江苏省医学重点人才培养基金(RC2011084)
- 作品数：31 被引量：266H指数：9
- 相关作者：祁贤汤奋扬邓斐王慎骄秦圆方更多>>
- 相关机构：江苏省疾病预防控制中心东南大学卫生部更多>>
- 发文基金：江苏省医学重点人才培养基金江苏省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学生物学更多>>
- 快速PCR检测猪链球菌2型方法的研究及应用被引量：11
- 2012年
- 目的建立可同时检测猪链球菌2型5种特异基因的快速PCR方法。方法根据已有的5对猪链球菌2型特异基因引物,运用高效聚合酶及优化反应程序,建立针对猪链球菌2型的16sRNA基因、荚膜多糖基因(cps-2J)、溶菌酶释放蛋白相关基因(mrp)、细胞外因子基因(ef)和溶血素基因(sly)的快速PCR方法。结果此法可在一台PCR仪上30min同时扩增猪链球菌2型的5种特异基因,敏感性和特异性与普通PCR无差别。对35株猪链球菌2型菌株的检出率为100%。结论所建立的检测方法具有便捷、快速的优点,可应用于人畜间猪链球菌2型突发疫情的实验室快速诊断。
- 谈忠鸣鲍昌俊潘红星顾玲周璐钱慧敏董晨汤奋扬
- 关键词：猪链球菌2型特异基因
- 1株H5N6亚型禽流感病毒分子特征分析被引量：3
- 2016年
- 目的 对从某活禽市场环境中分离出的1株H5N6亚型禽流感病毒（A/environment/Zhenjiang/C13/2013,en/c13）进行全基因组序列测定,以揭示其基因起源和分子遗传特征.方法 采用二代测序技术对该分离株进行全基因组测序,MEGA6.0软件进行序列比对和构建系统发生树.结果 分离株NA基因与近年来中国禽类中流行的H6N6亚型禽流感的NA基因处于同一进化分支,其他7个基因（PB2、PB1、PA、HA、NP、M和NS）都与近年来东亚地区流行的H5N1亚型禽流感的相应基因处于同一进化分支,分离株en/c13的HA蛋白裂解位点为PLREKRRKR ↓ GLF,是高致病性禽流感病毒的典型分子特征序列.HA蛋白上关键受体结合位点226和228位（按照H3亚型的HA蛋白序列排序）氨基酸分别是Gln和Gly,是典型的禽流感病毒受体结合特征.结论 奉研究从环境中分离到一株新的基因重配禽流感病毒,其中NA基因来源于H6N6禽流感病毒,而其他7个基因则来源于H5N1禽流感病毒.结果提示我国禽流感病毒基因重配频繁,进化活跃,需要加强对禽流感病毒的持续监测.
- 余慧燕邓斐王慎骄霍翔戴启刚祁贤
- 关键词：禽流感病毒基因重配
- 2011年苏州地区诺如病毒GⅡ组变异株的分子特征研究被引量：7
- 2013年
- 目的了解苏州地区诺如病毒的感染状况及其变异株的分子特征。方法收集苏州市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本419例，采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别，并对部分阳性标本测序分析。结果419份粪便标本中，GⅡ组诺如病毒为122例，阳性率为29％，未检测出GI组诺如病毒，对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序，A区（RdRp区）测序的25份GII标本中25株均为G11．4型；C区（N-s区）测序的26份G11标本中17株为GII．4型，8株为GⅡ．3型，1株为G11．2型；D区（P区）测序的25份GII标本中16株为G1I．4型，9株为GⅡ．3型。结论诺如病毒是本地区婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体，以诺如病毒GII．4-2006b亚型为主，此外发现有Gtl．4-2010亚型（GII．4NewOrleans株）的流行，这是国内首次对该亚型毒株进行报道，同时还检测到部分重组毒株，提示诺如病毒在本地区的遗传变异日趋复杂。
- 付建光嵇红单军王慎骄李志锋靳淼刘成秦圆方田华鲍倡俊朱叶飞汤奋扬祁贤
- 关键词：诺如病毒分子特征
- 1968-2014年中国甲型H3N2流感病毒PB1基因进化分析被引量：4
- 2016年
- 【目的】分析季节性H3N2流感病毒PB1基因序列的变异情况,揭示H3N2流感病毒PB1基因的分子特征与进化趋势。【方法】对1968-2014年中国地区82株人H3N2毒株、2012-2014年江苏省分离的81株甲型H3N2流感病毒、6株SIV和4株AIV H3N2亚型PB1、PB1-F2基因进行分子进化分析。【结果】1968-2014年中国H3N2流感毒株PB1核苷酸和氨基酸相似性分别为90.91%-100%和96.91%-100%。系统进化树分析,1968-2014年共173株H3N2流感病毒总体上分为4个分支,2002-2014年分离毒株位于第IV分支上,1968-1994年分离毒株位于第II和III分支;猪源H3N2亚型分布于第I、II、IV分支上;分子特征显示PB1氨基酸52、113、179、216、576、586、619、621、709位在2002年以后发生适应性改变,替换了原来的氨基酸;PB1-F2基因编码截断型蛋白长度有52、34、25、24、11 aa(猪源),PB1-F2蛋白毒力关键位点上未出现高致病性特征突变。【结论】自1968年起H3N2亚型PB1基因变异逐步趋于稳定,且PB1-F2截断型毒株正逐渐成为一类新的进化特征,但PB1基因与其他亚型之间发生重配以及关键毒力位点的变异仍应是监测的重点。
- 郭艳颜文娟邓斐余慧燕王慎骄汤奋扬祁贤卫平民
- 关键词：进化分析
- 江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析被引量：2
- 2014年
- 目的：了解江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型（CA16）分离株VP1区基因特征。方法：选取江苏省2012年14株CA16病毒分离株,用1对特异性引物进行VP1区核苷酸序列扩增,对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,结果与CA16参考株序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果：14株CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%~100.0%和98.7%~100.0%,与CA16国际标准株G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~76.7%和91.6%~92.3%。江苏省2012年的CA16分离株全部属于B1基因亚型,同时包含B1a 和B1b 两条进化分支。结论：江苏省2012年有CA16病毒的B1a与B1b两种进化分支共同存在与循环,且呈现以B1b基因亚型为优势型别。B1a基因亚型为辅助型别的传播模式;无论是优势型别还是辅助型别,均各自呈现密切的亲缘关系。
- 单军嵇红包林付建光王慎骄祁贤汤奋扬周明浩朱叶飞
- 关键词：手足口病VP1基因基因型
- 江苏地区2011年恙虫病暴发的分子流行病学研究被引量：7
- 2012年
- 恙虫病是由携带恙虫病东方体的恙螨幼虫叮咬而传播的自然疫源性虫媒传染病。2006年江苏省盐城市滨海县出现恙虫病局部暴发，至2010年，我省恙虫病疫情较平稳，全年病例数维持在150例左右。2011年全省恙虫病病例出现大幅增加，共计报告临床诊断病例500人。本研究对2011年92份恙虫病临床标本进行核酸分子鉴定，在56-kDa基因序列分析的基础上揭示了病原的分子流行特征，为进一步监测和防控提供实验依据。
- 谈忠鸣李志峰储凯孟繁岳崔仑标鲍昌俊顾玲祁贤董晨钱慧敏周璐汤奋扬朱凤才周明浩
- 关键词：恙虫病东方体分子流行病学临床诊断病例基因序列分析虫媒传染病
- 江苏省苏州及南京地区2010年婴幼儿腹泻中诺如病毒分子流行病学研究被引量：8
- 2011年
- 目的 了解江苏地区婴幼儿腹泻患者中诺如病毒的感染情况,明确该地区诺如病毒的主要基因型别和流行病学特征.方法 收集2010年江苏省苏州市婴幼儿医院及南京市婴幼儿医院疑似病毒性腹泻粪便标本498例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序以明确基因型.结果 498份粪便标本中,GⅠ组诺如病毒阳性标本为2例,阳性率为0.4％,GⅡ组诺如病毒为190例,阳性率为38％,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,2份GⅠ标本中,一株为GⅠ1型,另一株为GⅠ3型；测序的23份GⅡ标本中21株为GⅡ4型,2株为GⅡ3型.结论 诺如病毒是本省婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ4型为主,同时也存在其他型别的感染流行.
- 付建光吴斌嵇红李亮祁贤秦圆方王慎骄邓斐李志锋汤奋扬祖荣强鲍昌俊
- 关键词：诺如病毒基因型系统进化树
- 江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析被引量：14
- 2015年
- 目的 ：分析江苏省2013年甲型H1N1（09pdm）流感病毒血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）变异情况,分析其遗传进化特征。方法 ：按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培养及亚型鉴定。选取2013年不同时间段、不同地区具有代表性的14株甲型H1N1（09pdm）阳性毒株,利用特异性引物扩增HA、NA基因,测序并分析其遗传进化特征。结果 ：14株分离毒株与疫苗株A/California/07/2009（H1N1）的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~98.4%和96.5%~98.0%。NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.9%和97.0%~98.5%。遗传进化分析表明,14株分离株HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为HA氨基酸序列出现D114N、K300E、E516K的变异,NA分子特征表现为N44S位点变异。从2013年左右开始甲型H1N1（09pdm）流感基因多样性增加;通过FEL模型得到一个正向压力选择HA氨基酸位点310,一个正向压力选择NA氨基酸位点4,通过REL模型得到9个正向压力选择HA氨基酸位点179、180、239、301、303、310、311、312、313（含位点310）,5个正向压力选择NA氨基酸位点4、23、52、287、374（含位点4）。HA蛋白具有9个潜在糖基化位点,7个位于HA1上,2个位于HA2上;NA蛋白共有9个潜在糖基化位点。14株分离毒株在NA蛋白酶活性中心及周围辅助位点上均未发现变异。结论：2013年江苏省甲型H1N1（09pdm）流感HA、NA基因变异加快,遗传多样性增加,未来的遗传进化值得进一步关注。
- 资海荣郭艳邓斐余慧燕王慎骄汤奋扬祁贤卫平民
- 关键词：血凝素神经氨酸酶分子特征
- 人季节性流感病毒H1、H3、B型PCR-ELISA分型检测方法的建立及应用被引量：5
- 2016年
- 目的 建立快捷灵敏的季节性流感病毒PCR-ELISA检测技术.方法 根据甲型流感病毒M基因（M）、H1和H3亚型的HA基因（H1-HA、H3-HA）、乙型流感病毒的NS基因（B-NS）保守序列设计引物探针,通过生物素与地高辛的特异性标记,最后通过酶联免疫吸附试验（ELISA）判断PCR扩增的有无.结果 M、H1、H3、B-NS四个基因片段所能检测的最低拷贝数分别为：1.43×103、8.67×102、3.86×103、5.45×103拷贝/μl,其敏感度比普通PCR扩增提高了10倍,且不同流感病毒亚型之间、不同种属病毒之间均不存在交叉反应现象.另外还检测了104份临床标本,本文所建立的PCR-ELISA方法的检测结果与细胞培养完全一致.结论 本文通过特异性和敏感性实验显示此方法灵敏度高,特异性强,且操作简单,可以广泛地应用于流感病毒的实验室检测.
- 章倩云刘丹丹焦永军祁贤宋勇春
- 关键词：流感病毒
- 2010年南京人群甲型H3N2流感分离毒株全基因组特性分析
- 2012年
- 目的分析2010年南京地区甲型H3N2流感病毒的分子特征和演化趋势。方法测定2010年期间所分离3株病毒的8个RNA片段的核苷酸序列。构建各个基因基于核苷酸序列的系统发生树,并分析分离毒株与参考毒株11个基因特定氨基酸位点的变异情况。结果在3株病毒中,未发生片段间的重配。以A/Perth/16/2009为参考,3个分离毒株发生在HA和NA蛋白抗原决定簇的氨基酸变异均数分别为5.7和1.3;以A/Brisbane/10/2007为参考,3株病毒PB1的第375位发生突变(S→G),Nanjing/1655和Nanjing/1663的PB1-F2蛋白第26位缺失。另外3株病毒M2的金刚烷胺耐药位点(31位)为N。结论所测3株流感病毒HA基因的氨基酸变异可能导致新流行株的形成,病毒对金刚烷胺耐受而对神经氨酸酶抑制剂敏感。病毒的PB1第375位和PB1-F2第26位的变异可能成为H3N2病毒新的进化方向。
- 罗鹏飞曹尚李伟李亮吴斌秦圆方邓斐崔仑标焦永军祁贤卫平民
- 关键词：甲型流感病毒H3N2亚型进化分子特征
