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大熊猫轮状病毒CH-1株研究进展被引量：3: 2018年; 轮状病毒(Rotavirus,RV)是引起婴幼儿及幼龄动物急性腹泻甚至死亡的重要病原。2009年,首次在幼龄大熊猫粪便中分离到RV,被确定为A组,并将其命名为大熊猫轮状病毒(Giant Panda Rotavirus,GPRV)CH-1株。GPRV CH-1株主要感染断奶后的大熊猫,引起急性传染性、顽固性腹泻甚至死亡,这对大熊猫的健康造成了严重的危害。本文介绍了GPRV CH-1株的基因结构和病毒蛋白结构及其生物信息学分析学以及该病的诊断方法和防治措施,以期为该病致病机制及疫苗研究提供参考。; 杨锐王成东颜其贵; 关键词：基因结构病毒蛋白生物信息学分析

大熊猫轮状病毒CH-1株外衣壳蛋白(VP7)基因的克隆和生物信息学分析被引量：11: 2010年; 为研究大熊猫轮状病毒(Giant Panda Rotavirus,GPRV)CH-1株外衣壳蛋白VP7基因的结构及功能,用MA-104细胞(恒河猴胎猴肾细胞)增殖GPRV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP7基因,并测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示成功获得了长1042bp的GPRV VP7蛋白基因(GenBank登录号GU188284)。经生物信息学分析,此序列包含1个981bp的完整开放阅读框,编码326个氨基酸;预测GPRV VP7蛋白理论相对分子质量为37354.8u,等电点为4.76,半衰期为30h,不稳定系数为26.71,总平均亲水性为-0.015,疏水性介于-2.344～3.567;1—24位氨基酸可能是信号肽序列;跨膜结构分析表明VP7蛋白有2个跨膜区,其N端和C端都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP7蛋白有12个抗原决定簇;结构预测显示其可能包含2个N-糖基化作用位点,5个蛋白激酶C磷酸化作用位点、4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点、4个N-豆蔻酰化位点、1个原核膜脂蛋白脂附着点和1个革兰氏阳性球菌表面蛋白‘锚’六肽。系统进化树分析显示GPRV VP7基因与人A组轮状病毒VP7基因的进化距离最近。本研究成功获得了GPRV VP7基因,为今后研究此基因的生物学功能以及建立该病毒的诊断方法奠定基础。; 颜其贵雷燕张志和王成东阳爱国王旭左兰肖洋; 关键词：VP7基因克隆生物信息学分析

大熊猫轮状病毒RT-PCR检测方法的建立被引量：9: 2010年; 根据GenBank中登录的大熊猫轮状病毒(RV)VP7基因序列,设计了1对特异性引物,建立了快速检测大熊猫RV的RT-PCR方法。用该方法对MA-104细胞增殖的大熊猫RV进行RT-PCR扩增,结果得到与试验设计相符的342bp的特异性扩增条带,而对传染性胃肠炎病毒、大肠杆菌和沙门氏菌的扩增结果为阴性。测序比对结果证实该体系检测结果准确;该方法最低可检测出约1pg的病毒核酸;重复性试验结果显示,其检测重复性好,提示该RT-PCR方法可用于大熊猫RV的临床快速检测。; 雷燕颜其贵张志和王成东韩国全王旭冯迎春左兰曾晖; 关键词：大熊猫轮状病毒反转录-聚合酶链反应

大熊猫轮状病毒CH-1株NSP4基因的克隆与生物信息学分析被引量：3: 2010年; 用MA-104细胞增殖大熊猫轮状病毒(RV),并提取总RNA,经RT-PCR扩增,获得NSP4基因,将其克隆到载体进行测序,应用生物信息学方法初步分析NSP4基因的结构及功能,并与不同动物的RV构建系统进化树。结果显示,获得了长750bp的大熊猫RVNSP4基因,此序列包含1个528bp的完整开放阅读框,编码175个氨基酸;预测大熊猫RVNSP4基因的理论分子质量为20223.7u,等电点为6.84,半衰期为30h,不稳定系数为30.40,总平均亲水性为-0.240,疏水性为-2.400～2.622;无信号肽序列;跨膜结构分析表明,NSP4有1个跨膜区,其N端位于病毒膜外区,C端位于病毒膜内区;抗原表位预测显示,NSP4有6个抗原决定簇;结构预测显示,其可能包含2个N-糖基化作用位点、6个蛋白激酶C磷酸化作用位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点和1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点;系统进化树分析显示,大熊猫RV NSP4基因与猪RV NSP4基因的进化距离最近。; 刘菲雷燕颜其贵张志和王成东郭万柱陈斌王旭左兰程渝; 关键词：大熊猫轮状病毒生物信息学分析

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成都大熊猫繁育研究基金(CPF08013)

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