杨慧
- 作品数：12 被引量：12H指数：2
- 供职机构：江西农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江西省科技支撑计划项目甘肃省生物技术专项更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生政治法律更多>>
- 基于16S rRNA基因及宏基因组测序解析藏猪肠道菌群组成特征
- 2024年
- 【目的】旨在通过分析藏猪肠道菌群组成及其功能注释,探讨藏猪肠道菌群与其耐粗饲和抗逆性能的关系。【方法】以66头藏猪粪便微生物为试验材料,提取DNA样本,利用16S rRNA基因测序技术分析在门水平和属水平藏猪的肠道菌群组成,构建共有核心菌的菌群互作网络,结合27头藏猪肠道微生物宏基因组测序数据,进行KEGG通路和碳水化合物代谢酶(CAZymes)数据库注释分析,以期阐明与藏猪纤维代谢能力强和抗病力等优良特性相关的功能通路。【结果】(1)16S rRNA测序分析结果显示,拟杆菌门(Bacteroidetes)(39.34%~60.72%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.65%~38.5%)在藏猪肠道微生物门水平上占优势,而在属水平则依次是普雷沃氏菌属(Prevotella)、密螺旋体属(Treponema)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的丰度最高;(2)利用Cytoscape软件构建藏猪肠道样品中共有的26个核心菌属之间的互作网络,各菌群在网络中存在合作关系和竞争关系,证明藏猪肠道菌群结构比较稳定;(3)宏基因组鸟枪法测序结果显示,在KEGG功能注释中藏猪肠道主要富集营养物质合成代谢和遗传信息处理相关通路,包括氨基酸的生物合成、碳代谢、群体感应通路等。此外,使用CAZymes数据库注释显示藏猪肠道中的糖基转移酶(GTs)基因家族相对丰度最高,主要为GT2、GT4和GT41基因,其次是糖苷水解酶基因家族(GHs)的GH13、GH2和GH3基因。【结论】藏猪具有丰富且独特的微生物组成和功能通路,与免疫和抗病相关的疣微菌门(Verrucomicrobia)和阿克曼氏菌(Akkermansia)是藏猪肠道特有的高丰度菌属,可能与藏猪适应高海拔低氧低温的环境及其抗病性能有关;与粗纤维代谢相关的密螺旋体属Treponema、Sphaerochaeta、纤维杆菌属Fibrobacter在藏猪肠道中富集,能够帮助藏猪降解饲粮中的粗纤维,适应半放牧的饲养模式。研究结果有助于了解肠道微生物在藏猪耐粗饲和�
- 李卓君黄晓畅柯善林杨慧周云燕肖石军陈从英高军
- 关键词：藏猪肠道菌群肠道功能
- 利用高密度SNP对猪血糖和糖基化血清蛋白性状的全基因组关联分析被引量：2
- 2014年
- 【目的】测定苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系240 d血糖(glucose,GLU)和糖基化血清蛋白(glycosylated serum proteins,GSP)浓度,采用全基因组关联分析定位影响GLU和GSP的染色体位点,为最终鉴别影响该性状的因果基因奠定基础,同时为人类低血糖症和糖尿病的遗传学研究提供参考。【方法】分别将435头苏太猪和760头白色杜洛克×二花脸F2资源家系F2个体在相同条件下饲养至240日龄进行统一屠宰,收集血液后分离血清,利用全自动生化分析仪测定GLU和GSP浓度。采集猪只耳组织提取DNA并测定DNA浓度。将质检合格的DNA样品利用Illumina porcine 60K SNP芯片判定基因型。运用PLINK软件对SNP判型结果进行质控,将合格的SNP标记用于后续的关联性分析,利用广义混合线性模型及R语言GenABEL软件包进行全基因组关联分析,定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系240 d血清GLU和GSP含量的染色体位点。根据全基因组关联分析结果从Ensembl或NCBI网站上分析可能的位置候选基因。【结果】全基因组关联分析共检测到5个与血清GLU和GSP达染色体显著水平相关的SNP位点。其中白色杜洛克×二花脸F2资源群体在10号染色体(SSC10)24.67Mb处定位到与血清GSP含量显著相关的SNP(ALGA0057739,P=1.58×10-5),解释表型变异为3.72%。苏太猪群体共检测到2个与血清GSP显著相关的SNP(ALGA0108699和DRGA0017552,P=1.45×10-5),解释表型变异均为3.72%。使用猪参考基因组序列(10.2版本),无法定位到具体的染色体位置。通过人、猪比较基因组分析,这两个SNP都位于SSC8,距STPG2基因3’端约180.0—193.0 kb。将两个群体进行Meta分析,未发现新的与GSP显著相关的SNP;在1号染色体250.32Mb处(DRGA0002016,P=2.48×10-5)和14号染色体43.97Mb处(ASGA0062984,P=1.29×10-5),定位到与血清GLU显著相关的SNP。通过搜寻显著相关SNP所在染色体区域内的注释基因,发现ASPM、TRPM3和KC
- 曾治君刘晨龙杨慧杨斌杨竹青陈从英
- 关键词：血糖全基因组关联分析
- 影响猪采食行为的肠道微生物种类鉴别被引量：4
- 2023年
- 动物主要通过采食来获取能量和所需营养物质,探索肠道菌群对猪采食行为的影响并研究其潜在的作用机制,可以为后续通过调控肠道菌群来改善猪采食提供理论基础。以210头商业杜洛克猪为研究对象,使用自动喂料器记录包括平均日采食时间(ADET)、平均日采食次数(ADEV)、平均日采食量(ADFI)等采食行为指标。140日龄时于肛门处收集粪便样品,通过16S rRNA基因V3-V4区测序获得试验猪肠道微生物结构与组成概况,采用Two-part模型以及共丰度组(CAGs)鉴别与猪采食行为相关的肠道微生物种类。结果显示:1)表型间相关性分析结果表明,ADET分别与ADEV(r=0.41,P<0.05)、RFI(r=0.32,P<0.05)呈显著正相关,ADFI分别与RFI(r=0.56,P<0.05)、平均日增重(ADG)(r=0.63,P<0.05)呈显著正相关,另外,RFI与背膘厚呈显著正相关(r=0.16,P<0.05)。2)CAGs分析中,主要包括瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、拟杆菌目(Bacteroidales)以及颤螺菌属(Oscillospira)等OTUs的CAG2与ADFI呈显著负相关(P<0.05)。而包含注释到柔嫩梭菌(Faecalibacterium prausnitzii)、两形真杆菌(Eubacterium biforme)和Asteroleplasma anaerobium等OTUs的CAG9则与ADFI显著正相关(P<0.05)。3)在相关性分析中,当FDR<0.05时,未鉴定到任何与采食行为显著关联的OTU,但鉴别到14、21、25个OTUs分别与ADET、ADEV、ADFI具有相关性趋势(P<0.01)。其中与ADFI具有正相关趋势的OTUs主要注释到普氏菌属(Prevotella)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)以及韦荣球菌科(Erysipelotrichaceae),具有负相关趋势的OTUs则注释到YRC22、伯克氏菌目(Burkholderiales)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)。4)肠道微生物功能预测分析发现,胰岛素信号通路(Insulin signaling pathway)和脂质代谢(Lipid metabolism)等生物学功能与ADFI值呈显著正相关,而鞘脂代谢(Sphingolipid metabolism)则与之呈显著负相关(P<0.05)。本研究表明,部分产SCFAs或乳酸的细菌,如伯克�
- 姜辉杨慧方绍明高军陈从英
- 关键词：采食行为肠道菌群粪便
- 诺卡胺在制备抗老年痴呆药物中的应用
- 本发明公开了诺卡胺（Nocardamine）在制备抗老年痴呆药物中的应用，实验证明：诺卡胺对Aβ<Sub>25</Sub><Sub>～</Sub><Sub>35</Sub>所致老年痴呆模型小鼠的记忆和空间探索能力具有显著...
- 袁干军苏秋玲庞会忠潘微薇杨慧
- 细菌在影响动物瘦肉率和/或脂肪含量中的应用
- 本发明提供了细菌在影响动物瘦肉率中的应用。其中所述细菌包括具有降低动物瘦肉率功能的普氏菌属中的细菌包括寇氏普氏菌(Prevotella copri)、口颊普雷沃菌(Prevotella buccalis)、中间普雷沃菌(...
- 黄路生陈从英方绍明杨慧
- 光谱扫描盒
- 1.本外观设计产品的名称：光谱扫描盒。;2.本外观设计产品的用途：本外观设计用于与电脑连接，对待测物品进行二维平面扫描的光谱扫描盒。;3.本外观设计产品的设计要点：在于形状。;4.最能表明设计要点的图片或照片：立体图。
- 张庆月周培聪王振文余泽赵旭恒贺佳鑫余文宇李爱娟杨慧
- 杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析
- 2016年
- 【目的】利用全基因组关联分析定位影响杜长大猪(DLY)、二花脸猪(EHL)和莱芜猪(LW)3个群体25种血液性状的染色体位点,为最后鉴定影响这些性状的因果基因提供前期基础,同时为猪抗病育种和生产提供参考。【方法】将610头杜长大三元杂猪在(180±5)日龄,336头二花脸猪和333头莱芜猪在(300±5)日龄进行统一屠宰。收集2 m L血液于抗凝管中,利用全自动生化分析仪进行25种血液性状的血常规检测。采集猪耳组织提取DNA并测浓度和质量。将质检合格的DNA样品利用Illumina 60K SNP芯片进行基因型判定。运用PLINK软件对判型结果进行质量控制,将合格的SNP标记用于后续的关联分析。使用R语言Gen ABEL软件包中的广义混合线性模型进行全基因组关联分析,定位影响3个群体25种血常规性状的显著性染色体位点。据全基因组关联分析结果,在Ensembl或NCBI网站上搜寻潜在的位置候选基因。【结果】杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪三个群体通过质控的有效表型数据个体数分别为552头、325头和281头。60K SNPs经过质量控制过后,杜长大猪剩余56 216SNPs,莱芜猪剩余49 343 SNPs,二花脸猪剩余35 974 SNPs,用于Meta分析的SNPs共有32 967。运用全基因组关联分析和Meta分析共定位到610个显著影响3个群体25种血液性状的SNPs,其中135个SNPs达基因组显著水平,475个SNPs达建议水平;分布在所有染色体上。在杜长大猪中共鉴别到32个基因组显著水平SNPs以及85个建议水平SNPs,且8种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是淋巴细胞数目(LYM)、淋巴细胞比率(LYMR)、嗜碱性粒细胞数目(BAS)、嗜碱性粒细胞比率(BASR)、平均红细胞体积(MCV)、红细胞分布宽度变异系数(RDW_CV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和血小板分布宽度(PDW)。在二花脸猪中共鉴别到33个基因组显著水平SNPs以及139个建议水平SNPs,且9种性状有基因组显著水平的SNPs,分别�
- 刘晨龙杨慧张慧张志燕段艳宇
- 关键词：血液性状全基因组关联分析候选基因
- 诺卡胺在制备抗老年痴呆药物中的应用
- 本发明公开了诺卡胺（Nocardamine）在制备抗老年痴呆药物中的应用，实验证明：诺卡胺对Aβ<Sub>25</Sub><Sub>～</Sub><Sub>35</Sub>所致老年痴呆模型小鼠的记忆和空间探索能力具有显著...
- 袁干军苏秋玲庞会忠潘微薇杨慧
- 文献传递
- 细菌在影响动物瘦肉率和/或脂肪含量中的应用
- 本发明提供了细菌在影响动物瘦肉率中的应用。其中所述细菌包括具有降低动物瘦肉率功能的普氏菌属中的细菌包括寇氏普氏菌(Prevotella copri)、口颊普雷沃菌(Prevotella buccalis)、中间普雷沃菌(...
- 黄路生陈从英方绍明杨慧
- 文献传递
- 一种平面光谱扫描仪
- 本实用新型涉及扫描仪技术领域，尤其涉及一种平面光谱扫描仪，包括底座、光谱试验仪和与所述光谱试验仪连接的光谱探头，所述底座的上表面固定有X向移动机构和Y向移动机构，所述光谱探头固定于所述X向移动机构上能够跟随其沿着X轴方向...
- 张庆月周培聪王振文余泽赵旭恒贺佳鑫余文宇李爱娟杨慧
- 文献传递
