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甘蔗EST-SSR标记的开发和多样性分析被引量：2: 2012年; 运用生物信息学分析方法对甘蔗(Saccharum spp.)的282 809条表达序列标签(ESTs)进行分析,共获得Unigene 138 590条,发掘出分布于10 086条Unigene的10 505个微卫星(EST-SSR)位点,SSR发生频率为7.26%,平均9.22 kb出现1个SSR。在7个杂交甘蔗品种中,三核苷酸基元的SSR数量最多(74.95个/Mb),其次为二核苷酸基元的SSR(22.95个/Mb),二者占总数的90.27%。以CCG/CGG、AG/CT为重复基元的SSR是最常见的EST-SSR类型,富含G/C的EST-SSR占据极明显的优势。与拟南芥和水稻cDNA序列内SSR的比较表明,富含G/C的SSR可能是禾本科植物SSR的一个共同特点。研究发现,SSR在EST与基因组序列之间以及在不同甘蔗品种之间的分布存在差别,具有丰富的多样性。此外,从EST数据分析获得杂交甘蔗品种的16个保守基因,从中发掘了9个SSR位点。最后,利用Primer3和e-PCR软件设计了一批具有物种特异性和通用性的EST-SSR PCR引物,相关数据可以通过http://59.50.66.49/SSR/sugarcane/sugarcane.EST-SSR.tgz链接从因特网下载。该研究结果可为开展甘蔗遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子辅助育种提供参考。; 黄启星张雨良王俊刚伍苏然张树珍郭安平; 关键词：甘蔗 EST SSR 微卫星

海南地区番木瓜花叶病病原的分子鉴定与多样性分析被引量：1: 2014年; 番木瓜环斑病毒(Papaya ring spot virus,PRSV)和番木瓜畸形花叶病毒(Papaya leaf-distortion mosaic virus,PLDMV)是热带、亚热带地区严重威胁番木瓜农业生产的主要病害。本研究对27份疑似番木瓜花叶病病叶样品进行分子鉴定,提取病叶总RNA,反转录获得对应的cDNA,根据PRSV病毒的CP、P1、Hc-Pro和NIb基因序列和PLDMV病毒的CP基因序列设计特异性引物进行PCR检测和测序分析。研究发现PRSV感染20例(74.1%),PLDMV感染3例(11.1%),PRSV和PLDMV交叉感染的样品1例(3.7%)。多样性分析结果表明,海南地区PRSV病毒存在3个株系,株系之间出现明显分化;海南地区PLDMV病毒与日本和台湾地区报道的PLDMV病毒株系有共同的起源。研究结果表明PRSV和PLDMV是海南地区番木瓜花叶病的主要病原,其中PRSV病毒3个株系之间P1基因同源性在95%以下,这可为后续研究构建抗PRSV和PLDMV的双价表达载体提供数据支持。; 张雨良黄启星朱丽娣孔华曾会才姜浩元刘志昕; 关键词：番木瓜 PRSV

11种热带植物EST-SSR标记的开发和多样性分析被引量：5: 2012年; 对11种热带植物的640 863条表达序列标签(ESTs)进行分析,发掘出13 916个EST-SSR位点,平均分布频率约为109.37个/Mb,主要特点表现为:(1)不同物种间的EST-SSR丰度存在明显差异,其中菠萝EST-SSR位点最为丰富(201.75个/Mb);芒果EST-SSR位点丰度最低(49.55个/Mb);(2)二、三核苷酸基元的SSR最为常见,两者占总数的88.68%。其中,AG/CT、AT/AT和AAG/CTT在不同基因组区域都是占优势的SSR类型;(3)SSR在基因组不同区域分布丰度存在很大差异。其中,麻疯树基因组SSR(gSSR)的丰度是EST-SSR丰度的17倍多;(4)保守基因内AG/CT重复的SSR极其丰富。此外,设计了一批具有物种特异性的EST-SSR PCR引物。; 黄启星左娇孔华郭运玲周霞郭安平; 关键词：热带植物 EST SSR 微卫星

MicroRNA用于创制抗PRSV番木瓜新种质的展望: 2012年; 微小RNA(microRNA,miRNA)是真核生物体内调控基因表达的一类非常重要的小分子RNA,在植物逆境适应过程中发挥着重要的作用。总结番木瓜环斑病毒(papaya ring spot virus,PRSV)致病机理研究的最新进展,探讨miRNA在植物抗病毒中的研究进展和应用前景,提出研究番木瓜miRNA参与抗PRSV机制的途径,为开展番木瓜miRNA研究和创制抗PRSV番木瓜新种质提供理论参考。; 黄启星张雨良赵辉孔华曾会才Yun J.Zhu郭安平; 关键词：MICRORNA PRSV 番木瓜

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