江苏省自然科学基金(BK2007066)
- 作品数：21 被引量：72H指数：6
- 相关作者：申欣孟学平程汉良田美阎斌伦更多>>
- 相关机构：淮海工学院中国科学院南京农业大学更多>>
- 发文基金：江苏省自然科学基金江苏省海洋生物技术重点建设实验室基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 江苏连云港沿海蛤蜊科贝类18S-ITS1序列分析被引量：2
- 2009年
- 利用PCR技术扩增了江苏连云港海域3种贝类(西施舌、中国蛤蜊,四角蛤蜊)核糖体RNA基因18S-ITS1区域序列。用DNAStar和MEGA3.1软件分析序列的碱基组成、进行序列比对,构建系统发育树。结果显示,西施舌、中国蛤蜊、四角蛤蜊18S-ITS1部分序列长度分别为1052bp、1017bp、1013bp,ITS1部分序列长度分别为910bp、875bp、871bp,G+C含量为58.90%～60.23%;18S区序列保守,种间仅存一个碱基变异位点。序列分析显示,中国蛤蜊与四角蛤蜊的ITS1同源性为70.1%～71.1%。西施舌与中国蛤蜊、四角蛤蜊的同源性为44.7%～46.3%;18S-ITS1序列适于蛤蜊科种间特别是蛤蜊属内种间的分子系统发育分析。
- 孟学平陈建安申欣程汉良董志国阎斌伦田美
- 关键词：RRNA基因ITS1西施舌中国蛤蜊四角蛤蜊
- 头足纲线粒体基因组结构分析被引量：3
- 2013年
- 用生物信息学方法,利用GenBank线粒体基因组全序列信息,对头足纲15个物种基因组结构进行了分析,结果显示头足纲线粒体基因组长度为15 617～20 306bp,基因组编码链的A+T含量为59.58%～78.12%,表现出不同程度的AT偏好性;15个物种的线粒体基因组PCGs相对保守,有2个共同的基因块,可作为头足类的线粒体基因组标志;萤乌贼、鸢乌贼、茎柔鱼、太平洋褶柔鱼、大王乌贼PCGs cox1、cox2、cox3、atp6、atp8为双拷贝,且重复基因的变异很小,这是头足纲物种不同于其他物种的显著特征;多数PCGs以ATG为起始密码,以TAA为终止密码,在cox2、cob、nad2-nad6中存在不完全终止密码;在13个PCGs中,nad2和nad4L的差异最大,atp8和cox1最保守;15个种类的遗传距离为0.033～0.561,大脐鹦鹉贝与其他种类的遗传距离最大(0.529～0.561);基于线粒体基因组编码蛋白质氨基酸序列的系统发育分析结果与形态学分类结果一致。
- 赵娜娜孟学平申欣程汉良阎斌伦郑立波朱笑琳刘兆普
- 关键词：头足纲线粒体基因组基因特征
- 双壳纲贝类18S rRNA基因序列变异及系统发生被引量：6
- 2011年
- 双壳纲贝类栖息于环境多变的海域,是一个形态学和生态学都具有多样性的类群,清晰而可靠的进化关系对于养殖与相关种类的管理具重要意义。然而,目前对双壳类宏观分子系统学研究的报道较少。研究用18S rRNA基因(18S)分析了双壳类3个亚纲贝类的系统发育关系。从GenBank下载帘蛤目、海螂目、贻贝目、胡桃蛤目、蚶目、珍珠贝目6个目94个种类的18S全/部分序列107个,通过ClustalX软件进行序列比对,用MEGA4.1软件和PHyML软件计算遗传距离,构建系统发育树,研究了双壳类18S变异规律及其在系统发生研究中的应用。结果显示18S有插入/缺失序列,存在长度多态性。序列比对显示有5段约30 70bp的保守区,4段约130 550bp的高变区。碱基组成平均为T:24.4%,C:23.6%,A:24.5%,G:27.5%。G+C含量为51.1%。在1796个比对位点中,变异位点占31.7%,简约信息位点占24.0%。目内科间遗传距离为0.003 0.043,目间遗传距离为0.026 0.093。NJ树和ML树显示贻贝目、珍珠贝目、胡桃蛤目、蚶目和海螂目的缝栖蛤科先分别聚为支持率很高(BPN=94 100)的单系支,后聚为一大支(BPN=100)。蛤蜊科与帘蛤目的其他科分离形成一置信度很高的单系支(BPN=93)。帘蛤科种类聚为置信度较低(BPN=60)的一支。海螂目、帘蛤目的种类没能完全聚到所属支系,彼此嵌套,缝栖蛤科的种类从海螂目中分离出来。18S资料揭示帘蛤目的蛤蜊科、海螂目的缝栖蛤科已经进化为独立的支系。
- 孟学平申欣程汉良赵娜娜
- 关键词：双壳纲RRNA基因
- 双壳纲贝类18S rRNA基因序列变异及系统发生分析5
- 纲(Bivalvia)为软体动物门的一个纲,全世界约有2 万种.我国有8 个目.生态及形态上极具多样性,在我国,双壳贝类分类工作已有几十年的历史,双壳类种类繁多,分类困难,目前,以形态学资料为依据的分类结果常出现分岐.
- 孟学平申欣程汉良田美
- 长臂虾科线粒体基因组特征分析及分子标记探讨被引量：3
- 2011年
- 通过常规PCR和长PCR扩增获得脊尾白虾的线粒体DNA,采用鸟枪法测序、序列组装获得脊尾白虾的线粒体基因组全序列。结合罗氏沼虾和沼虾的线粒体基因组,分析了长臂虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因和基因变异程度等。与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,2个沼虾的线粒体基因组的基因排列完全一致;而脊尾白虾线粒体基因组却存在2个tRNA基因的易位。长臂虾科线粒体基因组主编码基因的变异特征分析揭示了cox1基因多态位点的比例最低,仅为25.5%;而3个基因(nad2、nad4和nad5)不仅多态位点的比例较高,而且基因的长度较长,从而拥有最丰富的多态位点。因此,nad2、nad4和nad5基因可以作为分子标记,用于分析长臂虾不同群体之间的遗传多样性,为长臂虾生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障。
- 申欣孙名安
- 关键词：线粒体基因组长臂虾科基因排列分子标记
- 西施舌外套膜蛋白质组双向电泳体系的构建被引量：10
- 2009年
- 建立了西施舌(Coelomactra antiquata)外套膜蛋白质组的双向凝胶电泳体系,比较分析了不同pH梯度胶条、水化条件的优化及不同染色方法对双向电泳结果的影响。结果表明:用pH 4～7的非线性胶条,水化时加上除盐步骤,采用硝酸银染色,即可获得高分辨率、高重现性的双向电泳图谱,为进一步研究西施舌外套膜蛋白质的组成奠定了基础。
- 田美申欣程汉良孟学平
- 关键词：双向电泳蛋白质组学外套膜
- 两株西施舌内脏团细菌的分离及初步鉴定
- 2013年
- 自健康西施舌内脏团中分离得到两株细菌,命名为NZT-1、NZT-2,并进行形态学观察、生理生化试验和16SrRNA基因分析。电镜观察结果显示,两株菌均为短杆状,革兰氏阴性;生化反应显示,菌株NZT-1为梅氏弧菌的概率为89.07%,NZT-2为梅氏弧菌的概率为66.21%,两菌株均产纤维素酶、蛋白质酶、右旋糖酐酶,NZT-1产淀粉酶;16SrRNA基因分析结果显示菌株NZT-1、NZT-2与弧菌属的EHP1菌株的核苷酸序列相似度分别为96%、95%,初步鉴定两株菌属弧菌属。生物学特性研究表明两株菌生长的最适pH范围为5.0～10.0,最适生长温度28℃。
- 赵娜娜孟学平申欣程汉良于清刘兆普
- 关键词：西施舌细菌RRNA
- 10种软骨鱼线粒体基因组特征分析被引量：5
- 2011年
- 综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等。软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同。真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1（0.019 1~0.156 4）,显示出较强的纯化（负）选择。基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支：全头亚纲和板鳃亚纲。在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为：{[（真鲨目＋鼠鲨目）＋须鲨目）]＋虎鲨目}＋角鲨目。软骨鱼线粒体基因组差异位点分析表明,在软骨鱼群体遗传的研究中,nad5和nad4基因是理想的分子标记,可以作为cox1基因辅助的分子标记,用于分析软骨鱼不同群体之间的遗传多样性,为其生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障。
- 申欣田美孟学平程汉良
- 关键词：线粒体基因组系统发育分子标记
- 海胆纲线粒体基因组特征及基因差异位点分析被引量：6
- 2011年
- 研究了海胆纲6个线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因。6个海胆线粒体基因组的基因排列完全相同。海胆纲和球海胆属线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析表明,差异位点数最多的基因为nad5基因,其次为nad4基因和cox1基因。因此,在海胆纲和球海胆群体遗传学的研究中,nad5、nad4和cox1基因是理想的分子标记,用于分析海胆内部不同群体之间的遗传多样性。
- 田美申欣孟学平程汉良
- 关键词：海胆纲线粒体基因组分子标记
- 西施舌Cyt b基因核苷酸差异分析被引量：5
- 2010年
- 从线粒体DNA水平对我国沿海西施舌进行了遗传差异和系统发育研究,为其保护和可持续利用提供理论依据。对4个不同地理群体西施舌Cyt b基因片段进行了扩增、测序,利用MEGA4.1进行序列比对分析,以文蛤和中华文蛤为外类群,构建系统进化树。结果获得394 bp的Cyt b基因片段,其T、C、A、G含量分别为38.4%、16.9%、23.6%、21.1%,A+T含量明显高于G+C含量。在394 bp比对位点中,有318个保守碱基,76个变异位点。其中,70个简约信息位点。长乐与其他3个群体之间的遗传距离为0.194～0.209。氨基酸序列比对结果显示长乐群体与3个非长乐群体有7个位点的氨基酸差异,遗传距离为0.053。由此可见长乐群体是一个具有明显分子遗传特征的独立群体。
- 孟学平申欣张波程汉良田美郑雯雯
- 关键词：西施舌CYT
