国家自然科学基金(20972112)
- 作品数：6 被引量：2H指数：1
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- 2-(4-甲氧基苯基)亚肼基乙酸与乙醛酸反应密度泛函理论研究(英文)
- 2011年
- 本文应用量子化学密度泛函理论（DFT）研究了2-（4-甲氧基苯基）亚肼基乙酸与乙醛酸的反应机理及动力学行为，并研究了不同取代基对反应的影响。在RB3LYP／6—31G＊水平上，优化了各反应通道的反应物、中间体、过渡态及产物的几何构型，计算了各驻点的振动频率、零点能和电荷分布。计算结果表明，该反应有2条反应通道，分别生成（2z）和（2E）－3-（4．甲氧基苯基二氮烯基）丙烯酸。产物发生了键长的平均化和电荷的重新分布。两反应通道具有相同的反应入口，Z式产物为主要产物，2－（4－甲氧基苯基）亚肼基乙酸中苯环对位被给电子基团取代，有利于反应进行。
- 刘旭圆徐为人王润玲陈正隆胡骁程先超汤立达
- 关键词：乙醛酸密度泛函
- PPARα、γ、δ三靶点激动剂设计、虚拟筛选及分子动力学模拟研究被引量：1
- 2011年
- 目的:设计并筛选过氧化物酶体增殖物激活受体α、γ、δ(PPARα、γ、δ)三靶点激动剂,探讨其与三靶点相互作用情况。方法:根据PPARα、γ、δ三靶点激动剂2D药效团特征设计一系列小分子;通过分子对接方法对其进行虚拟筛选;应用分子动力学方法模拟其与PPARα、γ、δ的相互作用。结果:设计得到一系列苯氧乙酸类衍生物作为PPARα、γ、δ三靶点激动剂;对接结果表明通过柔性的连接基团连接一个芳香基团的苯氧乙酸类衍生物可以与PPARα、γ、δ活性位点良好结合;分子动力学结果表明模拟过程中受体与激动剂复合物体系是稳定的,苯氧乙酸类衍生物可以在PPAR配体结合位点灵活波动并与受体AF-2螺旋周期性地形成氢键,使AF-2螺旋稳定于激活构象从而引导协同因子与受体结合来激动受体启动转录过程。结论:通过柔性连接基团连接一个芳香基团的苯氧乙酸类衍生物可以作为PPARα、γ、δ三靶点激动剂。
- 刘旭圆徐为人程先超王润玲
- 关键词：过氧化物酶体增殖物激活受体激动剂分子动力学
- 过氧化物酶体增殖物激活受体-γ激动剂诱导契合机制的分子动力学研究
- 2011年
- 目的:研究激动剂能够使过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPAR-γ)的α螺旋结构更稳定的原因以及PPAR-γ可能的活化机制。方法:利用分子动力学模拟的方法研究激动剂对PPAR-γ的α螺旋的诱导契合效应。结果:激动剂的存在能够增加PPAR-γ中α螺旋H2’、H3和H12(AF-2)的骨架氢键概率。结论:激动剂能够使PPAR-γ的α螺旋H2’、H3及H12(AF-2)结构更稳定,同时也影响α螺旋之间氢键的形成与断裂,而且残基侧链二面角的分布也同样能佐证上述观点。
- 梁静刘梦源程先超董卫莉徐为人王润玲
- 关键词：过氧化物酶体增殖物激活受体-Γ激动剂分子动力学模拟
- 单/双磷酸化酪氨酸底物与蛋白酪氨酸磷酸酯酶1B相互作用分子动力学研究
- 2011年
- 目的:探索双磷酸化酪氨酸底物与蛋白酪氨酸磷酸酯酶1B(PTP1B)亲和能力比单磷酸化酪氨酸底物高的原因。方法:利用分子动力学模拟的方法来研究上述两种底物与PTP1B相互作用的差异。结果:双磷酸化酪氨酸底物和单磷酸化酪氨酸底物对PTP1B骨架运动影响模式相近。但双磷酸化酪氨酸底物可以增强底物与PTP1B的Asp48之间的形成氢键的概率。能量分解分析表明双磷酸化酪氨酸底物两个双磷酸化酪氨酸与PTP1B之间的强静电作用是导致双磷酸化酪氨酸底物与PTP1B相互作用能的主要原因。结论:双磷酸化酪氨酸底物与PTP1B比单磷酸化酪氨酸底物亲和力高的主要原因是双磷酸化酪氨酸底物与PTP1B中Asp48强氢键作用以及双磷酸化酪氨酸底物的两个双磷酸化酪氨酸与PTP1B之间的强静电作用。
- 董振科刘梦源程先超王润玲
- 关键词：抑制剂分子动力学
- PPAR α/γ双重激动剂的设计及分子动力学研究
- 2012年
- 目的:设计PPARα/γ双重激动剂,提高其降糖活性,为以后相关疾病的治疗提供科学的方法和依据。方法:应用Schrodinger Suite 2009中的Glide模块对drug-like数据库进行高通量虚拟筛选,对筛选出的结构利用"Core Hopping"模块进行修饰,利用Gromacs 4.0软件包进行分子动力学模拟研究,将PPARα/γ的空载蛋白及其与选出的配体小分子复合物体系分别进行10 ns的分子动力学模拟,最后应用Qikprop模块做ADME(吸收、分布、代谢、排泄)预测来推测这些化合物的成药可能性。结果:设计出一系列新的PPARα/γ双重激动剂。用分子对接方法和分子动力学模拟分析了新激动剂和PPARα/γ的相互作用机制,与临床应用的激动剂ragalitazar相比有更好的结合能力。通过ADME预测得出设计出的化合物均符合类药5原则。结论:通过计算机辅助设计得到的小分子与PPARα/γ的结合能力理论上优于激动剂ragalitazar。预期这些化合物可能成为新的治疗2型糖尿病的目标化合物。
- 王业柳马英王润玲王树青徐为人
- 关键词：PPAR药物设计分子动力学ADME
- 糖原合成酶激酶3β活性调节机制的分子动力学模拟被引量：1
- 2012年
- 目的:探讨研究糖原合成酶激酶(GSK-3β)的活性调节机制。方法:利用Desmond 9.0软件对GSK-3β-轴素复合物和GSK-3β-FRATtide复合物进行分子动力学模拟研究。结果:与GSK-3β-轴素复合物相比,在GSK-3β-FRATtide复合物中,Lys205同Glu211、Asn213之间的氢键作用消失,Lys205与Glu211不能形成稳定的盐键;FRATtide的Arg219与GSK-3β的Asp264,GSK-3β的Gly259与Arg220之间能形成稳定的氢键。此外,Phe67和Phe93显示出位置的偏移。这些都将导致GSK-3β活性环的构象变化进而抑制GSK-3β的催化活性。结论:GSK-3β的活性调节是通过改变其活化环构象来实现的。
- 胡鳞方刘梦源董卫莉徐为人王树青王润玲
- 关键词：糖原合成酶激酶-3ΒWNT信号通路分子动力学模拟
