李树珍
- 作品数：3 被引量：26H指数：2
- 供职机构：南京师范大学生命科学学院江苏省生物多样性与生物技术重点实验室更多>>
- 发文基金：教育部“新世纪优秀人才支持计划”国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于CATS法的江豚SNPs位点筛选
- 2008年
- 通过比较锚定序列示踪(Comparative Anchor Tagged Sequences,CATS)法,选择人、小鼠及其它哺乳动物中已知的5对CATS引物,通过PCR反应从江豚(Neophocaena phocaenoides)基因组中扩增出相应的DNA片段,结合变性高效液相色谱(Denaturing High Performance Liquid Chromatography,DHPLC)和DNA直接测序等技术,进行江豚单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点的筛选。通过不同个体同源序列的比对分析,发现其中的4个DNA片段具有多态性,共检测出7个SNPs位点,即大约每370bp出现1个SNPs。本研究为进一步利用CATS法获得江豚及其它野生动物种群的SNPs位点并进行种群遗传学分析奠定了基础。
- 李树珍万慧荣杨光
- 关键词：江豚SNPSCATSDHPLC
- 中华白海豚3个MHC基因座位遗传变异的初步分析(英文)被引量：6
- 2009年
- 主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)基因是由一组紧密连锁的基因组成,是哺乳动物免疫系统中最重要的组成部分。本文选择3个MHC基因座位的第二外元,即:MHC-I类基因和II类基因的DRA和DQB座位,初步调查濒危物种中华白海豚的遗传变异。共鉴定了2个DRA、2个DQB和7个MHC-I等位基因。DRA座位遗传变异非常低,而DQB和MHC-I座位具有相对较高水平的遗传变异。并且,在DQB和MHC-I基因座位的假定的抗原结合位点(Antigen binding sites,ABS),非同义替代明显大于同义替代,提示平衡选择(Balancing selection)维持这两个座位的多态性,而在DRA座位上,并没有检测到平衡选择。系统发生分析表明中华白海豚的MHC等位基因没有聚在一起,而是和其他的物种聚在一起,符合MHC跨种进化(Transspecies evolution)的模式。
- 徐士霞张盼李树珍周开亚魏辅文杨光
- 关键词：中华白海豚
- DNA池结合DHPLC和直接测序技术在江豚SNPs检测中的应用被引量：20
- 2009年
- 选取江豚基因组中的2个已知单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs）位点，通过PCR扩增，将PCR产物按基因频率不同制备成0～50％的11个DNA池（DNAp001），用于变性高效液相色谱（denaturing high performance liquid chromatography，DHPLC）和直接测序分析，以探讨DNA池中基因频率的最低要求。结果显示，当稀有等位基因的基因频率不少于5％时可在DHPLC检测过程中明显分辨；而利用DNA池进行直接测序时的基因频率则需达到10％。这提示，为保证DHPLC分析的准确性和可靠性，制备DNA池时等摩尔DNA混合的个体数最好不超过10个。DNA池结合DHPLC技术的高效性与准确性可在大规模的SNPs位点筛选中发挥作用。
- 李树珍万慧荣杨光
- 关键词：江豚SNPSDHPLC
