国家自然科学基金(30572127)
- 作品数：7 被引量：20H指数：4
- 相关作者：于颖彦朱正纲计骏刘炳亚林言箴更多>>
- 相关机构：上海交通大学医学院附属瑞金医院中国科学院复旦大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市科学技术委员会基础研究重点项目国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 同源盒基因在胃肠道发育与胃肠道肿瘤发生中的作用
- 2006年
- 同源盒基因分为HOX基因和Para-HOX基因两大类。作为一类高度保守的基因家族,其在胚胎发育过程中发挥了重要作用;近年来它与肿瘤的关系也受到越来越多的关注。此文对同源盒基因在胃肠道发育及胃肠道肿瘤发生中的作用作一综述。
- 潘玉申于颖彦朱正纲
- 关键词：同源盒基因HOX基因胃肠道发育胃肠道肿瘤
- 胃癌5号染色体短臂杂合性缺失的精细作图及其相关基因探讨被引量：8
- 2006年
- 目的探讨胃癌5号染色体短臂（5p）微卫星标记杂合性缺失（LOH）与胃癌组织学表型的相关性。方法收集80例手术切除的胃癌标本及其配对正常胃黏膜组织。部分标本抽提基因组DNA，选用分布于5号染色体短臂上17个微卫星多态标记进行LOH分析；部分标本以10％中性福尔马林固定，石蜡包埋，进行常规切片染色，采用Lauren分型法进行组织病理学分型。结果5号染色体短臂17个微卫星标记的平均信息性病例比例为60．0％（48／80），35．0％（28／80）的病例至少一个位点检测到LOH。D5S2849位点（7．77eM）LOH频率最高，为35．2％（19／54）。5p最小丢失区域在6．67～9．41eM区间（涵盖2．7eM，1．18Mb），定位为5p15．33区，包括D5S417、D5S2849、D5S1492和D5S2088位点。28例携带LOH的病例中，24例（85．7％）为肠型胃癌，4例（14．3％）为弥漫型胃癌，肠型胃癌的LOH频率显著高于弥漫型胃癌病例（P〈0．01）。NCBI基因数据库检索显示，该区内含有IRX1、IRX2和CEI3个基因。结论5p15．33区发生的分子遗传学改变可能参与胃癌的形态分化和发展，使胃癌分化成肠型与弥漫型不同的组织学类型。5p15．33最小丢失区内的基因簇可能与胃癌，尤其是肠型胃癌的发生发展相关。
- 于颖彦计骏陆云步磊刘炳亚朱正纲林言箴
- 关键词：胃癌5号染色体相关基因
- 酵母单杂交体系筛选胃cDNA文库中IRX1的核心启动子结合蛋白
- 2011年
- 目的 以IRX1基因启动子为诱饵,在胃cDNA文库内钓取与之相互作用的蛋白质.方法 构建IRX1启动子诱饵报告基因质粒并转化酵母单杂交（Y1H）Gold酵母获得诱饵基因酵母菌;抽提人胃组织总RNA,逆转得到cDNA文库,文库片段为0.3～2.5 Kb,作为猎物与线性化pGADT7-Rec文库质粒共转染诱饵酵母菌.结果 对胃cDNA文库的筛选效率达到3×106,从人胃组织cDNA文库共钓取到8个阳性克隆,测序分析获得3个具有完整开放读码框（ORF）的基因,其编码蛋白均含锌指结构域.结论 以酵母单杂交筛选文库方法得到与IRXI基因启动子序列相互作用蛋白质,为探讨IRX1基因的转录调控机制奠定了基础.
- 张荣娟于颖彦霍克克张迪李璞计骏张佳年陈雪华刘炳亚朱正纲
- 关键词：抑癌基因CDNA文库
- 胃癌表型与5p15.33位点等位基因丢失相关性研究被引量：10
- 2005年
- 目的探讨胃癌5p15.33区微卫星标记杂合性缺失(LOH)与临床病理学表型的相关性。方法抽提80例胃癌标本及其配对正常胃黏膜中基因组DNA,应用4个微卫星标记对5p15.33区进行LOH检测并与Lauren分型等临床病理学指标分析。结果有76例临床信息齐全病例纳入统计分析。5p15.33区4个微卫星标记平均信息性病例比例为71.05%。其中31.58%(24/76)病例至少一个位点检测到LOH,以D5S2849位点LOH频率最高(37.25%)。5p15.33位点LOH以肠型胃癌多见(P<0.01),与年龄、性别、部位、肿瘤大小、TNM分期及有无淋巴结转移无明显关系。结论5p15.33区可能存在控制胃癌形态学表型的候选抑癌基因,但该基因可能不是决定其他临床表型的主要基因。
- 于颖彦计骏陆云步磊刘炳亚朱正纲林言箴
- 关键词：胃癌杂合性缺失表型等位基因丢失胃癌标本
- 胃癌中IRX1的表达与启动子区甲基化的相关性被引量：7
- 2007年
- 目的探讨胃癌中同源盒基因IRX1的表达与启动子区甲基化修饰之间的关系。方法生物信息学软件分析IRX1基因启动子区;RT-PCR检测胃癌细胞株及手术切除胃癌组织IRX1基因mRNA表达水平;MSP及BSP法检测启动子区甲基化状态;检测去甲基化试剂5-杂氮-2’-脱氧胞苷的干预对胃癌细胞IRX1基因表达的逆转效应。结果经生物信息学预测IRX1基因转录起始点上游启动子区富含CpG岛;胃癌细胞株及胃癌组织IRX1基因表达有不同程度下调;MSP及BSP检测显示所有胃癌细胞株启动子区呈高甲基化状态;经5-Aza-CdR处理的细胞株IRX1基因的表达有不同程度上调。结论胃癌中IRX1基因的表达下调与启动子区甲基化修饰有一定关系,为探讨IRX1基因作为去甲基化治疗靶点的可能性提供了实验数据。
- 潘玉申于颖彦计骏纪玉宝瞿颖李建芳张俊刘炳亚朱正纲林言箴
- 关键词：同源盒基因胃癌甲基化
- 胃癌中IRX1基因的表达及生物信息学功能预测
- 2007年
- 目的研究胃癌中同源盒基因IRX1的表达并分析该基因的结构与功能特征。方法从NCBI基因数据库中提取IRX1基因(NM-024337)编码序列及夕端转录起始点上、下游各3000bp,利用生物信息学程序进行基因结构与蛋白同源性分析;对7株人胃癌体外培养细胞株及57例胃癌采用半定量RT-PCR方法检测IRX1基因mRNA表达。结果IRX1基因转录起始点上游富含CpG岛;基因编码蛋白质含有HOX与IRO两个模序,3端第400～450氨基酸为富含脯氨酸区域;IRX1～IRX6为高度同源性蛋白。7株胃癌细胞株中4株IRX1表达消失,3株表达降低。57例正常胃黏膜有IRX1mRNA表达,但对应的胃癌组织中20例(35.09%)mRNA表达下降,其中肠型胃癌占65%。结论IRX1基因在胃癌中呈不同程度的表达下调,并与胃癌的形态学表型,尤其是肠型胃癌明显相关。IRX1基因转录起始点上游存在高甲基化结构基础。
- 于颖彦计骏潘玉申
- 关键词：胃肿瘤基因基因表达生物信息学
- 胃癌中IRX1基因的表达及生物信息学功能预测被引量：4
- 2006年
- 目的:研究胃癌中同源盒基因IRX1的表达并分析该基因的结构与功能特征。方法:从NCBI基因数据库中提取IRX1基因(NM-024337)编码序列及5'端转录起始点上、下游各3,000bp,利用生物信息学程序进行基因结构与蛋白同源性分析;对7株人胃癌体外培养细胞株及57例胃癌采用半定量RT-PCR方法检测IRX1基因mRNA表达。结果:IRX1基因转录起始点上游富含CpG岛;基因编码蛋白质含有HOX与IRO两个模序,3'端第400～450氨基酸为富含脯氨酸区域;IRX1～IRX6为高度同源性蛋白。7株胃癌细胞株中4株IRX1表达消失,3株表达降低。57例正常胃粘膜有IRX1mRNA表达,但对应的胃癌组织中20例(35.09%)mRNA表达下降,其中肠型胃癌占65%。结论:IRX1基因在胃癌中呈不同程度的表达下调,并与胃癌的形态学表型,尤其是肠型胃癌明显相关。IRX1基因转录起始点上游存在高甲基化结构基础。
- 于颖彦计骏潘玉申刘炳亚朱正纲林言箴
- 关键词：胃肿瘤基因基因表达生物信息学
