教育部“新世纪优秀人才支持计划”(NCET-07-0084)
- 作品数：9 被引量：44H指数：4
- 相关作者：张德强李百炼张金凤卫尊征郭琦更多>>
- 相关机构：北京林业大学北卡罗莱纳州立大学西北农林科技大学更多>>
- 发文基金：教育部“新世纪优秀人才支持计划”国家自然科学基金教育部科学技术研究重大项目更多>>
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- 毛白杨蔗糖合酶基因PtSUS1的克隆、表达及单核苷酸多态性分析被引量：3
- 2011年
- 利用RT-PCR方法,首次从毛白杨成熟木质部cDNA文库中分离出PtSUS1 cDNA全长,并进行了测序和序列分析。结果表明:克隆的毛白杨PtSUS1 cDNA片段总长为2703bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为2415bp,可编码长度为805个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥AtSUS1、水稻OsSUS1的蛋白质氨基酸序列同源性分别为83.4%,75.7%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtSUS1在成熟木质部表达丰度最高,在成熟叶片、根部和正在发育的木质部表达丰度中等,在韧皮部和形成层有少量表达,在嫩叶与顶端分生组织中表达丰度最低。在此基础上,组合利用MEGA4.0和DnaSP4.50.4软件对毛白杨40株基因型个体的PtSUS1序列进行比对和分析,共检测到235个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频率为1/25bp,多样性指数π为0.00924。在外显子区域,共检测到66个SNP位点,其中55个为同义突变,10个为错义突变,1个为无义突变。在编码区内,非同义突变与同义突变的比率<1,这一结果显示在毛白杨物种演化过程中,纯化选择是PtSUS1基因内同义SNP位点主要的进化驱动力。
- 潘炜田佳星杜庆章张志毅张德强
- 关键词：毛白杨蔗糖合酶系统进化单核苷酸多态性
- 杨树抗逆转录因子基因内SSR标记的开发被引量：3
- 2011年
- 利用直接测序法开发小叶杨抗逆转录因子基因内一套新的核基因组SSR标记。通过对3个抗逆转录因子共21个成员在36个小叶杨基因型个体中的序列比较分析后共检测到31个SSR多态性位点,SSR出现的频率为1/1916bp。在小叶杨自然群体中,SSR多态性位点的碱基重复呈现出2～5碱基形式,基元重复次数变异范围为3～20次,其中以二碱基重复的位点较多,占总数的51.6%。在此基础上,依据SSR位点两侧的保守序列,设计31对SSR位点PCR扩增引物对。利用设计的引物检测所开发的SSR位点在杨属内22个基因型个体中PCR扩增的有效性及SSR位点的保守性。PCR扩增结果显示,93.5%的SSR位点能够在杨属内至少4个派内有效扩增,每对引物组合可检测到SSR多样性位点数3～12个,平均6个。基于抗逆转录因子基因内开发的SSR标记位点为分子标记辅助小叶杨抗逆性状育种提供工具。
- 王保垒王博文陈清清李百炼张德强
- 关键词：杨树抗逆性状转录因子
- 白、青杨派间杂交幼胚培养及杂种子代的分子鉴定被引量：8
- 2008年
- 利用切枝水培和组织培养技术,对白杨派的毛新杨和青杨派的不同种源小叶杨进行了派间杂交和杂交子代的幼胚培养研究。结果显示:以不同种源的小叶杨为父本和授粉后幼胚培养的时间对幼胚萌发率影响较大。其中毛新杨×小叶杨(内蒙古通辽)的幼胚培养效果最好,最适培养基为1/2MS+6-BA 1.0 mg/L+NAA 1.0 mg/L;且随着授粉后天数的增加,幼胚培养的萌发率也相应增加。在此基础上,选用SSR标记技术对杂交子代及其亲本进行了鉴定分析。共采用120对杨树特异的SSR引物对杂交亲本毛新杨和小叶杨进行了多态性筛选,得到了25对在双亲间显示多态性的引物。对其中的两对进行了杂交子代的SSR扩增分析,结果表明,杂交子代均显示出双亲间的杂种类型谱带,可以在分子水平上证明白、青杨派间的杂交可配性。
- 卫尊征张金凤张德强李旦王璐郭丽琴
- 关键词：毛新杨小叶杨派间杂交幼胚培养SSR鉴定
- 我国东北及华北地区小叶杨形态及生理性状遗传多样性研究被引量：10
- 2010年
- 以东北和华北地区5个种源的小叶杨为材料,分别对17个表型及生理性状进行了比较分析。结果表明:小叶杨各性状在种源间和种源内均存在广泛的遗传变异;平均表型分化系数(VST)为47.11%,种源内变异大于种源间变异;小叶杨群体各性状变异呈梯度变化规律,高海拔的种源表现为苗高、叶大,而低海拔的种源表现则相反;利用种源间欧氏距离进行UPGMA聚类,结果显示,5个小叶杨种源可以划分为3类。研究结果将为天然小叶杨遗传资源的保存和利用提供理论依据。
- 卫尊征潘炜赵杏张金凤李百炼张德强
- 关键词：小叶杨形态性状生理性状
- 杨树热激转录因子HsfA1d的克隆、表达及单核苷酸多态性分析被引量：1
- 2011年
- 利用RT-PCR方法,首次由小叶杨受热激胁迫后构建的cDNA文库中扩增获得一热激转录因子HsfA1d cDNA克隆,测序结果表明克隆的PsHsfA1d cDNA片段总长为2036bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1449bp,可编码长度为482个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列在HSF DBD结构功能域与拟南芥AtHsfA1d和水稻OsHsfA1蛋白的相似性分别为86.3%和87.4%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PsHsfA1d主要在杨树叶片和根部组织中高丰度表达。非生物胁迫、激素及糖诱导表达表明,PsHsfA1d不仅受高温、干旱与盐诱导表达,还受到激素中GA_3与ABA,及葡萄糖与蔗糖信号的上调表达。组合利用MEGA4.0和DnaSP4.50.7软件对小叶杨36株基因型个体的PsHsfA1d序列进行比对和分析,共检测到207个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频率为1/16bp,多样性指数π为0.00772。在编码区域,共检测到69个SNP位点,其中37个为同义突变,31个为错义突变,1个为无义突变;非同义突变与同义突变的比率0.132<1,推测在小叶杨物种演化过程中,纯化选择是该基因内同义SNP位点主要的进化驱动力。
- 赵杏郭琦陈清清李百炼张德强
- 关键词：小叶杨热胁迫
- 毛白杨PtDREB2A基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析被引量：6
- 2011年
- 利用基因特异的PCR引物由毛白杨受干旱胁迫后构建的cDNA文库中扩增获得一PtDREB2A cDNA克隆,并进行测序和序列分析,结果表明:PtDREB2A cDNA片段总长为946 bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为864 bp,可编码长度为287个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列在AP2/ERF结构功能域与拟南芥AtDREB2A和水稻OsDREB2A蛋白的同源性分别为80.3%和83.3%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtDREB2A在杨树根、茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式不同:PtDREB2A在叶片表达丰度最高,在树干皮层及根部组织表达丰度中等,而在顶端分生组织及主干韧皮部、形成层与木质部表达丰度最低。非生物胁迫及激素诱导差异表达显示,PtDREB2A不仅受高温、低温、干旱与盐诱导表达,还受到激素IAA,NAA及GA3的上调表达,但与ABA的诱导无关。组合利用MEGA4.0和DnaSP4.50.4软件对毛白杨45株基因型个体的PtDREB2A序列进行比对和分析,共检测到49个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频率为1/18 bp,多样性指数π为0.010 48。在外显子区域,共检测到46个SNP位点,其中19个为同义突变,27个为错义突变。
- 郭琦王保垒王博文李百炼张德强
- 关键词：毛白杨非生物胁迫单核苷酸多态性
- 小叶杨GA20氧化酶基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析被引量：9
- 2009年
- 利用RT-PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出PsGA20OxcDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析。结果表明:克隆的小叶杨PsGA20OxcDNA片段总长为1403bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1155bp,编码区可编码长度为385个AA残基,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥和水稻GA20Ox蛋白的同源性分别为66.0%和57.0%。组织特异性RT-PCR结果显示,PsGA20Ox基因在杨树茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PsGA20Ox在成熟木质部中表达丰度最高,在未成熟木质部和嫩叶中表达丰度较高,在顶端分生组织中有少量表达,在形成层组织中表达丰度极低。在此基础上,组合利用MEGA4.0和DnaSP4.50.4软件对小叶杨36株基因型个体的PsGA20Ox基因组DNA序列进行比对和分析,检测到49个单核苷酸多态性(SNP)位点,频率为1/35bp。其中,15个是常见SNPs,34个为罕见SNPs。在这些SNPs中,37个属于转换,12个属于颠换。在外显子区域,共检测到26个SNP位点,其中23个为同义突变,3个为错义突变。对PsGA20Ox基因内SNPs进行的连锁不平衡分析表明,随着核苷酸序列长度的增加,SNPs的连锁不平衡在基因内部就迅速衰退,因此,在小叶杨中,基于候选基因的连锁不平衡作图是可行的,而基于整个杨树基因组的连锁不平衡作图是不可行的,也是不必要的。
- 卫尊征郭琦李百炼张金凤张德强
- 关键词：小叶杨单核苷酸多态性
- 小叶杨DREB同源基因内SSR的发现及群体结构分析被引量：4
- 2010年
- 利用基因特异的PCR引物从小叶杨(Populus simonii)经干旱胁迫后构建的cDNA文库中扩增得到长度为671bp的PsDREB cDNA克隆。该基因内部含有完整的且大小为543bp的开放阅读框,可编码181个氨基酸残基。在此基础上,对36株小叶杨基因型个体的DREB基因进行了克隆和序列分析,发现其内部存在以CAC为基本单位的4次(A)、5次(B)、7次(C)、8次(D)、9次(E)、10次(F)和11次(G)7种类型的简单重复序列(SSR)。以该重复序列为扩增对象设计引物,对我国11个省16个群体528株小叶杨进行了群体遗传结构分析。结果表明,在检测群体中各位点等位基因频率大小顺序依次为:D>C>F>E>A>G>B;平均有效等位基因数为3.1670,平均观察和期望杂合度分别为0.4685和0.5315,且在多数群体中存在一定程度的近交效应和显著偏离Hardy-Weinberg平衡;而Ewens-Watterson中立性检验表明,除山西宁武、辽宁朝阳和河南伊川外,其它多数群体均属于中立性选择。研究结果将为利用候选基因内SSR标记来评价林木育种资源的遗传多样性以及保护和利用这些资源提供科学的理论依据。
- 卫尊征杜庆章郭琦张金凤李百炼张德强
- 关键词：DREB小叶杨SSR
- 毛白杨木材形成功能基因内SSR标记的开发及评价被引量：4
- 2010年
- 利用直接测序法开发木材形成功能基因内一套新的核基因组SSR标记。通过对参与木材形成的16个基因在40个毛白杨基因型个体中的序列比较分析,共检测到20个SSR多态性位点。在毛白杨自然群体中,SSR多态性位点的碱基重复呈现出二碱基、三碱基、五碱基、六碱基与七碱基形式,基元重复次数变异范围为2～34次,其中以二碱基重复的位点较多,占总数的55.0%。在此基础上,依据SSR位点两侧的保守序列,设计20对SSR位点PCR扩增引物对。利用设计的引物检测开发的SSR位点在杨属内15个基因型个体中PCR扩增的有效性及SSR位点的保守性。PCR扩增结果显示,90.0%的SSR位点能够在杨属至少2个派内有效扩增,每对引物组合可检测到SSR多样性位点数为3～9个,平均5.3个。开发的这些SSR位点在功能基因内不同区域的分布频率不同。
- 杜庆章王博文王保垒张曼李百炼张志毅张德强
- 关键词：毛白杨木材形成
