趋势 ;高级复杂结构的出现是在一定的外界环境下 。
- 周晴计宏凯李衍达
- 关键词：进化模型自组织基因调控基因表达生物进化过程
- 初步建立真核基因调控元件模块的搜索方法被引量：1
- 2004年
- 依据基因调控知识对现有方法进行了综合及改进:(1)在序列搜索方面,结合多序列低分值查询与多个保守片段搜索两种方法获得匹配序列,然后序列相互打分,最后进行聚类分析;(2)在位点搜索方面,综合应用位置权重矩阵、成对寡核苷酸及Smith-Waterman等方法;(3)在分析系统方面,采用面向对象的程序设计方法建立跨平台、可扩展、基于数据库的分析系统。本方法对MHC基因家族的初步分析结果表明,能较准确地找到一些基因调控元件模块所在的区域。
- 钟东张振书刘宇虎郑国清刘小意卢阳赵贵军徐安龙
- 关键词：真核基因基因调控搜索方法数据库
- 基因组内碱基分布整体均衡与局部不均衡的研究进展被引量：17
- 2002年
- 近年来 ,随着各种基因组计划的相继完成 ,发现在各种生物体单核苷酸链水平上存在着A≌T ,G≌C的数量关系 ,但从几千个至十几万个碱基的范围来看 ,A≠T ,G≠C。从数学上可以证明 ,如果DNA双链之间碱基的突变率一致 ,则A≌T ,G≌C成立 ,但很多实验表明 ,双链之间的突变率并不一致 ,因此这个问题的解决仍有赖于数理科学和生物学的进一步结合。
- 钟东赵贵军张振书徐安龙
- 关键词：基因组碱基分布生物信息学
- 平颏海蛇PLA_2在大肠杆菌中的融合表达被引量：1
- 2002年
- 将编码平颏海蛇磷脂酶A2 的基因 (PLA2 9)分别克隆于硫氧环蛋白基因融合表达载体pThioHisC和pTRX的HP trxA和trxA基因的 3′末端 ,构建符合读码框的融合表达载体pThioHisC PLA2 和pTRX PLA2 。 2 5℃下经IPTG诱导 ,PLA2 融合蛋白在两种原核系统中均能获得较高表达 ,但PLA2 在pTRX系统下的表达量和蛋白溶解性优于pThioHisC系统。将两种系统下的表达产物进行金属螯合亲和层析纯化 ,Trx PLA2 融合蛋白的纯度可达 85 %以上 ,而HP Trx PLA2 不表现出对介质的亲和性 ,难以得到纯化。由此 ,将pTRX PLA2 载体系统确立为进一步大量表达和纯化的载体系统。
- 杨文利叶兰汀邹兰汪枫徐安龙
- 关键词：平颏海蛇PLA2大肠杆菌磷脂酶A2蛇毒
- 赤魟尾刺cDNA表达文库的构建被引量：18
- 2001年
- 目的 以赤尾刺为出发材料 ,构建以真核表达载体pcDNA 3 0为基础的赤尾刺cDNA表达文库。方法 应用SMARTTMcDNALibraryConstruction技术和初步生物信息学分析等方法。结果 通过对亚文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析 ,已获得了 5 6个赤新EST序列 ,其中已确定的全长cDNA克隆有 2 4个 ,包括IPL肿瘤抑制因子、亲环素cyclophilinA、硒蛋白selenoproteinW、半胱氨酸蛋白酶抑制剂cystatinA、tyrosyl tRNAsynthetase和calcineurin类似物蛋白等。结论 这些基因在赤中绝大多数均为首次发现。赤尾刺cDNA表达文库的成功构建 。
- 涂洪斌卫剑文姜孝玉陈慧萍钟肖芬吴文言徐安龙
- 关键词：CDNA表达文库海洋药物中药
