云南大学生命科学学院生物化学与分子生物学实验室
- 作品数：45 被引量：184H指数：7
- 相关作者：罗兰黄超孙桂林曾军英黄惟巍更多>>
- 相关机构：大理大学基础医学院大理大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室大理学院基础医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省教育厅科学研究基金云南省科技攻关计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学文化科学更多>>
- human Arrest-defective-1 (hARD 1) protein is overexpressed in breast cancer in vivo and promotes MCF-7 cell proliferation
- The identification and characterization of genes highly expressed in cancer tissues can indicate a potential r...
- 马明星黄超余敏赖建华杨慧黄惟巍谭德勇
- 关键词：IMMUNOHISTOCHEMISTY
- 应用比较蛋白组学技术筛选乳腺癌血清标志物被引量：3
- 2011年
- 为了寻找乳腺癌血清标志蛋白标志物,本研究用试剂盒去除血清样品中的高丰度蛋白,通过固相pH梯度双向凝胶电泳分离乳腺癌病人血清和非乳腺癌血清,银染显色,分析比较电泳图谱寻找差异蛋白.用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱测定差异蛋白的肽指纹图谱,MASCOT软件分析确定为何种蛋白,然后用蛋白印迹验证与乳腺癌发生关系密切的差异蛋白.本研究获得了分辨率高、重复性好的双向电泳银染图谱,得到3个差异明显的蛋白,经肽指纹分析并结合数据库查询,初步鉴定为人血凝级联反应中的关键酶、人体细胞凋亡蛋白抑制剂样蛋白ILP-2、人体HP蛋白.蛋白印迹研究表明ILP-2在乳腺癌血清中的含量明显高于非乳腺癌血清样本,该蛋白有可能是乳腺癌标志物.
- 向明钧方先松马明星谭德勇
- 关键词：乳腺癌双向凝胶电泳质谱分析蛋白印迹
- 基于TCGA数据库构建恶性胸膜间皮瘤基因预后模型及其生物信息学分析
- 2024年
- 基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库构建恶性胸膜间皮瘤患者的基因预后风险模型及其验证分析.通过TCGA数据库获取恶性胸膜间皮瘤的基因表达数据以及临床信息,将数据集分为训练集和测试集,对训练集进行单因素Cox分析、单因素鲁棒性分析以及多因素Cox回归分析,建立风险预后模型,计算每个患者的风险评分,将数据集分成高风险组和低风险组,通过Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征(Receiver Operating Characteristic, ROC)曲线评估模型的预测效能和准确性,利用TCGA数据库和GTEx数据库中的样本对预后模型中的基因进行表达验证,最后通过UALCAN数据库探索预后模型中基因的表达模式.本研究构建了一个由UHRF1、KIF4A和NEK2这三个基因组成的预后风险评估模型,预后风险模型风险评分=UHRF1表达量×1.452 5-KIF4A表达量×1.327+NEK2表达量×1.416 7.ROC曲线显示,该模型的ROC曲线下面积(Area Under the Curve, AUC)值为0.91,基于ROC曲线对截断值进行优化,最佳截止点为1.149,此时达到最大灵敏度和特异性.在最佳截止点处,患者被进一步分为高风险组和低风险组,Kaplan-Meier生存曲线显示,高风险组和低风险组之间的生存时间存在显著差异,与高风险组患者相比,低风险组患者总生存期显著延长.通过森林图对模型进行可视化,整个模型的Log-Rank p-value<0.000 1,表示其可以作为恶性胸膜间皮瘤的独立预后生物标志物.相比于正常肺组织,预后模型中的三个基因在恶性胸膜间皮瘤组织中均显著高表达,且在恶性胸膜间皮瘤患者的不同分期、肿瘤亚型、年龄和转移状态中表达有明显差异.本研究构建的恶性胸膜间皮瘤基因预后风险模型,能够有效地预测恶性胸膜间皮瘤患者预后,并且可以作为恶性胸膜间皮瘤的独立预后预测因子.预后模型中基因UHRF1、KIF4A和NEK2的表达与恶性胸膜间皮瘤患者的多个
- 杨玺李彬刘如爱王播勇普元倩自加吉周佳奇余敏熊伟
- 关键词：恶性胸膜间皮瘤生物信息学
- 四种高危感染菌联合诊断基因芯片的研制
- 2011年
- 目的 研制四种高危感染菌联合诊断基因芯片并用于临床.方法 通过筛选金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、破伤风梭菌及炭疽杆菌的基因序列,获得其有效检测的基因位点;利用已有的基因芯片技术,研制了一张用于四种高危感染菌联合诊断的基因芯片.结果 经临床标本或模拟破伤风梭菌及炭疽杆菌危险品的检测验证,该基因芯片的粗符合率达到93.3%以上,并且检测特异性强.结论 成功制备了四种高危感染菌联合诊断基因芯片,并且具有很好的实用价值.
- 姜昌丽马洁滕毅杜凌琳瞿良朱光旭张悦谭德勇王惠萱
- 关键词：铜绿假单胞菌破伤风梭菌炭疽杆菌基因芯片
- 细胞焦亡的分子机制及研究进展被引量：11
- 2020年
- 细胞焦亡是一种由炎症小体驱动的程序性非典型细胞死亡模式,由Caspase-1/-11/-4/5介导。Gasdermin家族蛋白是近年发现的致孔效应蛋白家族,该家族蛋白通常处于自抑制状态,被称为是细胞焦亡的“刽子手”,其中最为重要的焦亡执行蛋白是Gasdermin D和Gasdermin E。发生细胞焦亡时,激活的Caspases将GSDMD/GSDME切割为N端孔洞形成片段和C端抑制片段,造成膜穿孔,释放炎症因子等细胞内容物引发细胞焦亡。随着细胞焦亡的深入研究,发现其在多种疾病尤其是肿瘤发生发展中扮演着重要的角色。本文总结了细胞焦亡的分子机制及其在癌症中的研究进展。
- 林文曹珈琪张燕丁磊崔清华
- 关键词：细胞程序性死亡肿瘤
- 人乳腺癌组织中线粒体转录终止因子3的表达及其临床意义
- 2023年
- 目的:阐明线粒体转录终止因子3(mitochondrial transcription termination factor 3,MTERF3)在乳腺癌中的表达及其与患者临床病理特征、预后的相关性。方法:使用免疫组化SP法对58例乳腺癌组织及配对癌旁组织中MTERF3蛋白的表达水平进行检测。通过R 4.2.0软件获取癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中705例乳腺癌患者的MTERF3 mRNA表达数据集、临床病理信息及预后资料,差异分析MTERF3表达量与乳腺癌患者临床病理参数之间的相关性,并使用UALCAN数据库进行可视化分析。使用Kaplan-Meier法计算患者的总体生存率和无疾病进展生存率,Cox回归分析影响乳腺癌患者预后的临床病理因素。结果:MTERF3蛋白主要表达于细胞质,且乳腺癌组织阳性表达率(91.38%)明显高于乳腺癌癌旁组织(20.69%),两组间阳性率具有显著差异(P<0.01)。TCGA数据集研究表明,MTERF3与乳腺癌患者的ER状态、PR状态、乳腺癌分子分型、癌症类型、组织学诊断及原发部位存在显著相关性(均P<0.05),但与患者的年龄、性别、T分期、N分期、M分期、AJCC病理分期、HER2状态以及有无恶性肿瘤病史无关。MTERF3与乳腺癌患者的总体生存时间和无疾病进展生存时间无关(P> 0.05)。Cox多因素分析提示,年龄、M分期和病理类型可能是导致乳腺癌患者预后不良的独立危险因素(P <0.05)。结论:MTERF3蛋白在乳腺癌组织中的表达阳性率和表达量均显著增高,提示MTERF3可能与乳腺癌的发生过程密切相关,该基因有望成为乳腺癌患者临床诊断和治疗的潜在基因靶点。
- 刘如爱王播勇林亚茹自加吉严长宝戴莉萍余敏熊伟
- 关键词：乳腺癌免疫组化预后
- 利用基因芯片技术联合检测HIV、HBV和HCV
- 在NCBI的GeneBank中搜索和筛选艾滋病毒(HIV)，乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)的特异基因序列，采用现有的基因芯片技术体系，制作了能同时检测HIV、HBV和HCV的基因芯片。取临床血样，常规的R...
- 谭德勇任永富马明星余敏赖建华杨邦南
- 关键词：基因芯片艾滋病毒丙型肝炎病毒
- 文献传递
- 线粒体转录延伸因子:调控线粒体DNA复制与转录转换的分子开关被引量：1
- 2020年
- 线粒体转录延伸因子(TEFM)最早是基于其氨基酸序列与真核细胞核转录因子Spt6具有同源性而被鉴定,其包括两个串联重复的螺旋-发夹-螺旋结构域(Helix-Hairpin-Helix,(HhH)2)和一个RNase H折叠。TEFM二聚化对于TEFM与线粒体RNA聚合酶的结合至关重要。近年的研究发现,TEFM是调控线粒体DNA(mtDNA)复制与转录相互转换的关键分子开关,参与人类线粒体基因转录延伸过程及其表达调控。本文首先介绍了TEFM蛋白的序列同源性、蛋白质结构特征,为后续功能研究奠定结构基础。其次,阐明了TEFM在线粒体转录延伸过程中的作用和抗转录终止功能,以及线粒体转录延伸复合体的功能。TEFM避免了mtDNA转录和复制过程发生冲突,使线粒体转录延伸复合体具有更高的稳定性和持续合成能力,体内和体外都能增强mtDNA转录延伸活性,在mtDNA的复制和转录调控中发挥重要作用。最后,阐述了TEFM参与线粒体RNA加工,以及在线粒体能量代谢和线粒体相关疾病的发生发展中的作用。TEFM的缺失严重损害氧化呼吸链,证明mtDNA转录延伸对于维持线粒体氧化磷酸化功能是必需的。1型神经纤维瘤、胰腺癌、脑胶质瘤等疾病的发生机制可能与TEFM基因缺失或表达异常有关,因此,本文进一步探讨和展望了TEFM对人类线粒体相关疾病研究的应用前景。
- 李素芬余敏熊伟
- 关键词：线粒体基因组分子开关
- 一种简便的STR重复次数测定方法被引量：1
- 2008年
- 短串联重复(STR)的多态性分析是生物个体识别最有效的一种手段,在法医学鉴定中已被广泛用于身份识别.但目前使用的方法成本太高,以致不便在更广泛的范围推广.针对法医上常选用的4 bp重复单位的STR基因座,采用PCR产物小于160 bp的迷你STR(Mini STR)和优化聚丙烯酰胺凝胶电泳条件,提高分辨率,使重复单位之间能有效分辨.设计PCR引物,使STR基因座扩增产物的大小为4 bp的倍数,应用8 bp的DNALadder即能精确测定整数倍STR重复单位数.这一方法操作简便,成本低廉,尤其是用于制作人基因身份证,使得人人制作一张基因身份证成为可能.
- 余敏马明星卢培吴松锜任永富谭德勇
- 关键词：DNALADDER
- LRPPRC蛋白与人类恶性肿瘤发生发展的关系
- 2021年
- 富含亮氨酸的五肽重复序列(PPR)基序蛋白(LRPPRC)在人类肝癌细胞HepG2中被首次鉴定,其主要定位于细胞外核膜、内核膜、核质、内质网、细胞骨架和线粒体。LRPPRC是一种具有多功能的蛋白质,可以调节细胞能量代谢、参与核编码mRNA的成熟以及调控信号转导通路。LRPPRC蛋白的表达水平与多种人类恶性肿瘤的发生发展密切有关。文章主要综述LRPPRC蛋白的结构、功能及其与人类恶性肿瘤发生发展的关系,并进一步探讨LRPPRC蛋白在恶性肿瘤研究中的应用前景,为恶性肿瘤的临床诊断与治疗提供理论基础和参考依据。
- 李素芬(综述)李彬(综述)余敏(综述)熊伟(审校)
- 关键词：蛋白结构能量代谢恶性肿瘤
