于永辉
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院更多>>
- 发文基金：北京市自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生理学更多>>
- 配体—受体相互作用与识别的研究
- 该论文的主要研究内容如下:1.采用该组在Wodak和Janin的刚性对接算法基础上改进的半柔性对接算法,以17种蛋白质.蛋白质复合物体系为例,我们研究了如何正确有效地从对接采样中挑选出近天然构象的方法.比较了不同的能量打...
- 于永辉
- 关键词：分子对接打分函数分子动力学模拟
- 文献传递
- 从对接结构中挑选近天然构象的新方法
- 2003年
- 分析了包含静电能(ΔEele)、去水化自由能(ΔGACE)以及范德华能(ΔEvdw)的打分函数在蛋白质-蛋白质对接中评价近天然构象的能力.对17种蛋白质复合物对接体系进行打分的结果表明,包含范德华能的打分函数(ΔEele+ΔGACE+ΔEvdw)比通常的打分函数(ΔEele、ΔGACE、ΔEele+ΔGACE、ΔEele+ΔEvdw、ΔGACE+ΔEvdw)具有更好的区分近天然构象的能力.进一步的研究表明,优化(EM)对接体系后再进行打分,上面几种打分函数对对接结构的评价效果都有不同程度的改善,其中打分函数(ΔEele+ΔGACE+ΔEvdw)有更明显的改善.为了进一步确定候选结构中的近天然构象,以一种蛋白质复合物为例,对候选结构进行分子动力学(MD)模拟,根据MD轨迹中构象相对于初始构象的平方平均偏差(MSD)随时间的变化来辅助打分函数排除错误构象,得到了较好的结果.
- 于永辉李春华卢本卓陈慰祖王存新
- 关键词：打分函数分子动力学分子势能
- 一种新的挑选对接采样中近天然构象的方法
- 分析了包含静电能(△Eele)、去水化自由能(△GACE)以及范德华能(△Evdw)的打分函数在蛋白质-蛋白质对接中评价近天然构象的能力.对17种蛋白质复合物对接体系进行打分的结果表明,包含范德华能的打分函数(△Eele...
- 于永辉卢本卓王存新
- 关键词：打分函数
- 文献传递
