国家科技重大专项(2008ZX005-004)
- 作品数：12 被引量：167H指数：6
- 相关作者：沈法富张锐郭三堆王维梁成真更多>>
- 相关机构：山东农业大学中国农业科学院生物技术研究所石河子大学更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家高技术研究发展计划国家公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 陆地棉抗病基因同源序列的克隆与分析被引量：1
- 2011年
- 根据已知抗病基因NBS保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以7个抗黄萎病陆地棉品种和2个感黄萎病品种的基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其他品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,可分为4类;4类RGAs之间的相似性较低,各类之内的RGAs虽然来自不同品种,氨基酸序列的相似度却非常高。推测各大类中相似性较高的序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。
- 简桂良赵磊张文蔚齐放军王升正
- 关键词：棉花抗病基因同源序列NBS
- 陆地棉三个WRKY基因的克隆及表达分析被引量：11
- 2012年
- WRKY转录因子可调控下游抗逆基因的表达,进而在植物生长发育以及对外界环境的反应中起着重要的调控作用,目前对棉花WRKY家族基因的研究比较少。本研究利用电子克隆的方法,从陆地棉品种山农圣杂3号中克隆得到了3个具有完整开放阅读框的棉花WRKY基因,聚类分析表明它们同属于WRKY家族中的第Ⅱ类。利用RT-PCR结果表明:250mmol/LNaCl盐胁迫和20%PEG6000干旱胁迫下同时诱导GhWRKY4的基因表达,GhWRKY5仅受干旱胁迫下的诱导,而GhWRKY6对这两种逆境胁迫都没有变化。
- 张娜赵佩沈法富
- 关键词：陆地棉WRKY基因克隆
- 利用简并引物克隆天山雪莲sikPIP基因片段及RNAi载体的构建被引量：6
- 2010年
- 利用NCBI、Bloekmaker、CODEHOP、Primer Premier5.0等数据库和生物软件设计简并引物并利用简并引物RT-PCR,首次从天山雪莲中克隆到474bp的PIP基因cDNA片段,命名为sikPIP,其与GenBank中非洲杂交菊PIP基因氨基酸序列的同源性高达93.0%。从上述序列中选取200bp的序列,利用2对同尾酶将正义片段和反义片段插入到植物表达载体CAM2300-35S-Ocs中,成功构建天山雪莲RNAi载体CAM2300-35S-Ocs-sikPIP。为接下来的遗传转化,进一步探明sikPIP基因在天山雪莲中的功能奠定了基础。
- 孙辉祝建波
- 关键词：天山雪莲RNAI
- 盐芥ICE1转录因子的克隆及生物信息学分析被引量：16
- 2010年
- ICE1基因编码一个MYB类型的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子,在冷胁迫条件下调节CBF基因的表达,能够提高植物抗寒性。利用盐芥5′EST序列和拟南芥ICE13′UTR保守序列设计引物,从盐芥基因组中克隆得到了1个2525bp的基因xhICE。生物信息学分析,表明该基因具有4个外显子,4个内含子,外显子/内含子边界符合经典的GT-AG规则。由此推导的cDNA包含一个1500bp的开放阅读框,编码500个氨基酸。与拟南芥ICE1相比,二者的内含子具有相同的类型和相对保守的位置,在核酸水平与氨基酸水平高度同源,并且具有相同的bHLH结构域。以上分析都表明,xhICE基因可能是盐芥ICE1基因,涉及抗寒相关的CBF转录调控途径。
- 轩春雷肖向文李晓波祝建波
- 关键词：转录因子表达序列标签生物信息学
- 黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析被引量：5
- 2011年
- 根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。
- 简桂良赵磊张文蔚齐放军王升正
- 关键词：生物信息学分析
- 棉花抗逆相关基因GhDr1的克隆及生物信息学分析被引量：3
- 2011年
- 通过TAIL-PCR的方法从棉花中克隆到未知功能的新基因GhDr1,生物信息学分析结果表明,GhDr1的预测蛋白含有酪氨酸激酶和蛋白酶C磷酸化位点、潜在的锌指类功能模块、MAPK磷酸化位点及MAPK相互作用识别位点;与GhDr1同源基因位于同一基因簇的基因多为参与逆境信号转导的蛋白。推测GhDr1基因可能在逆境信号转导途径的磷酸化级联反应中被调节,参与棉花逆境应答的生理过程。
- 丁忠涛张锐郭三堆
- 关键词：生物信息学棉花TAIL-PCR抗逆
- 棉花中黄萎病抗性相关microRNA的挖掘及其靶基因分析被引量：4
- 2015年
- MicroRNAs（miRNAs）是一类长度约为19-25 nt内源性的、非编码单链小RNA,在植物逆境胁迫应答中具有重要的调节作用。为了获得棉花中黄萎病抗性相关的miRNA,利用生物信息学技术,本研究从Sanger miRNA数据库和已报道的文献中找到64个与棉花黄萎病抗性相关的miRNA,预测和分析了它们的靶基因和启动子,并从中筛选出12个miRNA进行了实时荧光定量PCR分析,为进一步深入研究miRNA的作用机制奠定基础和提高转基因棉花抵抗黄萎病的能力提供新的途径。
- 张玉娟王维陈洁刘聚波夏民旋牛越沈法富
- 关键词：MIRNA棉花黄萎病靶基因
- 植物长链非编码RNA进展分析被引量：4
- 2018年
- 长链非编码RNA(lncRNA)是分子长度大于200 bp,缺少编码蛋白质功能的RNA,根据lncRNA在基因组来源与邻近蛋白编码基因相对位置,可以分为5类:(1)正义长链非编码RNA;(2)来源内含子的反义转录RNA;(3)基因间的非编码RNA;(4)基因内的非编码RNA;(5)双向非编码RNA。lncRNA通过多种机制行使功能,包括激活、聚集或转运蛋白产生表观遗传沉默和抑制,核小体定位修饰启动子活性和调控DNA和组蛋白进行甲基化产生表观遗传学修饰。与m RNA相比较,lncRNA具有植物组织表达的特异性,植物lncRNA参与不同生物学代谢途径、具有多种生物学功能。
- 高成香邓粉妮沈法富
- 关键词：植物长链非编码RNA分子机制
- 超氧化物歧化酶与植物抗逆性被引量：89
- 2015年
- 超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)可以催化超氧化物的歧化反应,是活性氧清除系统中第一个发挥作用的抗氧化酶。植物在逆境胁迫下会产生对细胞有害的活性氧和自由基,SOD通过催化歧化反应使活性氧生成过氧化氢和氧气,保护细胞避免或减轻活性氧伤害。本文从SOD的发现、分类分布、理化性质、进化、表达调控机制及在植物抗逆性等方面进行了综述,并对其在农业生产的应用以及未来的研究方法进行了展望。
- 夏民旋王维袁瑞邓粉妮沈法富
- 关键词：超氧化物歧化酶活性氧抗逆性植物
- 棉花GhRCA1基因启动子的克隆及序列分析被引量：3
- 2014年
- 为了给转基因育种提供诱导型和组织特异型启动子,本研究根据陆地棉GhRCA1基因的cDNA序列和雷蒙德氏棉的基因组序列,采用PCR技术对GhRCA1基因的5'端上游转录调控序列扩增,获得棉花GhRCA1基因的2个启动子序列,分别命名为RCA11和RCA12。生物信息学分析表明,这2个序列均具有多个启动子的基本元件TATA-box和CAAT-box,并含有多种光调控相关的顺式作用元件、激素响应元件、逆境胁迫诱导相关的响应元件等。推测GhRCA1基因的2个启动子都受光的诱导,启动子序列上核苷酸和顺式元件的差异可能使GhRCA1基因的表达受到不同程度的调控。本研究通过克隆和分析GhRCA1基因的启动子序列,为进一步研究该启动子的功能以及基因的表达调控机制奠定了基础。
- 刘聚波张玉娟陈洁沈法富
- 关键词：棉花启动子
