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真核生物内含子数据库统计规律研究被引量：3: 2005年; 根据GenBank的序列数据,构建了真核生物内含子数据库(EID).对EID统计规律的研究表明,数据库共有103 848个基因,478 484个内含子,582 332个外显子,平均每个基因有4.61个内含子,5.61个外显子,内含子长度为40～120个核苷酸的最多.对人、大鼠、小鼠、鸡、果蝇、线虫、拟南芥、玉米和裂殖酵母等9种模式生物的数据的统计分析表明,在真核生物中,并不是生物越高等,基因中的内含子数或外显子数就越大.进一步,对各种模式生物的基因组大小与内含子比例及内含子密度的关系、内含子相位、内含子剪接位点等特征进行了统计研究.; 何淼李继东张尚宏; 关键词：真核生物内含子数据库

大豆谷丙转氨酶的结构模型构建及其应用: 2020年; 大豆是一种重要的固氮农作物,其种子萌发时具有较强的氨基酸代谢作用,谷丙转氨酶的活性较高。而谷丙转氨酶能催化谷氨酸和丙酮酸可逆反应生成α-酮戊二酸和丙氨酸,且这一反应在生物的氨基酸代谢调节中起到十分重要的作用。通过查阅数据库,获得大豆谷丙转氨酶的可能序列,并利用Discovery Studio软件对大豆谷丙转氨酶的蛋白质序列(NCBI序列号NP001237567.2)进行了同源建模,得到了大豆谷丙转氨酶的三维结构模型。也通过分子动力学探究该模型在不同浓度的缓冲液中的状态,得到了一个稳定的溶液态模型。通过对该谷丙转氨酶的三维结构模型的改造和优化也证明了大豆谷丙转氨酶添加组氨酸标记的可行性,为后续表达和分离纯化大豆谷丙转氨酶的工作进行了理论准备。; 林深钟镕华孟繁梅郑晓如伍俭儿张尚宏; 关键词：谷丙转氨酶大豆同源建模组氨酸标签

社鼠和针毛鼠线粒体DNA序列的歧异及其系统进化关系被引量：6: 2005年; 社鼠和针毛鼠是有着广泛地理分布的山地鼠种,它们的一些形态特征及核型明显有别于同属的其它鼠类。社鼠的亚种——雷琼社鼠局限于分布在广东省西部地区和海南省,它的形态特征多似社鼠,但也有少数特征相似于针毛鼠。对于社鼠和针毛鼠的分类地位及社鼠亚种的分化一直有着各种讨论。本研究进行了社鼠和雷琼社鼠以及针毛鼠龙门种群和香港种群的细胞色素b(264个核苷酸位点)和12SrRNA(387个核苷酸位点)基因片段的测序。社鼠与雷琼社鼠线粒体的细胞色素b基因片段问包含有19个变异位点、12SrRNA基因片段问包含11个变异位点和2个插入/缺失位点。针毛鼠的2个种群间的细胞色素b和12SrRNA基因片段分别包含了3个和11个变异位点。通过邻接法和最大简约法重建的系统进化关系表明:雷琼社鼠与社鼠有着紧密的亲缘关系,它的亚种地位得到了线粒体DNA序列证据的肯定。针毛鼠龙门种群和香港种群细胞色素b和12SrRNA基因片段序列的歧异反映出两个种群由于长期的地理隔离及其所经历自然选择的结果。; 江庆澜何淼辛景禧黄荣春关海山; 关键词：社鼠线粒体DNA 歧异系统进化关系

基因组寡聚核苷酸频率组分差异的进化信息被引量：1: 2008年; 利用不同基因组全序列中寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树,并与传统方法的建树结果比较,分析以寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树的可行性及适用范围。在获得194种原核生物基因组全序列寡聚核苷酸频率数据的基础上,依据寡聚核苷酸组分的保守性构建权重矩阵,对寡聚核苷酸组分差异加权,并尝试用绝对值距离、Lance距离、欧氏距离三种方法计算距离矩阵,再用距离法构建系统树。结果显示,该方法对科以下分类单位的建树与传统方法的建树基本一致,而对科以上的分类单位较难区分。首次利用寡聚核苷酸频率保守性进行加权,通过非比对的算法用基因组全序列建树。; 熊远妍王军鹏蓝一杰文明张尚宏; 关键词：基因组全序列寡聚核苷酸系统树数据发掘生物信息学

不同生活习性下原核生物基因组大小与GC含量的关系研究被引量：2: 2011年; 对原核生物基因组的研究显示,基因组GC含量与基因组大小和氧气偏好性等因素存在着一定的相关性。为了探索基因组大小与GC含量的相关性是否受原核生物生活习性的影响,选取了有代表性的411种原核生物(包括古细菌与真细菌),分别从最适生长温度、氧气偏好性、运动特性、水生特性和寄生特性等因素进行分析,发现基因组大小与GC含量的相关性确实受这些因素的影响,而寄生原核生物中显示出最好的相关性。; 林瀚黄亚志张尚宏; 关键词：原核生物基因组大小 GC含量生活习性

真核生物内含子数据库构建被引量：3: 2004年; 通过下载国际一级序列数据库GenBank的序列数据,开发研制了真核生物基因内含子数据库EID,该数据库由一个主数据库和多个子数据库组成,子数据库包括细胞核内含子数据库、细胞器内含子数据库,以及植物、无脊椎动物、灵长类、啮齿类、其他哺乳类和其他脊椎动物等不同类型生物内含子数据库。文中详细介绍了数据的获取和筛选方法,主数据库中dEID,pEID,hEID的文件格式和结构,EID数据库构建程序,以及EID的查询方式,提供的分析工具等。EID将建设成为研究内含子功能和进化起源的生物信息学平台。; 何淼李继东张尚宏; 关键词：真核生物内含子数据库

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国家自然科学基金(30270752)