国家自然科学基金(30340049)
- 作品数：1 被引量：13H指数：1
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- 相关机构：中国农业科学院生物技术研究所更多>>
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- 水稻中富含亮氨酸的重复序列和核苷酸结合位点(LRR-NBS)基因家族的生物信息学分析被引量：13
- 2004年
- 采用HMM(HiddenMarkovModel) ,对源于日本晴的粳稻 (国际水稻测序计划 ,IRGSP)基因组和 9311的籼稻基因组 (北京华大 ,BGI)的蛋白质数据库进行了搜索 ,分别获得了 32 5和 344个富含亮氨酸的重复序列和核苷酸结合位点 (leucinerichrepeat-nucleotidebindingsite ,LRR -NBS)类的抗病基因的蛋白序列 ,并得到了与这些蛋白相应的cDNA序列。对粳稻蛋白功能结构域的分析表明 ,多个蛋白具有与植物防卫反应相关的结构域 ,还发现多个蛋白中存在着与转座 /反转座酶或蛋白所具有的结构域。对 2套数据同源性分析表明 ,粳稻中 4 8个基因在籼稻中可以确定存在orthologs基因 ,且几乎所有的粳稻基因在籼稻中都存在高度同源的对应基因。对这些蛋白的表达情况进行了EST库搜索 ,确定粳稻和籼稻中分别有 95和 79个蛋白表达。对粳稻和籼稻的所有LRR NBS类蛋白的NBS结构域氨基酸序列进行了多序列比对和系统进化分析 ,在粳稻中可以确定为 2 6 3个簇 ,这些簇大多只含 1个基因 ,是一个冗余度不高的基因家族。且除了个别族外 。
- 孙学辉路铁刚贾士荣黄大昉
- 关键词：水稻基因家族生物信息学分析
