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浙江大学农业与生物技术学院生物信息学研究所

作品数：8 被引量：28H指数：3
相关作者：余世洲徐飞蒋蓓蓓更多>>
相关机构：福建农林大学作物科学学院华南农业大学农学院四川农业大学玉米研究所更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划福建省自然科学基金更多>>
相关领域：农业科学生物学更多>>

合作机构

文献类型

  • 7篇期刊文章
  • 1篇会议论文

领域

  • 4篇生物学
  • 4篇农业科学

主题

  • 3篇英文
  • 3篇基因
  • 3篇基因组
  • 2篇水稻
  • 2篇全基因组
  • 2篇位点
  • 2篇家蚕
  • 2篇家蚕基因组
  • 2篇甲基化
  • 2篇非编码
  • 2篇非编码RNA
  • 2篇SNORNA
  • 2篇BOX
  • 1篇单核
  • 1篇单核苷酸
  • 1篇单核苷酸多态
  • 1篇单核苷酸多态...
  • 1篇多基因
  • 1篇多态
  • 1篇多态性

机构

  • 8篇浙江大学
  • 1篇福建农林大学
  • 1篇阿拉巴马大学
  • 1篇华南农业大学
  • 1篇四川农业大学
  • 1篇云南省烟草农...
  • 1篇学研究院

作者

  • 4篇朱军
  • 3篇徐海明
  • 3篇汪旭升
  • 1篇周佳萍
  • 1篇肖炳光
  • 1篇刘桂富
  • 1篇刘海岚
  • 1篇余东亮
  • 1篇傅衍
  • 1篇杨剑
  • 1篇吴为人
  • 1篇余世洲
  • 1篇段忠取
  • 1篇蒋蓓蓓
  • 1篇楼向阳
  • 1篇徐飞

传媒

  • 4篇浙江大学学报...
  • 1篇中国农业科学
  • 1篇科学通报
  • 1篇Journa...
  • 1篇中国细胞生物...

年份

  • 1篇2015
  • 2篇2014
  • 1篇2010
  • 2篇2007
  • 1篇2006
  • 1篇2005
共 8 条 记 录，以下是 1-8
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排序方式：
家蚕基因组的snoRNA(Box C／D)的生物信息学分析与研究
真核生物中snoRNA大致可分为Box C／D和BoxH／ACA两大类,分别指导rRNA前体的甲基化和假尿苷酸化修饰。本文采用生物信息学的方法,对家蚕基因组中的Box C／D snoRNA进行预测和分析,共获到了70个s...
余东亮汪旭升徐飞傅衍
关键词：家蚕甲基化非编码RNA
文献传递
水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发被引量：13
2005年
用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上获得.
汪旭升吴为人吴为人朱军
关键词：RGA基因鉴定隐马尔柯夫模型亚种间共显性
烟草核心种质库构建及遗传多样性研究(英文)被引量：1
2014年
为有效地研究烟草遗传多样性和筛选潜在的繁殖材料,以贵州省烟草科学研究院805份烟草种质为实验材料,分别在贵州省金沙和福泉2个试验点进行多点田间试验,并采用混合线性模型预测12个农艺性状的基因型效应值,以构建烟草的核心种质库并研究其遗传多样性.结果表明,待预测的12个农艺性状中,11个性状有显著的基因型效应,10个性状有显著的基因型与环境互作效应.利用预测的基因型值,比较不同抽样方法、抽样比率和系统聚类方法下核心子集多样性的结果表明,在10%抽样比率下,重心法聚类结合优先取样获得的S1C3_10子集成为烟草种质库的核心子集.通过主成分分析法比较核心种质与原始群体样本分布的空间结构和特征,运用相关系数检验原始群体性状间的遗传关系是否被核心种质很好地保留.结果表明,核心种质库能很好地代表烟草农艺性状的遗传多样性.一些潜在的高产育种材料如Y177和Y178也被包含在内.综上表明,作为种质资源的一个核心子集,烟草核心种质库的构建将有利于烟草育种者对整个资源的了解,促进遗传多样性在今后烟草育种计划中的利用.
周佳萍杨春元吴春王仁刚史跃伟谢升东王志红徐海明任学良
关键词：烟草核心种质
全基因组关联分析研究进展被引量：11
2015年
全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是近年来兴起的遗传分析方法,在人类和动植物复杂性状遗传研究中已取得初步成果。本文论述了GWAS研究的基本原理、主要分析方法及常用软件,在人类和动植物复杂性状研究中的应用;分析了GWAS研究中"丢失遗传率"的主要影响因素;介绍了上位性分析的新策略和基于GPU并行计算和混合线性模型的分析软件QTXNetwork;展望了GWAS研究的发展方向。
段忠取朱军
关键词：全基因组关联分析单核苷酸多态性
基于四交群体的连锁图谱构建(英文)
2014年
目前,遗传连锁图谱构建主要基于两纯系亲本交配的衍生群体,存在遗传多样性不足等局限,不适合于烟草等基因组多样性较低的物种,因为往往没有足够的多态性标记可用于图谱的构图,稀疏的标记图谱很难有效用于标记辅助选择及基因定位.本研究提出了基于四交群体的遗传图谱构建方法,通过计算机模拟验证了该方法的可行性和有效性,研制了配套的计算机分析程序.该方法的主要步骤及特点如下:1)基于最大似然法估计成对标记间的遗传距离;2)基于标记距离矩阵进行聚类分析,将标记分成不同的类群(连锁群);3)对每一连锁群,先确定连锁群两端的标记,再通过3标记间遗传距离的比较,将其他标记逐步插入到合适的排列位置,最终确定整个连锁群的标记顺序.蒙特卡洛模拟证实了该方法可行、有效,且适用于其他2个自交系亲本交配的衍生群体.
蒋蓓蓓余世洲肖炳光楼向阳徐海明
关键词：蒙特卡洛模拟
通过多基因组比较的方法在5种绿球蓝细菌中识别基因组岛(英文)
2010年
为探索水平基因转移在绿球蓝细菌基因组多样性中的作用,5个高光适应性绿球蓝细菌基因组被比较.先用BLASTP两两最佳匹配搜索和基因位置保守性的方法预测直系同源基因,并进一步计算每个基因组中所有基因在其他4种绿球蓝细菌基因组中直系同源基因的数量,从而达到识别外源基因的目的;而基因组岛是指由1个或几个连续外源基因组成的区域.结果表明:在5个绿球蓝细菌基因组中共识别出了16至52个不等的基因组岛,它们中的许多基因在病毒基因组或富含病毒的环境样本中都有同源基因.以上这些结果显示,在绿球蓝细菌中,病毒可能介导了基因的水平转移,从而导致了基因组的多样性.
刘海岚朱军
关键词：水平基因转移外源基因
家蚕基因组中SnoRNA(Box C/D)的生物信息学分析与研究
2007年
【目的】探索生物信息方法在家蚕基因组snoRNA预测中的应用,了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征。【方法】利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中BoxC/DsnoRNA进行预测和手工校正。【结果】获到家蚕基因组中的70个snoRNA和56个推测的甲基化位点。结构分析发现D′box和末端茎环结构的不保守性;分析snoRNA在基因组上的分布,未发现普遍的成簇分布的现象,且内含子和基因间隔区的snoRNA数目接近;预测得到的家蚕BoxC/DsnoRNA与已报道果蝇BoxC/DsnoRNA进行相似性分析,表明两个物种的BoxC/DsnoRNAs在一级结构上存在较大的差异。【结论】基于结构特征预测的方法有利于逐步揭示家蚕基因组中存在的snoRNA信息;但与家蚕同源关系较近的物种,其snoRNA在序列上可能有较大变化,故可能不适合以序列同源来对其进行预测。
余东亮汪旭升徐飞傅衍
关键词：BOXSNORNA甲基化非编码RNA
上位性和QTL×环境互作对水稻(Oryza sativa L.)抽穗期的影响(英文)被引量：3
2007年
水稻抽穗期是重要的农艺性状之一,对水稻品种的地理分布和适应性起到关键性作用。适宜的抽穗期是获得高产的前提。因此确定水稻抽穗期的遗传基础在育种计划中具有重要的意义。本研究用一套来源于亲本IR64/Azucena的双单倍体(DH)群体在两个种植季节的试验资料,用基于混合线性模型的复合区间作图方法,对水稻抽穗期QTL的加性、上位性及其与环境互作效应进行了研究。结果表明共有14个QTL影响水稻抽穗期,它们分布在除第5和第9条染色体外的10条染色体上,有8个位点携带单位点效应,5对位点携带双位点互作效应,2个单位点和1对双位点存在与环境的互作,所有效应值介于1.179～2.549天之间,相应的贡献率为1.04%～4.84%。基于所估算的QTL效应值,本研究预测了两个亲本和两个极端型品系的遗传效应值,并讨论了影响遗传效应值与实际观测值偏差的可能原因,以及研究群体所具有的遗传潜力。对水稻抽穗期QTL的定位结果与前人研究基本一致,并进一步证实了上位性和QE互作效应是水稻抽穗期的重要遗传基础。
刘桂富杨剑徐海明朱军
关键词：上位性抽穗期
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