柯昌虎 作品数:31 被引量:96 H指数:6 供职机构: 湖北医药学院 更多>> 发文基金: 湖北省教育厅科学技术研究项目 湖北省自然科学基金 国家自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 化学工程 更多>>
基于网络药理学和分子对接探讨蛇床子治疗乳腺癌的作用机制 被引量:5 2022年 利用网络药理学和分子对接探讨蛇床子抗乳腺癌的分子机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台获取中药蛇床子的化学成分及其相关靶点,借助Uniprot数据库进行基因转换;在GeneCards、OMIM数据库中检索乳腺癌疾病的相关靶点;利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-靶点-疾病网络;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;基于DAVID数据库对靶点进行基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,运用AutoDock软件对蛇床子的关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果表明,蛇床子的17个有效成分通过调控19个靶点和56条通路对乳腺癌产生作用,4个关键的化合物分别为β-谷甾醇、(E)-2,3-bis(2-keto-7-methoxy-chromen-8-yl)acrolein、豆甾醇、蛇床子素,可通过HSP90AA1、JUN、PRKACA、KDR等关键靶点介导癌症通路、癌症的蛋白聚糖、粘着斑、PI3K-Akt等信号通路发挥抗乳腺癌作用。该研究初步揭示了蛇床子抗乳腺癌的作用机制,为蛇床子的临床应用及其治疗乳腺癌的相关研究提供了理论依据。 柯昌虎 潘长江 严慧 刘佳玲 陈苗 李志浩关键词:网络药理学 分子对接 蛇床子 乳腺癌 基于miRNA测序探究重楼皂苷Ⅰ抗炎的关键因子 2025年 目的:基于微小RNA(microRNA,miRNA)高通量测序技术,旨在探索重楼皂苷Ⅰ(polyphyllinⅠ,PPⅠ)对脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的人髓系白血病单核细胞(THP-1)巨噬细胞炎症响应中关键miRNA的作用和调控机制。方法:LPS刺激构建THP-1巨噬细胞炎症模型;CCK-8法检测PPⅠ对THP-1巨噬细胞活性的影响;ELISA试剂盒检测肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)的释放。对PPⅠ给药组和未给药模型组进行miRNA测序;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对6个差异miRNA进行验证;加权共基因表达网络分析确定最相关的共表达模块;LASSO回归分析进一步确定关键miRNAs;通过GO和KEGG分析差异miRNAs的功能和其潜在抗炎意义。结果:PPⅠ1~8μmol·L^(-1)质量浓度范围内对THP-1巨噬细胞无毒性,2、4、6μmol·L^(-1)PPⅠ处理LPS诱导的THP-1细胞后,TNF-α、IL-6的分泌量显著下降。共鉴定出836个差异表达miRNAs,其中398个miRNA上调,438个miRNA下调;qRT-PCR结果显示,miR-11401、miR-372-3p、miR-4494、miR-8084、miR-445-3p、miR-6744-3p表达与miRNA测序结果一致。加权共基因表达网络分析共获得16个共表达模块,其中暗橘色共表达模块与PPⅠ干预治疗LPS诱导的巨噬细胞炎症呈显著负相关(r=-0.99,P<0.01);通过LASSO回归分析筛选到4个miRNA(miR-6881-3p、miR-5583-3p、miR-570-3p和miR-4757-3p)。差异miRNA靶基因主要与炎症代谢通路相关。结论:重楼皂苷Ⅰ通过调节多种miRNA在治疗LPS诱导的THP-1巨噬细胞炎症中发挥作用。 郑星宇 黄慧敏 李志浩 李志浩 武伦 刘经健 杨旺 柯昌虎 柯昌虎关键词:THP-1细胞 炎症 重楼皂苷Ⅰ调控MAPK信号通路对宫颈癌增殖和凋亡的影响 2025年 目的:探讨重楼皂苷Ⅰ介导MAPK信号通路对宫颈癌Hela和SiHa细胞增殖和凋亡的影响。方法:分别通过CCK-8法和克隆形成实验检测重楼皂苷Ⅰ对Hela和SiHa细胞增殖能力和克隆形成能力的影响;流式细胞术检测重楼皂苷Ⅰ对Hela和SiHa细胞周期和细胞凋亡的影响;蛋白质印迹法检测重楼皂苷Ⅰ对Hela和SiHa细胞凋亡和MAPK通路相关蛋白表达水平的影响。结果:与对照组相比,随着重楼皂苷Ⅰ浓度的升高,Hela和SiHa细胞存活率显著降低,克隆形成能力明显下降,细胞凋亡率显著增加(均P<0.05)。细胞周期结果显示,与对照组相比,Hela和SiHa细胞各给药组G0/G1期细胞百分率下降,S期细胞百分率显著上升,G2/M期细胞百分率上升(均P<0.05)。蛋白质印迹法结果表明,与对照组相比,给药组上调Cleaved caspase-3、Cleaved caspase-9、Bax、p-JNK/JNK、p-p38/p38和p-ERK/ERK的相对蛋白表达水平,下调Bcl-2的表达水平(P<0.05),且重楼皂苷Ⅰ浓度越高,作用越显著。结论:重楼皂苷Ⅰ通过调控MAPK信号通路抑制宫颈癌细胞增殖,调控细胞周期并诱导细胞凋亡。 黄慧琳 李志浩 刘经健 武伦 柯昌虎 刘慧敏 任芳玲 杨旺 明庭文 李鹏关键词:MAPK信号通路 宫颈癌 基于网络药理学探讨蛇床子-补骨脂治疗乳腺癌骨转移的作用机制 被引量:4 2023年 目的基于网络药理学探讨蛇床子-补骨脂治疗乳腺癌骨转移的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)检索药物的化学成分,借助Swiss Target Prediction数据库获取药物成分对应的相关靶点;在GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库中检索乳腺癌骨转移的相关靶点;利用Venny 2.1在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.8.2绘制药物-成分-靶点-疾病网络;STRING数据库构建蛋白相互作用网络;借助DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果蛇床子-补骨脂中40个有效成分通过调控99个靶点和147条通路对乳腺癌骨转移产生作用。香叶木素、(E)-2,3-双(2-酮-7-甲氧基-甲氧羰基-8-基)丙烯醛、异补骨脂二氢黄酮、cniforin B、补骨脂甲素、O-乙酰异蛇床素、O-乙酰二氢欧山芹酯、补骨脂二氢黄酮甲醚、美花椒内酯、邻-异戊酰基二氢山芹醇、欧芹素、蛇床子素等成分可以通过表皮生长因子受体(EGFR)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt1)、类固醇受体辅助活化因子(SRC)等关键靶点介导癌症途径、内分泌抵抗、磷脂酰肌醇3激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PI3K-Akt)、癌症中的蛋白聚糖、癌症中的微小RNA、癌症中的中心碳代谢、催乳素、细胞衰老、细胞凋亡、糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物-晚期糖基化终产物受体(AGE-RAGE)、Ras、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路来治疗乳腺癌骨转移。结论蛇床子-补骨脂可以通过多成分、多靶点、多途径参与乳腺癌骨转移的治疗,为其临床应用及治疗乳腺癌骨转移的机制深入研究提供了理论依据。 柯昌虎 严慧 陈琴华 黄慧敏 昝继斌 何晓东关键词:蛇床子 补骨脂 乳腺癌骨转移 网络药理学 基于GEO芯片和网络药理学探讨康力欣胶囊治疗乳腺癌的作用机制 2024年 目的:利用GEO芯片和网络药理学探讨康力欣胶囊治疗乳腺癌的分子机制。方法:通过TCMSP、HERB、Batman-TCM数据库检索药物的化学成分,借助Swiss Target Prediction数据库获取药物成分对应的相关靶点;在GEO数据库中检索乳腺癌的相关靶点;利用Venny 2.1.0在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.8.2绘制药物-成分-靶点-疾病网络;STRING数据库构建PPI网络;借助DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;运用AutoDock软件对关键的活性成分和靶点进行分子对接验证。结果:康力欣胶囊中59个有效成分通过调控106个靶点和43条通路对乳腺癌产生作用,法尼斯淝醇A、多胶阿魏素、宽叶阿魏酮、山奈酚、法尼斯淝醇B、泽兰黄醇素、槲皮素、宽叶阿魏醇、啤酒甾醇、阿魏种素等成分可以通过EGFR、JUN、PPARG、PTGS2、CCNA2、CHEK1、CDK1、CDK2、MMP9、TOP2A等关键靶点介导癌症的中枢碳代谢、细胞周期、代谢途径、癌症途径、AMPK、松弛素、FoxO、IL-17、Ras、HIF-1、MAPK、钙、胰岛素等信号通路来治疗乳腺癌。分子对接分析发现10个靶点蛋白与10个活性成分具有较好的结合能力。结论:康力欣胶囊可以通过多成分、多靶点、多途径参与乳腺癌的治疗,为其临床应用及治疗乳腺癌的机制深入研究提供了理论依据。 柯昌虎 严慧 严慧 黄慧敏关键词:乳腺癌 网络药理学 分子对接 基于网络药理学和分子对接探讨康艾注射液治疗乳腺癌的作用机制 被引量:5 2023年 目的利用网络药理学和分子对接探讨康艾注射液治疗乳腺癌的分子机制。方法该研究起止时间为2021年3—6月。资料来源是通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Swiss Target Prediction数据库挖掘康艾注射液的化学成分及靶点,借助Uniprot数据库进行基因名称校正,在GeneCards、OMIM数据库中检索乳腺癌疾病的相关靶点,利用Venny 2.1在线软件获取药物与疾病的共同靶点,由Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-靶点-疾病网络,STRING数据库在线绘制蛋白互作网络,基于DAVID数据库对靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,运用AutoDock Vina软件对康艾注射液的关键的活性成分和作用靶点进行分子对接验证。结果康艾注射液的32个有效成分通过调控125个靶点和104条通路对乳腺癌产生作用,4个关键的化合物分别为异鼠李素、槲皮素、山柰酚、氧化苦参碱,可通过肿瘤抑制蛋白(TP53)、外消旋-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、核转录因子激活蛋白-1(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)等关键靶蛋白介导癌症途径、TNF、低氧诱导因子-1(HIF-1)、磷脂酰肌醇-3-激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PI3K-Akt)、凋亡途径、核苷酸结合寡聚化结构域(NOD)样受体、T细胞受体等信号通路发挥抗乳腺癌作用。分子对接表明筛选的靶点蛋白与有效活性成分具有较好的结合活性。结论康艾注射液治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,该研究结果为康艾注射液的临床应用及其机制研究提供了理论依据。 柯昌虎 王运文 严慧 冯协和 刘佳玲 李志浩关键词:分子对接 基于网络药理学和分子对接探讨补虚颗粒治疗产后贫血的作用机制 被引量:1 2022年 目的 利用网络药理学和分子对接方法揭示补虚颗粒治疗产后贫血的物质基础及作用机制。方法 通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库分别获取补虚颗粒的化学成分以及相关靶点;通过GeneCards、OMIM、PubMed数据库获取产后贫血的相关靶点;利用Venny 2.1在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.8.2绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络;STRING数据库构建蛋白质相互作用网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用AutoDock软件对关键的活性成分和作用靶点进行分子对接验证。结果 补虚颗粒中44个有效成分通过调控137个靶点和103条通路治疗产后贫血,10个关键活性成分分别为华良姜素、山奈酚、常春藤皂苷元、甲基-11,14-二烯酸酯、异鼠李素、槲皮素、黄芩素、β-蜕皮甾酮、亚油酸乙酯、3,9-二-O-甲基尼森香豌豆紫檀酚,可通过TNF、IL-6、EGFR、MMP9、JUN、PTGS2、PPARG、HIF-1α、ESR1、CCND1等关键靶点介导癌症途径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、化学致癌作用与受体激活、钙离子、TNF、PI3K-Akt、HIF-1等信号通路发挥治疗产后贫血作用。分子对接表明,筛选的靶点蛋白与活性成分具有较好的结合能力。结论 该研究初步揭示了补虚颗粒发挥治疗产后贫血作用是通过多成分、多靶点、多途径实现的,从而为其分子机制的深入研究及临床应用提供思路。 柯昌虎 李志浩 李志浩 何晓东 李鹏 严慧关键词:补虚颗粒 产后贫血 网络药理学 分子对接 基于网络药理学和分子对接探讨莪术醇治疗肝癌的作用机制 2025年 目的利用网络药理学和分子对接方法探讨莪术醇治疗肝癌的分子机制。方法检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、Swiss Target Predition和PharmMapper数据库获取莪术醇的相关靶点,采用UniProt数据库对基因名称进行校正;在GeneCards、Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)、Therapeutic Target Database(TTD)数据库中检索肝癌疾病的相关靶点;利用Venny 2.1.0在线软件获取药物与疾病的共有靶点;STRING数据库构建蛋白相互作用网络;DAVID数据库对靶点进行基因本体论功能富集和京都基因和基因组数据库通路富集分析;利用Cytoscape 3.8.2软件绘制药物-靶点-通路-疾病网络;使用Kaplan Meier-Plotter数据库分析核心靶点基因的表达与肝癌生存期的相关性,借助AutoDock软件对莪术醇和关键靶点进行分子对接验证。结果莪术醇可以调控92个靶点和87条通路,通过白蛋白(ALB)、表皮生长因子受体(EGFR)、胰岛素样生长因子1(IGF1)、类固醇受体辅助活化因子(SRC)、雌激素受体α(ESR1)、热休克蛋白αA1(HSP90AA1)、胱天蛋白酶-3(CASP3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、B细胞淋巴瘤因子2样蛋白1(BCL2L1)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)等关键靶点介导癌症通路、癌症中的蛋白多糖、肾素-血管紧张素系统(Ras)、催乳素、磷脂酰肌醇-3-激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PI3K-Akt)、叉头框蛋白O类(FoxO)等信号通路对肝癌发挥治疗作用。生存期分析结果显示,ALB、EGFR、IGF1、ESR1、SRC、HSP90AA1、PPARG基因的表达量与肝癌患者的生存期均具有相关性。分子对接结果表明筛选的靶点蛋白与莪术醇具有较好的结合活性。结论莪术醇可以通过多靶点、多途径发挥治疗肝癌的作用。 冯协和 李曼 李志浩 张勇洪 陈春晓 柯昌虎关键词:莪术醇 肝癌 网络药理学 分子对接 基于网络药理学和实验验证探究重楼皂苷I抗宫颈癌的作用机制 2025年 目的通过网络药理学、分子对接以及体外实验探讨重楼皂苷I抗宫颈癌的潜在靶点和作用机制。方法使用Swiss Target Prediction数据库获得重楼皂苷I作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库检索宫颈癌的潜在作用靶点。采用Venny 2.1和Cytoscape 3.10.0构建“重楼皂苷I–交集靶点”网络。通过STRING平台构建蛋白质相互作用(PPI)网络图筛选出重楼皂苷I抗宫颈癌的可能的核心靶点,通过富集分析对核心靶点的信号通路及生物学功能进行分析,利用分子对接方法评估重楼皂苷I与关键信号通路中核心靶蛋白的结合潜力。通过CCK-8法检测宫颈癌细胞增殖能力,划痕实验检测细胞的迁移能力,Western blotting检测靶点蛋白表达水平。结果通过数据库得到105个重楼皂苷I作用靶点,Venn图得到96个交集靶点,通过蛋白质相互作用网络筛选出酪氨酸蛋白激酶(SRC)、表皮生长因子受体(EGFR)、胱天蛋白酶3(CASP3)、信号传导转录激活因子3(STAT3)等35个核心靶点。GO分析结果表明重楼皂苷I显著富集于200条生物过程,40个分子功能,49个细胞组分;KEGG富集分析获得99条通路。分子对接显示重楼皂苷I与c-Jun氨基末端激酶(JNK)、细胞外调节蛋白激酶(ERK)、p38蛋白(p38)有较好的结合力。体外细胞实验表明,重楼皂苷I抑制宫颈癌SiHa细胞的增殖活力和迁移能力。Western blotting结果表明,重楼皂苷I可以上调MAPK信号通路中磷酸化蛋白的表达水平。结论重楼皂苷I可能通过作用于MAPK信号通路发挥抗宫颈癌作用。 黄慧琳 李志浩 刘经健 武伦 柯昌虎 刘慧敏 任芳玲 杨旺 明庭文 李鹏关键词:重楼皂苷I 宫颈癌 分子对接 酪氨酸蛋白激酶 表皮生长因子受体 基于网络药理学和分子对接探讨金银花口服液防治新型冠状病毒感染的作用机制 被引量:2 2023年 利用网络药理学和分子对接探讨金银花口服液防治新型冠状病毒感染的分子机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索药物的化学成分,借助Swiss Target Prediction数据获取药物成分对应的相关靶点;在GeneCards、CTD、TTD、DrugBank数据库中检索疾病的相关靶点;利用Venny 2.1.0在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.8.2绘制药物-成分-靶点-疾病网络;String数据库构建蛋白互作网络;借助David数据库进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;运用AutoDock软件对成分和靶点进行分子对接验证。结果发现,金银花口服液中16个有效成分通过调控88个靶点和108条通路对新型冠状病毒感染产生作用,伞房花耳草素、金圣草素、木犀草素、亚油酸乙酯、山奈酚、槲皮素等成分可以通过AKT1、SRC、EGFR、HIF1A、PPARG、MMP9、ESR1、MAPK1、PTGS2、MMP2等关键靶点调控HIF-1、化学致癌-受体激活、内分泌抵抗、粘着斑、PI3K-Akt、VEGF、松弛素、ErbB、丙型肝炎、乙型肝炎、Rap1等信号通路来治疗新型冠状病毒感染。分子对接结果显示,靶点蛋白与活性成分具有较好的结合能力。结果表明,金银花口服液可以通过多成分、多靶点、多途径参与新型冠状病毒感染的防治,这为其临床应用及深入研究防治新型冠状病毒感染的机制提供了理论依据。 柯昌虎 吴亚晴 丁雪茹 丁雪茹 黄慧敏关键词:网络药理学 分子对接