欧盟第六框架计划(SP5B-CT-2006-044161)
- 作品数：2 被引量：23H指数：2
- 相关作者：寇铮李天宪胡松年王升跃雷富民更多>>
- 相关机构：中国科学院华中科技大学更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程重要方向项目欧盟第六框架计划国家科技基础性工作专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 甲型H1N1流感病毒流行株基因组进化分析被引量：21
- 2009年
- 2009年4月,北美地区出现甲型H1N1流感疫情,并且疫情快速扩散至欧亚非三大洲,风险等级上升至5级.截止至5月13日,甲型H1N1流感病毒已扩散至33个国家和地区,实验室确认病例5728例,死亡61人.从NCBI的IRV和GISAID的EpiFluDB数据库下载甲型H1N1流感病毒序列425条,进行序列比对与进化分析.分析结果显示:(ⅰ)当前流行的甲型H1N1流感病毒是一个三重排A型流感病毒:HA,NA,MP,NP和NS来源于猪流感病毒;PB2和PA来源于禽流感病毒;PB1来源于人流感病毒.(ⅱ)猪流感病毒的来源可细分为:HA,NP和NS来源于H1N1亚型经典猪流感毒株;NA和MP来源于H1N1亚型禽源猪流感毒株.(ⅲ)甲型H1N1流感病毒在流行扩散过程中没有显著变异,同时病毒基因组没有发生重排.本文除了分析美国代表毒株A/California/04/2009(H1N1)外,还以墨西哥代表毒株A/Mexico/4486/2009(H1N1)为主进行了同源性和进化分析,地理范围相对较大,分析结果更具科学性.
- 寇铮胡松年李天宪
- 关键词：甲型H1N1流感病毒H1N1亚型基因组
- A型禽流感病毒的分子模式被引量：2
- 2008年
- A型禽流感病毒能跨越宿主屏障,引起人死亡.高致病性禽流感H5N1亚型病毒就是一个特例.跨宿主传播的分子机理目前仍不清楚.将不同亚型的237株流感病毒的内部蛋白序列转化为伪信号,采用小波包分解的方法提取能量特征.依据每株病毒的能量特征值,进行层次聚类.聚类结果显示,5种分子模式存在A型禽流感病毒中,并与跨宿主传播的表型相关联.分析结果同时显示,模式为C和E的病毒可以跨越宿主屏障,而模式为A,B和D的病毒缺乏此种能力.结果表明,可以用来构建一个早期预警系统,用来预测A型禽流感跨越宿主传播的可能性.
- 寇铮雷富民王升跃周艳红李天宪
- 关键词：H5N1小波包分解聚类
