童宗中
- 作品数：15 被引量：176H指数：7
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- 发文基金：国家自然科学基金国家科技部专项基金中国科学院科研项目更多>>
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- 蛋白芯片筛选鼠疫耶尔森菌与巨噬细胞的蛋白相互作用
- 2005年
- 目的:利用蛋白芯片筛选鼠疫耶尔森菌的毒力因子,进一步揭示鼠疫菌与宿主之间相互作用的机制。方法:鼠疫菌毒力相关蛋白芯片筛选与小鼠巨噬细胞系774A.1可能有相互作用的蛋白质,免疫荧光试验验证筛选出的蛋白相互作用。结果:共筛选到17个可能与巨噬细胞有相互作用的鼠疫菌蛋白,并通过免疫荧光试验初步验证了其中8个蛋白芯片筛选试验中信号最强的蛋白与巨噬细胞的相互作用。结论:蛋白芯片技术可用于筛选病原菌与宿主之间的相互作用,有助于深入研究病原与宿主之间相互作用的机制。本研究筛选出的鼠疫菌蛋白与巨噬细胞的相互作用尚需深入研究和验证,以便最终确定这些蛋白在鼠疫菌致病机制中所发挥的作用。
- 杜宗敏谭亚芳李蓓童宗中江凌晓王津王红霞宋亚军郭兆彪杨瑞馥
- 关键词：巨噬细胞蛋白质类荧光免疫测定
- 利用鼠疫耶尔森氏菌全基因组DNA芯片对比较基因组学、进化基因组学与生态位适应的研究
- 基于现有全基因组序列,研制了鼠疫耶尔森氏菌全基因组DNA芯片,进行了数十株鼠疫耶尔森氏菌株和假结核耶尔森氏菌的比较基因组杂交,分析了各基因在不同菌株间的差异分布,由芯片杂交结果圈定了靶标基因,扩大菌株范围进行了大规模PC...
- 周冬生韩延平宋亚军童宗中裴德翠戴二黑张玲包静月李敏崔百忠张秀清王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥
- 关键词：鼠疫耶尔森氏菌DNA芯片比较基因组学进化基因组学
- 文献传递
- SARS相关病毒(BJ01株)的全序列及其比较分析被引量：23
- 2003年
- 严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新发现的急性传染病。对一株已确认为SARS病原体的冠状病毒(BJ01)进行了全基因组序列测定,并与其他已知病毒进行了比较分析。该病毒基因组全长为29.725kb,含11个可读框(ORFs),由1个稳定区和1个可变区组成,其中稳定区编码RNA依赖性RNA聚合酶,包括两个ORFs;可变区含有4个蛋白质编码序列(CDSs),分别编码病毒的4个结构蛋白(S,E,M,N蛋白)。此外,可变区还包括5个非典型的预测蛋白(PUPs)。此病毒基因的排列顺序与其他已知的冠状病毒一致。通过与已知RNA病毒的序列比对,可以确认该病毒属于冠状病毒科(Coronaviridae)。与GenBank中已知的5个SARS相关病毒全基因组序列的比较分析显示,已在30个核苷酸位置上检出序列差异,总体突变率为0.1％,其中15个变异位点在编码区,可能会导致蛋白质的氨基酸改变(异义突变)。S蛋白中已发现3处可能引起该蛋白质物化特征变化的变异,而该蛋白质可能参与病毒与宿主间的免疫反应.与病毒包膜形成相关的M蛋白中则已发现两处氨基酸变化。进化分析表明,SARS病毒可能不是来源于人类,但没有证据证明是人为制造的。为了阐明SARS相关病毒的病因学以及排除其他可能的SARS病原体的存在,仍需进行更深入的研究。
- 秦鄂德祝庆余于曼范宝昌常国辉司炳银杨保安彭文明姜涛刘伯华邓永强刘洪张雨王翠娥李豫川甘永华李晓萸吕富双谭刚曹务春杨瑞馥汪建李蔚徐祖元李彦吴清发林伟陈维军唐琳邓亚军韩玉军李昌峰雷蒙李国庆
- 关键词：冠状病毒基因组系统发生学
- 鼠疫耶尔森菌pgm位点及其侧翼序列遗传变异的比较分析被引量：5
- 2004年
- 目的 研究鼠疫耶尔森菌中国自然分离株 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,了解不同疫源地菌株间的毒力差异 ,为鼠疫防治提供帮助。方法 比较分析现有 4株菌的 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,采用PCR、等位基因特异性PCR扩增 2 6 0株中国自然分离株和 7株假结核耶尔森菌。结果 除锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株外 ,其他菌株均缺失了YP16 6 6的 70～ 87bp之间的 18bp碱基。 14 0 6bp处T的缺失仅存在于东方型菌株中。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点下游都没有IS10 0插入 ;锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株的色素沉着区有 1个IS2 85插入 ,在其下游 3kb区域还有 1个IS10 0插入。冈底斯山型和昆仑山A、B型菌株的 pgm位点上游侧翼区与其他菌株不同。36株菌的 pgm位点缺失 ,缺失的菌株主要集中在鄂尔多斯高原型 ,松辽平原B型 ,昆仑山A、B型 4种生态型菌株中。结论 北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株是中国鼠疫耶尔森菌中比较古老的菌株。锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株是一个独特的分支 ,建议归为第 4个生物型———田鼠型。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点 ,由于在其下游没有IS10 0插入 ,所以稳定、不易缺失?
- 童宗中周冬生宋亚军张玲韩延平裴德翠庞昕李敏崔百忠王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建杨焕明黄培堂杨瑞馥
- 关键词：鼠疫耶尔森菌侧翼序列
- 鼠疫耶尔森菌DNA标识序列的鉴定及其应用研究被引量：16
- 2004年
- 目的 确定鼠疫耶尔森菌DNA标识序列 ,以用于鼠疫耶尔森菌的快速检测和鉴定。方法 通过芯片比较基因组杂交和PCR验证 ,鉴定鼠疫耶尔森菌DNA标识序列 ,针对标识序列设计特定的PCR引物。结果 鼠疫耶尔森菌基因组中存在 3个区段 ,共 2 8条基因 ,均是鼠疫耶尔森菌DNA标识序列。针对其中 3条基因设计PCR引物 ,能特异性扩增出鼠疫耶尔森菌 ,与来自其他非鼠疫耶尔森菌的DNA无交叉反应。结论 鼠疫耶尔森菌存在DNA标识序列 ,并能用于鼠疫耶尔森菌的快速检测与鉴定。
- 韩延平周冬生宋亚军裴德翠李敏崔百忠包静月张秀清童宗中王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥
- 关键词：耶尔森氏菌鼠疫DNA芯片
- 鼠疫耶尔森菌菌株91001全基因组序列测定及初步分析被引量：47
- 2004年
- 目的 测定对人不致病的鼠疫耶尔森菌布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1的全基因组序列 ,并通过比较基因组学研究 ,探索鼠疫耶尔森菌致病性的遗传学机制和进化路线。方法 采用全基因组鸟枪法测定 910 0 1菌株的全基因组序列 ,利用比较基因组方法对 910 0 1与另外 2株鼠疫耶尔森菌(CO92和KIM)的全基因组进行比较研究。结果 910 0 1菌株的基因组包括 1条染色体和 4个质粒 (pPCP1、pCD1、pMT1和pCRY)。pPCP1质粒长度为 96 0 9bp,与参考菌株基本一致 ;pCD1质粒是编码Ⅲ型分泌系统的质粒 ,长度为70 15 9bp,编码情况与参考菌株基本相同 ,但重排导致了质粒的结构与参考菌株存在差异 ;pMT1质粒长度为10 6 6 4 2bp,保留了较多的原始质粒片段 ,毒力相关基因与参考菌株没有差异 ;pCRY质粒是本研究中新发现的质粒 ,在国内外研究中未曾报道 ,这一质粒长度为2 174 2bp ,具有独立复制能力 ,有一群编码Ⅳ型分泌系统的基因。 910 0 1菌株的染色体长度为4 5 95 0 6 5bp,有 4 0 37个编码序列 (CDS) ,其中 14 1个是假基因 ;染色体中存在着非常丰富的插入序列 ,由于存在IS序列介导的基因组重排 ,910 0 1菌株染色体的结构与参考菌株存在较大差异。通过比较基因组学分析 ,初步确定了910 0 1菌株甘油降解阳性、硝酸盐还原阴性、阿拉?
- 宋亚军童宗中王津郭兆彪汪莉韩延平张建国裴德翠周冬生秦海鸥庞昕韩玉军翟俊辉李敏祁芝珍金丽霞戴瑞霞崔百忠陈峰李胜霆叶辰杜宗敏王效义王俊于军杨焕明汪建黄培堂杨瑞馥
- 关键词：耶尔森氏菌鼠疫基因组进化
- 鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片的研制及用于比较基因组学分析被引量：22
- 2004年
- 目的 研制鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片 ,并将其用于比较基因组分析。方法 挑选出 4 0 0 5条鼠疫耶尔森菌基因 ,PCR扩增各基因 ,以纯化的PCR产物点样制备芯片 ,采用双色荧光杂交策略 ,进行芯片比较基因组杂交。结果 设计了若干质控杂交组合 ,芯片杂交结果与全基因组测序结果完全一致。
- 周冬生韩延平戴二黑宋亚军包静月裴德翠李敏崔百忠张秀清童宗中王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥
- 关键词：耶尔森氏菌鼠疫DNA芯片比较基因组学
- 鼠疫耶尔森菌基因组进化与生态位适应研究被引量：80
- 2004年
- 目的 探索鼠疫耶尔森菌基因组进化的基本规律及其与该菌在自然界适应性演化之间的内在联系。方法 对 36株鼠疫耶尔森菌和 7株假结核耶尔森菌进行芯片比较基因组分析 ,鉴定差异区段 (DFR) ,并对 2 6 0株鼠疫耶尔森菌进行PCR验证 ,分析各DFR在这些鼠疫耶尔森菌中的分布 ,同时进行基因组岛分析。结果 在鼠疫耶尔森菌基因组中鉴定出 2 2个DFR ,基于DFR图谱 ,将鼠疫耶尔森菌中国分离株分成 14个基因组型。鼠疫耶尔森菌共有 2 1个基因组岛 ,其中 18个已存在于假结核杆菌中 ,余下 3个为鼠疫耶尔森菌独有。结论 探明了各基因组岛在鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌间的差异分布 ,探究了鼠疫耶尔森菌的起源进化 ;建立了鼠疫耶尔森菌基因组分型系统 ;建立了各基因组型别间的系统发育关系 ,初步揭示了鼠疫耶尔森菌基因组的进化规律及其与鼠疫耶尔森菌生态位适应和鼠疫疫源地扩展之间的关系 。
- 周冬生韩延平宋亚军童宗中裴德翠戴二黑张玲包静月李敏崔百忠张秀清王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥
- 关键词：耶尔森氏菌鼠疫DNA芯片基因组进化
- 鼠疫耶尔森菌生物型变异遗传基础的研究和新生物型——田鼠型的提出被引量：27
- 2004年
- 目的 探究鼠疫耶尔森菌生物型变异的遗传基础。方法 通过全基因组序列的比较分析 ,鉴定可能与生物型变异相关的基因突变 ,采用DNA测序和位点特异性PCR的方法 ,分析基因突变在鼠疫耶尔森菌自然分离株中的分布。结果 田鼠鼠疫自然疫源地菌株在毒力、生化表型和分子特征上与其他型别鼠疫耶尔森菌相差很大。所有脱氮阴性菌株的napA基因发生了突变 ,所有甘油利用阴性菌株的 glpD基因发生了突变 ,所有阿拉伯糖利用阴性菌株的araC基因发生了突变。结论 提出了一个新的生物型———田鼠型 ;相应糖醇代谢相关基因发生突变是 4个生物型变异的遗传基础。
- 周冬生童宗中宋亚军张玲裴德翠庞昕韩延平李敏崔百忠王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥
- 关键词：耶尔森氏菌鼠疫生物型突变
- 应用抑制削减杂交技术进行鼠疫耶尔森菌的比较基因组研究被引量：14
- 2005年
- 目的 确定古典型鼠疫耶尔森菌的特有序列 ,为建立和完善该菌基因组分型系统提供可靠数据。方法 通过抑制削减杂交技术发现差异片段并应用PCR验证。结果 发现了 5个在不同生物型鼠疫菌间存在差异的DNA片段 ,其中一个 383bp的片段在来自天山山地灰旱獭、长尾黄鼠鼠疫自然疫源地的 30株鼠疫菌全部阳性 ,而来自其它鼠疫自然疫源地的菌株全部阴性 ,5株假结核耶尔森菌中有 2株 (生物Ⅰ型和Ⅱ型 )阳性。结论 该 383bp片段为天山山地灰旱獭、长尾黄鼠鼠疫自然疫源地的鼠疫菌所特有 ,此疫源地的菌株可能是我国较古老的鼠疫菌。
- 戴二黑童宗中王效义周冬生张建国李蓓杨俊兴陈泽良宋亚军郭兆彪王津杨瑞馥
- 关键词：鼠疫耶尔森菌基因组研究鼠疫自然疫源地假结核耶尔森菌长尾黄鼠鼠疫菌
