杜芬芬
- 作品数：12 被引量：21H指数：2
- 供职机构：福建师范大学化学与化工学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金福建省教育厅资助项目福建省高校杰出青年科研人才培育计划项目更多>>
- 相关领域：理学文化科学生物学更多>>
- 溶液中石墨烯界面上Aβ(37-42)振动光谱研究
- 开展分子动力学模拟,探究溶液中石墨烯界面上Aβ(37-42)片段的动态结构及其表现的振动光谱特征.借助Aβ骨架上酰胺-A带吸收光谱表征其结构变化,为探究石墨烯对Aβ折叠机制的影响提供有力的理论支持.
- 杜芬芬郑轩郑荣珍蔡开聪
- 关键词：Β-淀粉样蛋白振动光谱
- 淀粉样蛋白Aβ(16-21)在水溶液中的二级结构特性研究
- 2015年
- 蛋白质的二级结构与其功能密切相关,错误的折叠将导致蛋白质生理功能的改变,甚至引起病变.以阿尔兹海默症的致病因子——淀粉样蛋白片段Aβ(16-21)为研究对象,开展分子动力学模拟,得到了Aβ(16-21)在水溶液中的全原子运动轨迹.统计结果表明,在纳秒的时间尺度上,水溶液中多肽链倾向于形成β和PPⅡ构型,进而易发生聚集,产生神经毒性.
- 严思仪庄丹玲刘佳杜芬芬蔡开聪
- 关键词：阿尔兹海默症Β-淀粉样蛋白分子动力学模拟
- 纤维二糖在离子液体1-丁基-3-甲基咪唑氯盐中的结构动力学特性
- 2016年
- 开展分子动力学模拟探索不同压力条件下纤维素的基本结构单元——纤维二糖在离子液体1-丁基-3-甲基咪唑氯盐([C_4mim]Cl)中的结构动力学特征。研究结果表明,高压环境使二糖分子内氢键网络结构瓦解,二糖与阴阳离子间相互作用增强,形成溶质-溶剂间氢键。借助空间分布函数得到常压及高压环境下二糖分子周围溶剂层分布特征,并通过径向分布函数定量考察了纤维二糖/离子液体体系分子间与分子内的氢键特征,为在化学键水平上认识纤维素在离子液体中溶解机制提供必要的理论基础。
- 刘佳杜芬芬杜芬芬蔡开聪
- 关键词：纤维二糖离子液体分子模拟主元分析
- Gaussian软件在红外光谱学教学中的应用被引量：16
- 2014年
- 探讨了Gaussian软件在红外光谱学教学中的具体应用,帮助学生在课堂上对分子的三维空间结构、振动光谱的理解、振动模式的指认与归属等方面有更加感性的认识,从而提高课堂趣味性,使得教学内容更为形象生动.
- 蔡开聪杜芬芬刘佳刘亚男林汇秋申延凤林深
- 关键词：红外光谱分子结构振动形式
- 液相环境下多肽分子的动态结构及其振动光谱特性研究
- 本文对溶液相中的蛋白质模型分子进行了结构动力学研究,构建了分子动态结构和光谱的相关性,考查了溶剂效应对分子的稳态结构分布及光谱的影响;并基于p肽模型小分子开发了静电频率转换图,实现了对溶液相中p肽特征光谱的快速准确预测。...
- 杜芬芬
- 关键词：振动光谱蛋白质分子模拟
- 文献传递
- 溶液中石墨烯界面上Aβ(37-42)振动光谱研究
- 2016年
- 开展分子动力学模拟,探究溶液中石墨烯界面上Aβ(37-42)片段的动态结构及其表现的振动光谱特征。借助Aβ骨架上酰胺-A带吸收光谱表征其结构变化,为探究石墨烯对Aβ折叠机制的影响提供有力的理论支持。
- 杜芬芬郑轩郑荣珍郑荣珍
- 关键词：Β-淀粉样蛋白振动光谱石墨烯
- 甘氨酸二肽分子酰胺-Ⅰ带光谱与结构相关性被引量：1
- 2016年
- 系统探索了蛋白质二肽模型分子——甘氨酸二肽(GLYD)在气相与水溶液中的结构与光谱特性。从分子动力学轨迹中提取具有代表性结构的GLYD-D_2O聚集体的瞬态结构开展简正模式分析,获取了对蛋白质二级结构敏感的酰胺-Ⅰ带的振动光谱参数,建立起振动光谱与特征基团结构间的相关性。将溶剂作用以静电势场的形式投影至二肽分子骨架中,与酰胺-Ⅰ带在气/液相中的频率差相关联,并引入酰胺-Ⅰ带简正模式随二级结构变化的规律,将各个构象态可能存在的振动耦合包含在内,构建具有二级结构敏感性的静电频率转换图,实现溶液相中多肽骨架酰胺-Ⅰ带的快速准确预测。
- 蔡开聪郑轩刘亚男留珊红杜芬芬
- 关键词：振动光谱
- 肉眼看微观世界:VMD软件在蛋白质结构教学中的应用被引量：6
- 2016年
- 主要探讨了VMD软件作为一个高效的可视化工具在蛋白质三维结构教学中的应用。它帮助学生用一种更加直观、立体且富于互动的方式认识蛋白质分子不同的折叠方式及其二级结构特性。借助VMD软件还能对处于不停热运动中的分子瞬态结构进行统计分析,有助于学生深化对蛋白质倾向于形成的二级结构的认识。
- 郑荣珍严思仪刘亚男杜芬芬蔡开聪
- 关键词：蛋白质可视化
- 溶剂效应对丙氨酸二肽结构及光谱特性影响的研究
- 利用从头算方法系统地研究了丙氨酸二肽在不同极性溶剂(氯仿、二甲亚砜、重水)中的结构与振动光谱参数.比较了连续极化介质模型和真实溶剂对酰胺-Ⅰ带振动频率的影响,并借助光谱参数表征了分子的结构特性,为深入了解凝聚相中多肽分子...
- 蔡开聪杜芬芬
- 关键词：蛋白质结构特征光谱特性溶剂效应
- 文献传递
- 氮甲基乙酰胺中酰胺-Ⅰ带振动频率的静电转换图
- 开展分子动力学模拟,在飞秒到纳秒的尺度上获取了蛋白质模型分子一氮甲基乙酰胺(NMA)在不同极性溶剂环境下(重水,二甲基亚砜)的全原子运动轨迹.将溶剂所产生的静电作用投影至分子骨架酰胺单元中,拟合溶剂作用产生的频率红移,建...
- 蔡开聪杜芬芬刘亚男刘佳
- 关键词：蛋白质振动频率
- 文献传递
