于新芬
- 作品数：90 被引量：355H指数：11
- 供职机构：杭州市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：杭州市科技发展计划项目浙江省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学轻工技术与工程生物学更多>>
- 多重实时PCR检测致泻性大肠埃希菌志贺毒素和紧密素基因被引量：6
- 2007年
- 目的 建立多重实时PCR检测志贺毒素（stx1、stx2）基因和紧密素基因（eae）的方法。方法 优化多重实时PCR反应条件，检测系列稀释的阳性菌DNA提取物及纯化阳性质粒。检测42株携带已知毒力基因的大肠埃希菌株，并比较其阳性和阴性符合率。对比3种粪便样品处理和DNA提取方法，选出最适方法。同时用该方法对36份腹泻患者粪便标本进行直接检测且对阳性标本进行菌株分离和鉴定。结果 多重实时PCR方法最低可以检测到10^1拷贝／pJ的毒力基因和10。CFU／p．1的DEL933大肠埃希菌。检测42株携带已知毒力基因的大肠埃希菌的阳性和阴性符合率均为100％。粪便样品的DNA提取以BP肉汤增菌6h后煮沸提取效果最好。36份腹泻患者粪便中2份eae阳性，均鉴定为大肠埃希菌。结论 建立的同时检测stx1、stx2、eae基因的多重实时PCR方法，具有较高的敏感性，可用于产志贺毒素大肠埃希菌（STEC）和肠致病性大肠埃希菌（EPEC）毒力基因鉴定及临床腹泻粪便标本的快速筛检。
- 于新芬潘劲草孟冬梅叶榕汪皓秋张蔚谢立
- 关键词：聚合酶链反应毒力大肠杆菌
- 杭州地区2011-2013年儿童呼吸道感染人偏肺病毒分子流行病学研究被引量：4
- 2014年
- 目的 了解杭州地区儿童人偏肺病毒（hMPV）的分子流行病学特点.方法 收集2011年1月至2013年12月杭州市2所哨点医院儿科呼吸道门诊和住院病例2 593例,门诊病例采集咽拭子1 676份,住院病例采集气管吸取物917份.用实时荧光定量PCR方法检测hMPV核酸,阳性样本用RT-PCR方法对hMPV融合蛋白（F）部分基因片段扩增和序列测定.所测基因序列与GenBank代表株核苷酸同源性比较,并构建基因进化树.结果采用描述性统计和样本率的x2检验.结果 杭州地区呼吸道患儿hMPV检出率为6.51％（169/2 593）.门诊检出率为6.62％（111/1 676）,住院检出率为6.32％（58/917）,检出率差异无统计学意义（x2=0.086,P=0.769）.2岁和3岁组检出率最高,分别为14.14％（28/198）、14.01％（22/158）,与其他组比较差异有统计学意义（x2=38.654,P=0.000）.冬春季检出高于夏秋季（x2=67.032,P=0.000）.测序的88株阳性基因序列与GenBank参考株核苷酸序列同源性为81.6％～ 100.0％,基因进化树分析显示分属于2个基因型的4个亚型.2011-2012年B1亚型占优势,2012年底至2013年A2型为流行.＜1岁组A基因型（67.56％,25/37）与≥1岁组（43.13％,22/51）检出率差异有统计学意义（x2=5.143,P=0.023）.结论 杭州地区儿童呼吸道感染hMPV存在4种基因型,＜1岁组A基因型感染较多,2、3岁组hMPV检出率最高.
- 寇宇潘劲草于新芬李钧杨旭辉文艳草周银燕濮小英孙昼谢立
- 关键词：人偏肺病毒呼吸道感染流行病学特征
- 一起由Omicron变异株BA.2进化分支引起的本土聚集性疫情流行病学特征分析
- 2024年
- 应用描述性流行病学方法,对2022年3月杭州市发生在余杭区物流园区的新型冠状病毒感染本土聚集性疫情的流行病学特点进行分析。此次聚集性疫情由1例发热门诊主动就诊的病例发现,疫情历时8 d,共发现病例58例,其中男性40例,女性18例;年龄为(33.29±12.22)岁;工人53例,学生2例,农民、老师和待业人员各1例;主要分布在杭州市的余杭区(48例,82.77%)和上城区(7例,12.07%)。实时再生数最高是在3月10日为2.31,于3月15日降至0.37。指示病例测序结果与韩国2022年3月4日上传的1条序列100%同源。
- 贺兆锴王哲考庆君程实冯爽赵婷婷陶焱炀于新芬孙昼
- 关键词：聚集性疫情流行病学特征
- 杭州市呼吸道合胞病毒引起幼儿园急性呼吸道感染暴发疫情调查
- 2022年
- 目的分析呼吸道合胞病毒感染引起的儿童急性呼吸道感染暴发疫情的特点,并对防控工作予以总结和评价,为集体单位呼吸道感染暴发疫情防控提供依据。方法采用现场流行病学调查的方法对杭州市两起疫情进行调查,采用描述流行病学的方法对资料进行分析;采用PCR方法对标本进行检测,并对呼吸道合胞病毒核酸阳性的标本进行测序。结果两起疫情均发生在幼儿园,A幼儿园发病21例,持续11 d,B幼儿园发病43例,持续33 d,流行曲线呈现增殖模式。病例集中在托班和小班,年龄2~4岁为主。症状以发热、咳嗽为主,主要为上呼吸道感染,未发现重症病例。采集病例上呼吸道标本检测,为呼吸道合胞病毒阳性,对4份标本进行测序,为B亚群。结论幼儿园急性呼吸道感染暴发时要考虑呼吸道合胞病毒,注意与其他呼吸道感染引起的暴发疫情的鉴别,控制措施要严格,避免疫情长久持续。
- 杨旭辉于新芬张晨烨王芬朱雷蒋龙芳王婧刘牧文
- 关键词：呼吸道合胞病毒呼吸道感染疾病暴发流行儿童
- 杭州地区2014—2019年乙型流感病毒HA和NA基因遗传进化分析被引量：8
- 2020年
- 目的研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10481例,用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒,同时选取部分乙型流感病毒阳性样本,用特异性引物扩增HA和NA基因,进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果发现自2014年以来,杭州地区每年都有乙型流感病毒的流行。其中5~14岁年龄段人群发病率最高。2014—2019年,杭州地区流行的Victoria系乙型流感病毒都属于V1A进化簇,而Yamagata系乙型流感病毒都属于Y3进化簇。HA和NA基因的序列一致性分别为94.67%~100.00%和97.13%~100.00%,并在多个抗原位点发生了改变,同时出现了重排株。结论乙型流感病毒在杭州地区流感流行中影响显著。2014—2019年,杭州地区乙型流感病毒出现了抗原变异和基因重排,流行株和疫苗株之间存在不匹配的情况,但目前并未发现耐药株的出现和流行。
- 钱昕于新芬李钧周银燕文艳苹
- 关键词：乙型流感病毒血凝素神经氨酸酶遗传进化
- 临床细菌与H3N2流感病毒共感染特征及病毒血凝素裂解位点的变异研究被引量：2
- 2020年
- 目的了解流感样病例中临床细菌与H3N2流感病毒共感染及病毒血凝素(HA)裂解位点的变异特征。方法收集2013年1月至2018年12月的流感样病例样本12250份,实时荧光PCR检测H3N2流感病毒。选取部分流感阳性病例样本,采用实时荧光PCR的方法进行金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌和B型流感嗜血杆菌的检测,分析其临床感染特征。分离流感病毒,RT-PCR扩增病毒HA,测序,构建进化树,并分析裂解位点氨基酸变异特征。结果2013年以来,每年都有H3N2流感病毒的流行,H3N2在流感阳性病例中的占比为44.69%。随机选取2013—2018年间流感流行高峰的H3N2阳性病例样本295份,29.2%的病例存在临床细菌感染。对分离到的210株H3N2流感病毒进行HA裂解位点测序,68株存在变异,其中63株为K342R单氨基酸位点变异,裂解位点由PEKQTR转变为PERQTR。裂解位点未变异样本的细菌共感染率为31.25%(45/144),裂解位点变异样本的细菌感染率为23.53%(16/68),二者的差异没有统计学意义(χ2=1.34,P>0.05)。杭州地区流行的H3N2流感病毒主要属于3C.3a和3C.2a两个进化簇,裂解位点发生K342R变异的病毒属于3C.3a进化簇。结论H3N2流感病毒在杭州地区的流感病毒流行中占据重要地位。流感阳性病例存在着一定程度的细菌共感染。裂解位点变异具有一定的地域流行特征,但与细菌共感染没有显著相关性。
- 于新芬李钧钱昕寇宇潘劲草
- 关键词：细菌共感染
- 2009～2013年杭州地区甲型流感病毒基质蛋白基因的遗传进化分析被引量：2
- 2015年
- 为调查2009年至2013年杭州地区甲型流感病毒基质蛋白基因(Matrix protein,M)的遗传进化特征,本文对5个连续的流行季中A(H1N1)pdm09亚型和季节性A(H3N2)亚型流行株的M基因序列进行了深入的研究分析。从两家当地三级甲等医院发热门诊室共收集5675份流感样病例样本。利用病毒分离与实时荧光定量PCR法对样本内所含病毒进行鉴定,发现流感病毒阳性率为20.46%,其中甲型流感病毒872株。从5个流行季的9个时间段内,随机选取了76株甲型流感病毒进行M基因全序列测定和遗传进化分析。研究发现,杭州地区甲型流感病毒烷胺类耐药相关位点M2蛋白的S31N突变率接近100%。两株A(H1N1)pdm09本地流行株还发生了V27A/S31N或V27I/S31N双位点耐药突变。另外,在一株季节性A(H3N2)亚型流行株上还观察到R45H/S31N双位点耐药突变。基于M基因序列进行系统发育分析发现,无论是病毒亚型间还是各流行季间,M基因进化速率明显低于血凝素蛋白基因(Haemagglutinin,HA)和神经胺酸酶蛋白基因(Neuraminidase,NA)。对M1和M2蛋白的变异进行正向选择压力分析发现,M2蛋白的编码区所受到的选择压力要远远高于M1蛋白,且A(H1N1)pdm09亚型流行株所受到的选择压力要高于季节性A(H3N2)亚型。甲型流感病毒M基因的遗传进化研究对判断病毒的进化方向、预防和控制病毒的暴发流行具有重要的参考价值。
- 邵铁娟李钧濮小英于新芬寇宇周银燕钱昕
- 关键词：甲型流感病毒基质蛋白进化突变
- 儿童急性呼吸道感染病例样本中腺病毒感染特征及遗传进化研究被引量：4
- 2016年
- 目的：对不同类型的儿童急性呼吸道感染病例的呼吸道样本中腺病毒的感染及其遗传进化特征进行研究。方法收集2011年3月至2013年2月浙江大学医学院附属儿童医院散发急性呼吸道感染病例样本1178份，其中上呼吸道感染病例咽拭子513份，下呼吸道感染病例气管吸取物665份；同时收集2011至2014年9起腺病毒聚集性发病病例。采用荧光聚合酶链式反应（ PCR ）进行腺病毒检测，扩增阳性样本的六联体（hexon）基因高可变（HVR）7区并测序，鉴定腺病毒基因型别并构建系统进化树。采用荧光PCR对腺病毒阳性样本进行其他常见呼吸道病毒的检测，并对下呼吸道感染阳性病例进行临床特征分析。采用χ2检验和Fisher确切概率法进行数据统计分析。结果1178份散发病例样本中共检出104份腺病毒，检出率为8．83％，其中上呼吸道感染组腺病毒检出率为13．65％（70／513），高于下呼吸道感染组检出率（34／665，5．11％），差异具有统计学意义（χ2＝26.193，P＜0．05），且在0～1岁和＞3岁年龄组腺病毒检出率上呼吸道高于下呼吸道（χ2＝6．575和7.334，P＜0．05或＜0．01）。腺病毒散发病例全年均有检出，流行高峰为春夏季。所有散发病例样本中54份鉴定出腺病毒型别，其中1型4株，2型6株，3型26株，4型2株，7型15株，31型1株。在9起聚集性发病疫情中，1起为腺病毒4型，其余8起均为腺病毒3型。腺病毒 hexon基因HVR 7区高度同源，与Genbank中序列比对发现高可变7区基因序列具有一定的地域性。上呼吸道感染组腺病毒合并其他病毒的感染率为12．86％（9／70），下呼吸道为58．82％（20／34），差异具有统计学意义（χ2＝24．045，P＜0．05）。此外，下呼吸道腺病毒单一感染和合并感染病例在临床特征上差异没有统计学意义（P＞0．05），但合并感染病例中出现2例死亡。结论�
- 周银燕于新芬寇宇李钧钱昕
- 关键词：腺病毒呼吸道感染儿童基因型
- 细菌性食物中毒病原的分子快速鉴定和筛检技术的研究
- 潘劲草于新芬孟冬梅张蔚汪皓秋叶榕斯国静
- 本研究建立的实时荧光PCR可检测门菌、志贺菌、产志贺毒素大肠埃希菌、肠产毒素性大肠埃希菌、肠侵袭性大肠埃希菌、肠致病性大肠埃希菌、霍乱弧菌、副溶血性弧菌、肠炎耶尔森菌、空肠弯曲菌、单增李斯特菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽抱杆...
- 关键词：
- 关键词：细菌性食物中毒病原
- 杭州市急性呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒感染的流行病学及基因特征分析被引量：1
- 2015年
- 目的了解杭州市急性呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒（WU polyomavirus,WUPy V）流行特征和基因型别。方法收集2011年3月至2013年6月间至浙江省儿童医院就诊的急性呼吸道感染患儿的鼻咽吸取物,用聚合酶链反应（PCR）法扩增VP2编码基因和VP2/1中间序列,测序后进行分型。选取代表性病毒株进行基因组测序。结果收集的722份标本中,10份为WUPy V阳性,检出率为1.4%。WUPy V感染主要发生在夏季、秋季和冬季。患儿平均年龄为13.6月龄,男女性别比为9∶1,性别差异无统计学意义（P=0.09）。WUPy V感染所致疾病为肺炎、喉炎和细支气管炎。WUPy V基因型别为Ⅰa型。代表性毒株HZ13024的基因组大小为5229 bp,与Gen Bank中WUPy V基因组序列相似性为99.8%~99.9%。结论杭州市儿童急性呼吸系统疾病中存在WUPy V感染,感染率较我国其他地区低,基因型别为Ⅰa型。
- 文艳苹于新芬周银燕寇宇郑伟郑之北
- 关键词：WU多瘤病毒流行病学
