孙宝发
- 作品数：10 被引量：38H指数：4
- 供职机构：中国科学院北京基因组研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划云南省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 动态RNA甲基化修饰及其调控机制研究进展被引量：7
- 2016年
- RNA可以被100余种化学修饰所修饰。这些化学修饰以甲基化为主,广泛分布于各种类型的RNA中,如r RNA、t RNA、sn RNA、sno RNA和m RNA等,其中针对m RNA内部修饰丰度最高的6-甲基腺嘌呤(m^6A)的研究最为深入。m^6A修饰酶(甲基转移酶METTL3/METTL14/WTAP和去甲基化酶ALKBH5与FTO)和结合蛋白YTHDF2、YTHDF1与YTHDC1的发现,证明了RNA甲基化修饰同DNA甲基化修饰一样是动态可逆的,从而将RNA甲基化修饰由微调控机制提升到表观转录组新层次。而候选m^5C修饰甲基转移酶NSUN家族蛋白和去甲基化酶TET蛋白的初步鉴定,丰富了RNA甲基化修饰表观转录组研究内涵。RNA甲基化介导的表观转录组学调控和作用已成为RNA生物学新研究领域。现重点回顾和展望RNA的m^6A和m^5C甲基化修饰特征及其潜在生物学功能。
- 孙慧颖郝亚娟平晓丽黄春敏杨莹孙宝发杨运桂
- 关键词：非编码RNA甲基转移酶
- RNA 5mC重亚硫酸盐测序的文库构建方法及其应用
- 本发明涉及对RNA分子上的5‑甲基胞嘧啶(5‑methylcytosine，5mC)修饰重亚硫酸盐测序的文库构建方法、测序方法和甲基化检测方法。通过设计和使用只含有ACT的三碱基随机六聚引物，显著提高经过重亚硫酸盐处理后...
- 杨运桂杨莹孙宝发杨鑫孙慧颖孙敏张兵黄春敏
- 文献传递
- 聚果榕两种非传粉小蜂产卵与果实脱落的关系被引量：6
- 2009年
- 在聚果榕与其传粉榕小蜂Ceratosolen fusciceps组成的互利共生系统中,与传粉榕小蜂共存的还有榕树的寄生性小蜂Platyneura testacea和Platyneura mayri。这些寄生性小蜂由于不能给榕树带来任何收益而只是利用榕树的种子或与传粉小蜂竞争植物的雌花资源,因而可能导致榕树与榕小蜂之间合作系统的崩溃。植物果实的脱落机制普遍被认为是维持系统稳定的关键因素之一。然而,定量实验和野外观测发现P.mayri产卵并不会引起果实脱落,只有P.testacea产卵会使果实大量脱落。通过对3株样树进行比较发现:当产卵时的P.testacea数量越多时,它产生的瘿花数就越多,榕果发生脱落的比例越高。P.testacea的过度产卵是导致榕果选择性脱落的主要原因。结果表明:脱落机制并不能完全阻止非传粉小蜂的寄生,榕树只能选择性地脱落掉先于传粉小蜂产卵的榕果。这也同时表明维持榕树与榕小蜂互利共存的机制不仅仅只有榕果的脱落机制,可能还存在其它未被发现的机制。
- 孙宝发王瑞武胡忠李耀堂
- 关键词：互利共生聚果榕非传粉小蜂产卵
- 榕小蜂基因共表达研究(英文)
- 2016年
- 榕小蜂的雌雄个体之间存在很大表型差异,以至于很难将雌雄个体彼此联系在一起.以对叶榕传粉榕小蜂作为材料,利用"加权基因共表达网络分析"软件(WGCNA),对榕小蜂的基因组和转录组进行分析,结果发现,5个基因共表达模块,分别用蓝色、蓝绿色、棕色、绿色和黄色标识,其中2个模块偏爱在雌蜂中表达,3个模块偏爱在蛹中表达.基因本体(GO)分析发现在蓝绿色和黄色表达模块中发现3个功能富集的基因集合.在蓝绿色基因表达模块中发现2个基因集合,分别与细胞周期和核苷酸结合活性有关;在黄色基因表达模块中发现1个基因结合,与细胞分化有关,尤其是与神经发育有关.
- 崔东亚孙旭斌王佳佳张鹏孙宝发陈小伟Robert W.Murphy何顺民黄大卫
- 关键词：共表达网络
- RNA修饰分布特征概述
- 2018年
- RNA修饰研究是表观遗传研究领域的新热点之一,近年来多种RNA修饰陆续被研究者发现,如6-甲基腺嘌呤(m^6A)、5-甲基胞嘧啶(m^5C)、假尿嘧啶(ψ)等,通过高通量测序结合生物信息学分析揭示了这些RNA修饰的分布特征。不同的RNA修饰在转录本上具有其特异的分布特征,并与所发挥的RNA加工和代谢功能密切相关。随着RNA修饰检测和测序技术的发展以及单细胞、单碱基分辨率等新兴技术的兴起,RNA修饰的分布特征及规律将会得到更精确、更深入的解析。该文主要介绍目前研究比较深入的几种RNA修饰在转录本上的分布特征,并对目前该方向面临的主要机遇与挑战进行讨论。
- 韩潇孙宝发
- 关键词：转录后调控
- RNA 5mC重亚硫酸盐测序的文库构建方法及其应用
- 本发明涉及对RNA分子上的5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine，5mC)修饰重亚硫酸盐测序的文库构建方法、测序方法和甲基化检测方法。通过设计和使用只含有ACT的三碱基随机六聚引物，显著提高经过重亚硫酸盐处理后...
- 杨运桂杨莹孙宝发杨鑫孙慧颖孙敏张兵黄春敏
- 文献传递
- 榕树-榕小蜂非对称性协同进化与meta-种群效应
- 在互利共生生态系统中，同时存在寄生的物种，这些寄生的物种在进化过程中可能会竞争排斥掉互利合作的物种，这种寄生关系因而将可能导致互利共生系统的解体。然而，人们至今仍然不清楚的是：什么机制能够维持其系统稳定而不会导致寄生物种...
- 王瑞武孙宝发郑琪
- 关键词：协同进化
- 榕小蜂食性分化与榕树―榕小蜂系统稳定性被引量：4
- 2008年
- 在榕树与其传粉小蜂组成的互利共生系统中,理解传粉小蜂与各种非传粉小蜂如何共存是解决这一系统稳定性维持机制问题的关键之一。生态位分化被普遍认为是传粉小蜂与各种非传粉小蜂共存的最主要动力。而作为生态位分化中最基础的食性分化在这一系统中如何具体实现尚不清楚。2006年12月至2007年6月,我们以聚果榕(Ficus racemosa)为材料,通过对果内6种榕小蜂进行独立放蜂及两两组合定量放蜂,并对传粉小蜂分别进行不携带花粉和不能产卵的技术处理,研究了寄生在聚果榕果内的5种非传粉小蜂的食性及相互关系,分析了在不同季节下寄生蜂与寄主间的相关系数。研究结果表明:在5种非传粉小蜂中,Platyneura testacea和P.mayri是造瘿者,能独立刺激子房发育成瘿花,并使果实发育成熟;而Apocrypta sp.、A.westwoodi和P.agraensis只能寄生于某些已发育的虫瘿,为拟寄生者,它们各自分别与P.testacea、P.mayri和传粉小蜂Ceratosolen fusciceps存在着一对一的寄生关系。拟寄生者与寄主间的相关性在不同季节下会显示出不同的结果,这表明过去文献中用物种间的相关系数推理而确定的食性关系可能是不可靠的。对自然采集榕果内的小蜂群落分析表明,传粉小蜂处于优势地位,这说明在自然情况下非传粉小蜂的种群维持在一个较低水平,对榕树—传粉小蜂系统稳定性影响较小,故能与之长期共存。
- 孙宝发王瑞武胡忠
- 关键词：榕树非传粉小蜂互利共生食性
- RNA甲基化修饰调控和规律被引量：17
- 2018年
- 表观遗传学修饰包括DNA、RNA和蛋白质的化学修饰,基于非序列改变所致基因表达和功能水平变化。近年来,在DNA和蛋白质修饰基础上,可逆RNA甲基化修饰研究引领了第3次表观遗传学修饰研究的浪潮。RNA存在100余种化学修饰,甲基化是最主要的修饰形式。鉴定RNA甲基化修饰酶及研发其转录组水平高通量检测技术,是揭示RNA化学修饰调控基因表达和功能规律的基础。本文主要总结了近年来本课题组与合作团队及国内外同行在RNA甲基化表观转录组学研究中取得的主要前沿进展,包括发现了RNA去甲基酶、甲基转移酶和结合蛋白,揭示RNA甲基化修饰调控RNA加工代谢,及其调控正常生理和异常病理等重要生命进程。这些系列研究成果证明RNA甲基化修饰类似于DNA甲基化,具有可逆性,拓展了RNA甲基化表观转录组学研究新领域,完善了中心法则表观遗传学规律。
- 杨莹杨莹孙宝发杨运桂
- 榕小蜂的产卵模式及其对子代性比的影响被引量：6
- 2009年
- 于2007年4月—2007年7月在中国科学院西双版纳热带植物园,通过干预控制榕小蜂产卵的方法研究了聚果榕的传粉榕小蜂Ceratosolen fusciceps和非传粉小蜂Platyneura mayri及垂叶榕的非传粉小蜂Acophila sp.1和Wakerella benjamini等的产卵顺序。对传粉榕小蜂,在完成放蜂后不同间隔时间向榕果内注入乙醚杀死小蜂;对非传粉榕小蜂,在放蜂后不同间隔时间将其从纱网袋内全部放出,从而控制了各种榕小蜂的产卵时间。到榕果成熟后,收集了榕果内的小蜂,并分析比较各种榕小蜂在不同产卵时间下的子代性比。结果表明:Ceratosolen fusciceps、P.mayri和Acophila sp.1在产卵的最初时间内倾向于产下更多的雄性后代,而随后的时间内则产下更多的雌性伴随少量的雄性后代,这样的产卵顺序导致子代性比随着母代产卵时间的延长而下降,榕小蜂后代雌性比例显著高于雄性。同时,子代榕小蜂数量随母代产卵时间的延长而增加,这在一定程度上解释了单头繁殖雌蜂的子代性比随子代数量的增加而减少的现象。而Wakerella benjamini在产卵顺序上是随机的,在其开始产卵后的不同时间段内子代性比都接近于50%。这一结果表明榕小蜂的产卵顺序与母代产卵时间的长短对子代性比有极为重要的影响。
- 孙宝发王瑞武胡忠
- 关键词：榕小蜂
