田瑞琴
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：云南大学数学与统计学院统计系更多>>
- 发文基金：云南省应用基础研究基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于马尔可夫模型的酵母基因上游转录调控模体的统计分析
- 真核基因的转录调控是一个复杂的过程，这个过程涉及到很多转录因子以及她们在DNA上的结合位点或称模体之间的相互作用，因此转录因子及其结合位点是研究基因转录调控的两个关键因素。邻近的两个转录因子之间，往往会有相互作用，这种相...
- 田瑞琴
- 关键词：酵母基因核糖体蛋白基因基因启动子
- 酵母核糖体蛋白基因组合转录调控位点统计分析被引量：1
- 2010年
- 真核基因的转录调控是后基因组时代研究的主要问题之一,其基础是认识DNA上转录因子结合位点(模体)及分布状况。基于马尔可夫链模型对酵母核糖体蛋白基因上游启动子序列中模体出现次数进行统计,利用Z-score统计量抽提出过表达和低表达的模体,其中95%的模体与实验得到的转录因子结合位点相符合。然后将抽提出的模体两两配对,通过与背景序列比较,找出酵母核糖体蛋白基因中出现概率及距离分布均具有统计显著性的模体对,这些非随机出现的模体对具有潜在的组合转录调控功能,其中一些模体对的组合调控作用已有实验支持。对提取出的模体对在序列中的位置分布进行分析,发现近94%的模体对位于转录起始位点上游,超过半数的模体对两模体之间的最短距离在0～100bp之间,距离小于30bp的模体对接近30%,这样的短距离间隔有利于两模体的相同作用。这些结果将有助于对酵母核糖体蛋白基因转录调控机制的深入认识。
- 田瑞琴张静胡俊
- 关键词：酵母基因启动子转录因子结合位点
