目的从单细胞水平探究多房棘球蚴感染小鼠晚期阶段肝脏组织微环境细胞组成及其转录谱特征。方法收集2只多房棘球蚴感染BALB/c小鼠(6~8周龄)肝脏病灶旁组织和配对远端肝组织进行单细胞转录组测序。利用R软件Seurat包对获得的数据进行质量控制、多样本整合和批次效应校正,应用统一流形逼近与投影(uniform manifold ap⁃proximation and projection,UMAP)算法进行细胞聚类,根据经典标记基因注释细胞类型。通过差异基因表达分析筛选各细胞类型的差异表达基因,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能富集分析,预测细胞生物学作用。结果对来自多房棘球蚴感染小鼠肝脏病灶旁和远端肝组织的43710个细胞进行了分析,归类为11种细胞类型:中性粒细胞、T细胞、巨噬细胞、粒细胞⁃单核细胞祖细胞、B细胞、浆细胞、嗜碱性粒细胞、肝星状细胞、内皮细胞、肝细胞、血小板。T细胞是组织微环境中占比最高的免疫细胞,包括5种CD4+T细胞、2种CD8+T细胞和磷酸抗原反应γδT细胞。与病灶远端肝组织相比,病灶旁肝组织中的CD4+辅助性T细胞和CD4+细胞毒性T细胞比例降低、辅助性T细胞2(Th2细胞)比例明显增高。Th2细胞差异表达基因主要与免疫系统负调控过程相关,CD4+细胞毒性T细胞高表达基因与免疫系统激活相关。结论通过单细胞转录组测序揭示了多房棘球蚴感染小鼠肝组织微环境中的细胞组成和分布差异,病灶旁肝组织中Th2细胞升高可能与免疫抑制性微环境形成有关。
本研究首次对地处青藏高原地区的西宁的犬细小病毒分离株(命名为CPV-XN1)进行了VP2基因的克隆、测序,并与我国以及我国周边国家地区的流行株,以及参考株进行了核苷酸同源性比对和进化分析。VP2基因分子鉴定结果显示,该分离株为CPV-2b亚型株,VP2基因核苷酸序列全长1755bp,蛋白长度为584个氨基酸,分子量大小约为64.58 k Da,VP2蛋白为稳定蛋白,总体亲水性较高,可溶于水,VP2蛋白的二级结构以无规则卷曲为主;VP2基因的T-B细胞共同表位为序列的97-105位点,其序列为ALDDTHAQI,位点286-294,序列为GLPPFLNSL。西宁分离株与我国各地区流行株的核苷酸序列同源性和氨基酸同源性均在99%以上;CPV-XN1分离株VP2基因氨基酸序列中的非同义突变位点有1处,在78位氨基酸处;VP2基因进化树分析发现:CPV-XN1分离株与CPV-2b北京分离株(KT162024)和CPV-2b兰州分离株(JQ268284)组成一个微小分支,并与其它CPV-2b分离株处于同一个大支上,从进化角度上鉴定此研究分离株应属CPV-2b株。因此,本实验对青海西宁CPV-XN1分离株的VP2基因抗原表位分析和系统进化的探讨结果,有望为我国CPV分子流行病学调查提供一定的数据参考依据。
