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高密度基因芯片设计和信息分析: ＜正＞生物信息学在基因芯片研究中的应用主要表现在三个方面,即确定芯片检测目标、芯片设计和实验数据管理与分析。对于一个具体的基因芯片研究或应用而言,首先,利用生物信息学的方法,通过核酸数据库查询和序列分析,确定基因芯片所...; 孙啸谢建明陆祖宏; 文献传递

生物信息学在基因芯片中的应用被引量：33: 2001年; 生物信息学和基因芯片是生命科学研究领域中的两种新方法和新技术 ,生物信息学与基因芯片密切相关 ,生物信息学促进了基因芯片的研究与应用 ,而基因芯片则丰富了生物信息学的研究内容。本论文探讨生物信息学在基因芯片中的应用 ,将生物信息学方法运用到高密度基因芯片设计和芯片实验数据管理及分析。从信息学的角度提出基因芯片设计准则 ,提出寡核苷酸探针的优化设计方法 ,将该方法运用于再测序型芯片和基因表达型芯片的设计 ,在此基础上研制出高密度基因芯片设计软件系统和实验结果分析系统。; 孙啸王晔何农跃赵雨杰陆祖宏; 关键词：生物信息学基因芯片探针设计

再测序DNA微阵列的等长变覆盖探针设计方法被引量：2: 2004年; 针对再测序DNA微阵列的寡核苷酸探针设计 ,提出了 2种等长变覆盖的方法 :①基于Tm距离的探针优化方法 ,从冗余探针集中逐步删除具有最大Tm 距离的探针 ;②应用遗传算法 ,将候选探针集编码为染色体 ,通过选择、交叉和变异等遗传操作得到最大适应度的探针集 .这 2种方法 ,都能在探针长度相等的情况下 ,通过改变相邻探针之间的覆盖度使探针的Tm 值尽可能保持一致 .实验结果表明 :等长变覆盖法得到的探针集整体优于等长移位法和变长变覆盖法的结果 ,具有更好的杂交条件一致性 .; 谢建明方辉胡弘陆祖宏孙啸; 关键词：探针设计遗传算法

一种高密度基因芯片设计的新方法被引量：10: 2001年; 基因芯片是一种由高密度寡核苷酸探针所形成的微阵列 .本文首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针设计的新思想 ,即变长变覆盖探针优化设计方法 ,通过该方法设计的寡核苷酸探针的杂交解链温度最大程度地保持一致 ,可有效地减少碱基杂交错配 ,提高基因芯片检测结果的可靠性 .根据上述核心思想。; 孙啸王晔赵雨杰马建明陆祖宏; 关键词：基因芯片探针设计动态规划 DNA芯片

高密度基因芯片探针布局方法被引量：1: 2001年; 为了提高基因芯片制备质量和检测的准确性 ,提出两种基因芯片布局方法 ,一是分子印章凸点优化布局方法 ,另一种是基于探针杂交解链温度的梯度场布局方法。利用上述两种方法对所设计的高密度基因芯片进行控针布局实验 ,结果表明 :第一种方法能够使制备基因芯片的分子印章上凸点均匀分布 ,解决误压印问题 ,从而提高基因芯片的制备质量 ;而第二种方法能够使基因芯片上的探针按照杂交解链温度有序地组织起来。; 孙啸顾万君何农跃陆祖宏; 关键词：基因芯片

寡核苷酸合成的一种优化方法: 2002年; 为提高寡核苷酸的合成效率 ,结合本实验室研制出的探针并行合成装置 ,提出了一种寡核苷酸合成的优化方法 ,可有效减少合成的循环次数 ,同时使合成成本降低、合成时间缩短。; 张玉骥朱纪军孙啸陆祖宏; 关键词：寡核苷酸基因芯片

基因芯片设计及数据分析软件系统被引量：22: 2000年; 基因芯片是提取生物分子信息的一种新技术 ,该技术是分子生物学与电子信息科学交叉的产物 .基因芯片在基因型分析、基因表达监控和疾病检测方面有着重要的应用 .本论文分析基因芯片中的信息处理问题 ,介绍一个高密度基因芯片设计及数据分析软件系统 ,该系统包括基因芯片探针设计、芯片优化。; 孙啸王晔张晓莉谢建明陆祖宏; 关键词：基因芯片探针设计

一种高密度基因芯片的优化方法被引量：4: 2000年; Gene chip is the fusion of molecular biology,microelectronics and micromechanics.Mask board is the key to high-density gene chip fabrication.By using masks ,DNA probes can be synthesized in situ with high density and accurate location.But it is costly to make the masks.A method of chip optimization is proposed to reduce the number of masks needed for gene chip synthesis,to reduce the synthesiscycles,and then to increase the efficiency of chip making.It is very important to gene chip applications.; 孙啸何农跃赵雨杰陆祖宏; 关键词：基因芯片优化技术高密度基因芯片

生物信息学中基因数据可视化被引量：16: 2001年; 科学可视化技术是进行生物数据挖掘的重要手段。本文综合介绍了主要的基因数据可视化技术 :各种基因调控网、层次树显示、信息壁技术。; 杨锡南孙啸; 关键词：科学可视化生物信息学基因数据生物数据可视化技术

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国家自然科学基金(69971010)