王晓婧
- 作品数：3 被引量：10H指数：2
- 供职机构：上海生物信息技术研究中心更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金上海市教育发展基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学生物学更多>>
- 基于实验数据集对常用蛋白抗原空间表位预测工具的测评被引量：2
- 2010年
- 抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行,而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域,而不是抗原表面上的线性连续片段.已有许多算法可以用来预测构象表位,并且基于各自的测试集,各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果.本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集.基于这套测试集,采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估,工具包括SEPPA,CEP,DiscoTope,ElliPro,PEPOP和BEpro等.测试集评估结果表明,6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高.其中,SEPPA预测性能相对较好,然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想.评估结果还表明,预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响.以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.
- 徐小莲孙静刘琦王晓婧徐天磊朱瑞新吴迪曹志伟
- 关键词：表位预测
- 猪链球菌全基因组序列比较分析被引量：8
- 2006年
- 1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.
- 魏武丁国徽王晓婧孙景春屠康郝沛王川曹志伟石铁流李亦学
- 抗体V(D)J重组过程的生物信息学研究
- 抗体是机体内最奇妙的蛋白质分子之一，它以巨大的多样性和适应性识别着外部世界纷繁的抗原结构。抗体重组过程是抗体成熟的第一步，也是抗体多样性产生的基础。在抗体“Y”型的结构种，可变区是识别抗原的主要部位，由V(D)J基因片断...
- 王晓婧
- 关键词：生物信息学抗原表位蛋白质分子
