国家自然科学基金(81273143)
- 作品数：15 被引量：126H指数：6
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- 南京市2006-2015年流感流行病学特征分析被引量：20
- 2017年
- 目的分析2006-2015年南京市流行性感冒(简称流感)流行病学特征,为流感防控提供依据。方法在中国疾病预防控制中心信息系统下载流感样病例(influenza like illness,ILI)监测、流感暴发疫情监测和病原学监测资料,应用SPSS 16.0软件进行数据分析。结果 2006-2015年ILI数和流感样病例百分比(ILI%)平均分别为5 823例和5.0%,ILI 5岁以下组所占比例最高(64.8%),60岁及以上年龄组所占比例最低(2.1%);2006-2015年南京市共分离检测流ILI标本31 644例,阳性病例4 762例,阳性率15.0%,不同年份、不同年龄段之间核酸检测阳性率差异均有统计学意义(均有P<0.05);阳性标本中季节性H3N2 1 944例(40.8%),其次是B型流感1 374例(28.9%),甲型H1N1次之1 243例(26.1%),季节性H1N1最少201例(4.2%);不同年龄段人群流感分型构成差异有统计学意义(X^2=317.19,P<0.001)。结论 ILI主要分布在5岁以下儿童,2006-2015年流感各亚型交替成为优势毒株,不同年龄段感染主要亚型不同。
- 王炜翔洪镭丰罗菊苏晶晶李伟刘沛
- 关键词：流行病学
- 江苏省2011年乙型流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子流行特征被引量：8
- 2012年
- 目的分析2011年江苏省乙型流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）的分子流行特征。方法选择13株2011年江苏省不同地区、不同流行时间的乙型流感毒株进行全基因组测序，通过生物信息学方法对HA、NA分子流行特征进行分析。结果13株乙型流感毒株中，10株属于Victoria系，3株属于Yamagata系。10株Victoria系毒株的NA基因来源于Yamagata系病毒，是基因重配流行株。与疫苗株相比，10株Victoria系毒株和3株Yamagata系毒株的HA蛋白分别在197和196位增加一个糖基化位点。结论2011年江苏省乙型流感Victoria系和Yamagata系病毒同时流行，其中重配的Victoria系病毒占优势。
- 李伟罗鹏飞邓斐秦圆方资海荣汤奋扬祁贤卫平民
- 关键词：乙型流感血凝素神经氨酸酶分子特征
- 江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析被引量：14
- 2015年
- 目的 ：分析江苏省2013年甲型H1N1（09pdm）流感病毒血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）变异情况,分析其遗传进化特征。方法 ：按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培养及亚型鉴定。选取2013年不同时间段、不同地区具有代表性的14株甲型H1N1（09pdm）阳性毒株,利用特异性引物扩增HA、NA基因,测序并分析其遗传进化特征。结果 ：14株分离毒株与疫苗株A/California/07/2009（H1N1）的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~98.4%和96.5%~98.0%。NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.9%和97.0%~98.5%。遗传进化分析表明,14株分离株HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为HA氨基酸序列出现D114N、K300E、E516K的变异,NA分子特征表现为N44S位点变异。从2013年左右开始甲型H1N1（09pdm）流感基因多样性增加;通过FEL模型得到一个正向压力选择HA氨基酸位点310,一个正向压力选择NA氨基酸位点4,通过REL模型得到9个正向压力选择HA氨基酸位点179、180、239、301、303、310、311、312、313（含位点310）,5个正向压力选择NA氨基酸位点4、23、52、287、374（含位点4）。HA蛋白具有9个潜在糖基化位点,7个位于HA1上,2个位于HA2上;NA蛋白共有9个潜在糖基化位点。14株分离毒株在NA蛋白酶活性中心及周围辅助位点上均未发现变异。结论：2013年江苏省甲型H1N1（09pdm）流感HA、NA基因变异加快,遗传多样性增加,未来的遗传进化值得进一步关注。
- 资海荣郭艳邓斐余慧燕王慎骄汤奋扬祁贤卫平民
- 关键词：血凝素神经氨酸酶分子特征
- 新型甲型H7N9流感病毒PB1-F2蛋白基因进化和变异分析被引量：5
- 2014年
- 目的：对新型甲型H7N9流感病毒PB1-F2蛋白基因的进化和变异进行分析，为进一步研究致病性禽流感的致病机制和毒力因子奠定基础。方法：从IRD数据库中下载2013年2月19日至2013年10月31日的H7N9流感病毒PBl基因序列63条，运用MEGA5．2．1软件进行序列分析，用邻接法构建基因进化树；通过氨基酸序列分析PB1基因95～367片段的PB1-F2蛋白氨基酸位点变化；应用Excel表格对氨基酸构成进行计算；运用Predictive Analytics Software（PASW）18．0软件对氨基酸构成改变进行统计分析。结果：63株甲型H7N9毒株中有17株毒株的PB1-F2蛋白在其氨基酸序列第25位后发生断裂。新型甲型H7N9的进化主要分为两个系别，系别I主要由完整型PB1-F2蛋白毒株构成，系别Ⅱ主要由52aa截短型PB1-F2蛋白毒株构成。完整型PB1-F2蛋白与截短型PB1-F2蛋白各类氨基酸构成存在差异。结论：H7N9流感毒株中存在着截短型PB1-F2蛋白毒株，并且H7N9流感病毒毒株PB1-F2蛋白断裂位点均在25位氨基酸后，这将成为H7N9流感毒株进化过程中重要的特征。完整型PB1-F2蛋白与截短型PB1-F2蛋白氨基酸构成的差异对于甲型H7N9流感病毒致病性的影响有待进一步研究。
- 资海荣李伟周丹李婕宣杨郭艳卫平民
- 2010年至2012年江苏省乙型流行性感冒病毒血凝素分子进化特征被引量：2
- 2016年
- 目的了解江苏省乙型流行性感冒（流感）病毒血凝素（HA）分子进化特征。方法取2010年1月至2012年12月乙型流感病毒40株，两步法扩增毒株HA片段，对PCR产物纯化并测序。中国疾病预防控制信息系统导出流感监测数据；应用SPSS、DNAStar、Bioedit和MEGA、BEAST等软件进行数据的统计分析。结果2010年1月至2012年12月江苏省累计报告乙型流感患者4355例，Victoria系3420例，Yamagata系935例。从HA基因进化树可以看出同一地区、同一年份的毒株同源性较高。Victoria系毒株与疫苗株相比，发生抗原位点146I→V、197D→N、129N→S替换，受体结合位点197D→N替换。Yamagata系毒株HA1与疫苗株相比，发生抗原位点198N→T、116N→K、146A→S替换。受体结合位点198N→T替换。Victoria、Yamagata系毒株各自在197、196位增加了一个糖基化位点；HA1基因尚未受到明显的正向选择压力，HAl基因核苷酸平均碱基替代率为1．05×10^-3[95％最高后验密度区间（HPD）：0．65×10^-3～1．45×10^-3]替换／（位点·年），贝叶斯轮廓曲线（BSP）模型结果和流行病学资料相符。结论乙型流感病毒分离株HA与相应的疫苗株相比发生了部分抗原位点、受体结合位点氨基酸变化，均增加一个糖基化位点。
- 李伟洪镭许阳婷王炜翔祁贤资海荣郭艳卫平民
- 关键词：流感病毒B型血凝素类进化
- 人类免疫缺陷病毒-1 CRF01_AE毒株在我国的分子传播网络分析被引量：6
- 2016年
- 目的构建我国HIV-1 CRF01_AE毒株分子传播网络，并分析网络特征。方法从洛斯阿拉莫斯国家实验室HIV基因数据库（Los Alamos database）下载中国地区的CRF01_AE pol区基因序列并进行人口学信息核对。通过构建系统进化树、提取传播簇、最小基因距离选择及传播网络可视化4个步骤构建传播网络。运用卡方检验分析不同人群参与网络形成的比例和网络中度的分布。描述性分析不同人群和不同地区之间的传播关联。结果2 419条序列共形成250个大小介于2～25的传播网络，包括847个节点和610条边。度≥2的个体虽然只占网络中个体总数的26.4%（224/847），但与66.5%（563/847）的个体存在关联。男男同性性行为者（MSM）、男性异性性行为者、静脉药瘾者（IDUs）及女性异性性行为者参与网络形成的比例分别为37.6%（669/1 781）、28.4%（102/359）、16.1%（10/62）和30.4%（66/217），差异有统计学意义（χ^2＝23.774，P〈0.001）。MSM人群中度≥2的比例（10.8%，193/1 781）显著高于男性异性性行为者（5.6%，20/359）和女性异性性行为者（4.6%，10/217）（P值分别为0.002和0.004）。网络中绝大多数（95.5%，639/669）MSM与其他MSM之间存在传播关联，仅有2.4%（16/669）的个体与女性异性性行为者之间存在传播关联，但有15.1%（10/66）的女性异性性行为者与MSM之间存在传播关联。男性异性性行为者与女性异性性行为者之间存在传播关联的比例为35.3%（36/102），与MSM之间具有传播关联的比例为9.8%（10/102）。网络中20.9%（177/847）的个体与其他省份之间存在传播关联。结论较少比例的超级传播者在CRF01_AE毒株的分子传播网络形成中起到了核心作用，不同人群和不同地区之间的毒株进行着活跃的传播。
- 李小杉钟平李伟杜国平方坤宋玥朱可心郭艳高蓉颜文娟宣杨卫平民
- 关键词：分子流行病学传播网络系统进化分析
- 2016年南京市乙型流感流行病学及病毒NA基因序列分析被引量：2
- 2018年
- 目的分析2016年南京市乙型流感流行病学特征及病毒NA基因分子进化特征。方法从中国疾病预防控制中心国家流感监测信息系统导出2016年南京市流感监测数据,应用生物信息学软件进行分析。结果2016年南京市流感监测网络实验室共检测流感样病例咽拭子样本5 626份,检测阳性病例771例,占13.70%。乙型流感282例,占流感病毒分离总数的36.58%。乙型流感病毒感染中,主要以Victoria谱系为主(93.62%);发病年龄以≤15岁人群居多,占58.87%(166/282);发病时间主要集中在3～4月,占71.63%(202/282);9株南京株NA全部分布进化树的Group2分支的两个小分支A/B,同B/Brisbane/60/08NA相比,共发生45I→T、73L→I、120I→V等10处氨基酸位点的替换,重要的酶活性位点及耐药位点均未发生变化。结论乙型流感为南京市2016年流感流行主要的优势毒株之一,春季为高发季节,NA氨基酸位点无特异性位点突变。
- 王炜翔吴小清苏晶晶李伟邓斐
- 关键词：乙型流感病毒神经氨酸酶分子特征基因进化
- 2009-2013年南京市流感流行病学特征分析被引量：24
- 2017年
- 目的描述2009-2013年期间南京市流感的流行病学规律和特点。方法流感样本来源于流感样病例,利用逆转录聚合酶链反应确定阳性病例以及流感分型。采用Excel 2007整理数据和SPSS 19.0进行统计分析。结果 2009-2013年间,南京地区共有流感样病例17 906例,其中阳性2 990例,流感阳性率为16.7%。流感阳性率随月份、季度和年份而改变,南京阳性率高峰主要出现在秋冬季,也伴有一些夏季的高峰。甲型流感主要在夏季、秋季和冬季流行,乙型流感主要在冬季流行。2009-2013年南京优势毒株为甲型H1N1,H3N2和乙型流感。H3N2通常在秋季和夏季达到流行高峰,甲型H1N1大流行在秋季出现高峰,乙型流感主要在冬季流行。南京地区在秋季和初冬出现流行高峰,但有些年份,在夏季和初秋出现H3N2流行高峰。采用移动流行病学方法建立标准模型,一般流感在南京的流行大约持续11周,流行阈值为25.21%,流感阳性的背景率为5.82%。结论南京流感高峰通常一年发生一次,但在有些年份中,会出现两个流感高峰时期。
- Michael James Cunningham李伟资海荣卫平民
- 关键词：流行病学逆转录聚合酶链反应
- 1968-2014年中国甲型H3N2流感病毒PB1基因进化分析被引量：4
- 2016年
- 【目的】分析季节性H3N2流感病毒PB1基因序列的变异情况,揭示H3N2流感病毒PB1基因的分子特征与进化趋势。【方法】对1968-2014年中国地区82株人H3N2毒株、2012-2014年江苏省分离的81株甲型H3N2流感病毒、6株SIV和4株AIV H3N2亚型PB1、PB1-F2基因进行分子进化分析。【结果】1968-2014年中国H3N2流感毒株PB1核苷酸和氨基酸相似性分别为90.91%-100%和96.91%-100%。系统进化树分析,1968-2014年共173株H3N2流感病毒总体上分为4个分支,2002-2014年分离毒株位于第IV分支上,1968-1994年分离毒株位于第II和III分支;猪源H3N2亚型分布于第I、II、IV分支上;分子特征显示PB1氨基酸52、113、179、216、576、586、619、621、709位在2002年以后发生适应性改变,替换了原来的氨基酸;PB1-F2基因编码截断型蛋白长度有52、34、25、24、11 aa(猪源),PB1-F2蛋白毒力关键位点上未出现高致病性特征突变。【结论】自1968年起H3N2亚型PB1基因变异逐步趋于稳定,且PB1-F2截断型毒株正逐渐成为一类新的进化特征,但PB1基因与其他亚型之间发生重配以及关键毒力位点的变异仍应是监测的重点。
- 郭艳颜文娟邓斐余慧燕王慎骄汤奋扬祁贤卫平民
- 关键词：进化分析
- 甲型流感病毒PB1-F2蛋白功能的研究进展被引量：5
- 2013年
- PB1-F2蛋白是甲型流感病毒表达的第11类蛋白，含有87～90个氨基酸残基，主要定位在线粒体中，可以诱导宿主细胞线粒体途径的细胞凋亡。部分流感病毒毒株的PB1-F2蛋白可以提高流感病毒聚合酶活性，从而促进病毒在宿主细胞中复制。同时完整的PB1-F2蛋白上存在特异的抗原表位，能诱导宿主体内免疫T细胞的表达，引起其免疫水平的改变，这与二次细菌感染引发的肺损伤具有显著关联。甲型流感病毒有多种亚型，而且存在地区间差异。国内、外在关于PB1-F2蛋白的作用机制与功能方面的研究大多针对一个地区的一种亚型的流感病毒毒株，且很多都是建立在假设的基础上，因此，对于PB1-F2蛋白的作用机制及其对宿主的影响有待于开展进一步的研究。作者就甲型流感病毒PB1-F2蛋白的功能学研究进展作一综述。
- 资海荣李伟李婕周丹卫平民
- 关键词：甲型流感病毒
