程酩
- 作品数：22 被引量：22H指数：3
- 供职机构：上海交通大学生物医学工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生文化科学生物学自动化与计算机技术更多>>
- 组织单腺体内单细胞的基因变异分析方法被引量：2
- 2017年
- 从单细胞尺度进行细胞异质性的分析是深度理解细胞群体关系的关键。组织中的单细胞由于细胞类型不同,尺寸往往相差很大,但是目前常用的基于微孔板和Fluidigm公司的微流控的单细胞组学研究方法,需要入口的单细胞大小相近。本研究以胃组织为例,建立了一种组织单细胞的基因变异分析方法,实现了尺寸差异较大的单细胞的基因变异分析。在该方法中,先将胃组织裂解获得单个腺体,再将单个腺体酶解得到不同大小的腺体内单细胞,然后把这些单细胞铺在聚乙烯萘膜载玻片上,进行激光显微切割分选、全基因组放大,最后测其微卫星的长度。利用该方法,成功在肠上皮化生腺体内部检测到微卫星长度的变化,并灵活地对尺寸差异大的组织细胞以及肠化生腺体细胞进行了精细分析。此外,这种单细胞分析方法还可以对带有不同标记的细胞进行低通量和高通量的基因组分析,为单细胞尺度上的组织异质性研究提供了一种高度灵活的分析方法。
- 周彦王超杰朱纯超陈江荣程酩邓宇亮郭妍
- 关键词：激光显微切割胃组织微卫星
- 高校科研实验室建设中微文化生态的价值分析
- 2024年
- 在信息化时代,微文化生态由于互联网技术和智能手机的广泛应用,逐渐成为人们生活和学习的核心组成部分。在碎片化的时段中,大量信息被吸纳,从而在个体中塑造出微文化的独特影响。尤其在高校环境中,学生对移动技术的高度依赖,使得微文化生态深刻影响他们的学习习惯和日常生活。而作为学术探索和人才培养的前沿阵地,高校科研实验室与此息息相关。对微文化生态的深入理解和应用,能有效推进实验室的现代化建设,进一步彰显学术特色并加强信息化管理能力。
- 程酩周莲
- 关键词：碎片化学术特色信息化管理
- 一种用于生物大组织高分辨率成像的标记方法
- 本发明提供了一种用于生物大组织高分辨率成像的标记方法，具体的，本发明提供了一种对组织样本进行均匀可控性免疫标记的方法。本发明的方法可同时解决特异性标记、大尺度样本均匀标记和反差强度可控三个问题，实现对生物大组织高分辨率成...
- 邵志峰文柏清张倪闫方李小卫孙洁林康亚妮程酩
- 稳定均一纳米孔的制备方法
- 一种稳定均一纳米孔的制备方法，将纳米孔单体与粒径均匀的脂质囊泡生理缓冲液悬浊液混合孵育，在脂质囊泡上形成均匀稳定的纳米孔前体；依次加入解锁剂使脂质囊泡上的纳米孔前体形成纳米孔，加入交联剂使形成的纳米孔结构更稳固，加入表面...
- 阮鉴鉴刘美君于晗丹尼尔·恰可夫邵志峰程酩沈轶
- 文献传递
- 一种新的双重标记免疫组化图像自动分割方法
- 2013年
- 本文描述一种自动分割双重标记免疫组化图像的方法,此方法直接从双重标记的两种阳性组织细胞着色特征对其进行分离。与常用的彩色反卷积方法相比,此方法提高了分割准确度且需要样品切片的数量从3张减少到1张。通过细胞角蛋白和S-100蛋白双重标记,分别经二氨基联苯胺(DAB)与3-氨基-9-乙基咔唑(AEC)显色的舌鳞癌样品图像的实验证明,此方法可以有效地将鳞癌与神经组织细胞两种不同的染色区域分割出来,与手动分割的结果作比较其准确度和精确度都有较大的提高。此方法也适用于分割其他用DAB和AEC双重染色的免疫组化图像。
- 孟军陆伟王丽珍俞志维郭妍程酩邵志峰季彤李小卫
- 关键词：图像处理图像自动分割
- 高校生物实验室危险化学品安全管理研究被引量：4
- 2021年
- 在高校生物实验室安全管理的工作当中,对危险化学品的安全管理是非常重视的,实验室里面的化学品不仅种类繁多,而且数量极其庞大,管理的难度系数也很大。因此,高校应当加强对生物实验室危险化学品的安全管理。
- 程酩姜峰
- 关键词：高校实验室危险化学品安全管理
- 一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法
- 本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，...
- 康亚妮程酩王佳宁邵志峰李华秦玉兰
- 组织中少量细胞的微卫星长度精细分析
- 2016年
- 微卫星是基因组上的特殊短重复序列,微卫星不稳定的程度与一些肿瘤的分型、治疗和预后相关。目前,微卫星长度变化的检测往往是基于大量细胞,检测灵敏度低。本文整合激光显微切割技术,基于多次退火环状循环扩增(multiple annealing and looping-based amplification cycles,MALBAC)的单细胞全基因组放大技术和毛细管电泳长度测量方法,经过关键技术点的改进,建立了一套针对组织中少量细胞的多微卫星位点检测方法。研究结果表明,基于技术改进,HE染色的组织细胞经激光显微切割分选后,可成功用MALBAC技术进行全基因组放大,并在多微卫星位点的检测上,获得了高度的准确性和重复性。利用所建立的方法,发现肠型胃癌早期病变组织-肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)的单个腺体内部出现多种长度变化的微卫星改变,说明该癌前病变组织中DNA错配修复系统已经出现问题。本方法所获得的全基因组放大产物,也可以用于外显子组测序和全基因组测序。另外,该方法适用于任何组织的少量细胞,甚至单细胞的多微卫星位点检测,以及全基因组的研究,为精细研究少量病变细胞的基因组特征以及组织异质性提供了有效的方法。
- 黄阿源周彦程酩张小丹李建芳刘炳亚郭妍
- 关键词：肠上皮化生微卫星激光显微切割
- 组蛋白macroH2A在G_1/S和M期的分布差异
- 2015年
- 组蛋白macro H2A(m H2A)具有独特的结构和丰富的亚型,不但具有转录活化和抑制功能,还作用于细胞增殖和肿瘤发生等过程。采用同步化培养的NIH/3T3细胞,分别提取G1/S和M期的组蛋白H2A及m H2A,通过免疫荧光和Western blot从定性和定量2方面分析m H2A的分布情况。结果显示,在总含量保持不变的情况下,m H2A在G1/S和M期的分布有显著差异,从G1/S期进入M期,m H2A在染色体上的分布出现约30%的增长。结果表明,m H2A在细胞周期内的分布有显著差异,很可能与转录激活有关。
- 周超平胡传圣孟益聪程酩李鑫辉
- 关键词：染色体转录
- eSNPdb，人类增强子区域单核酸多态性数据库被引量：1
- 2016年
- 增强子控制着多能性相关基因的转录,在细胞分化中起重要作用。数以千计的GWAS研究结果表明,一定数量疾病相关的SNP位于增强子区域,且近来的研究发现SNP通过影响增强子的功能引起对疾病的易感性,因此有必要对增强子区域的SNP进行整合和分析。我们建立了e SNPdb数据库,收集了增强子注释、SNP以及相关GWAS数据,将疾病与增强子建立联系。数据库收集了67 268个增强子,在这些区域上有826 350个SNP,其中8 521个与疾病相关。数据库还收集了位于增强子区域的转录因子结合位点信息,以便预测SNP对增强子区域转录因子的结合亲和性的影响。作为目前唯一收集增强子区域SNP信息的数据库,e SNPdb将会是研究增强子在人类疾病中的作用与机制重要的数据资源。
- 张宁波程酩白玲康亚妮李华
- 关键词：增强子GWAS转录因子结合位点疾病
