杨立江
- 作品数：12 被引量：4H指数：2
- 供职机构：北京大学化学与分子工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学生物学一般工业技术哲学宗教更多>>
- 尿素/氧化三甲胺混合溶剂影响单壁碳纳米管内部水合性质的分子动力学模拟被引量：2
- 2016年
- 尿素是早已被人们认识的蛋白质变性剂,而氧化三甲胺则是最常用的蛋白质结构保护剂。虽然多年来被广泛应用在生物实验中,但是它们是如何在蛋白质结构形成中起作用,特别是氧化三甲胺是如何在高浓度尿素环境中起到抑制尿素蛋白变性作用的分子机制,至今仍然没有得到圆满解答。本文以单壁碳纳米管为模型疏水体系,采用分子动力学模拟研究尿素/氧化三甲胺混合溶液中纳米管内部水合性质,结果表明氧化三甲胺更易与水分子和尿素分子形成较强相互作用从而稳定了水溶液结构,这一结果亦表明了氧化三甲胺可以通过间接机制抵消尿素分子对于碳纳米管内部水合性质的影响。
- 杨立江高毅勤
- 关键词：尿素氧化三甲胺碳纳米管分子动力学
- DNA细微结构对别构效应的影响
- 别构效应在蛋白质特别是酶的生物功能行使中发挥了重要作用。近期研究发现,DNA 作为遗传信息的载体同样存在别构效应并具有序列依赖性：混合及富含AT 的序列表现出较强的别构效应,而该效应却在富含GC 的序列中迅速衰减。我们通...
- 古婵张骏陈曦杨立江高毅勤
- 利用分子动力学模拟研究生物分子构象与其溶剂化效应
- 由于对计算量的需求,分子模拟在研究溶液中生物分子的结构和动力学性质中仍具有较大局限性。在这个报告中,我们将讨论近年来在增强抽样方法发展方面的一些工作,特别是这些方法在蛋白质折叠以及DNA 构象变化等研究中的应用。例如,在...
- 邵强杨立江高毅勤
- 关键词：分子模拟蛋白折叠溶剂化
- 选择性温度积分增强抽样方法及其在生物分子模拟中的应用
- ＜正＞选择性温度积分增强抽样方法（SITS）是一种可广泛应用于生物分子系统的高效模拟抽样方法,它基于高性能的温度积分增强抽样方法（ITS）,但是由于在其中又引入了一个通过温度调节的等效势能面,SITS可以对与功能实现相关...
- 杨立江高毅勤
- 关键词：蛋白质折叠
- 文献传递
- 4-乙烯基吡啶型聚皂的合成及疏水相互作用的研究
- 杨立江
- 关键词：聚电解质疏水作用表面活性剂
- DNA序列,结构与别构效应
- 蛋白质与DNA的结合和相互作用在基因表达和调控中具有十分重要的生物学意义。而在蛋白质与DNA的结合中DNA本身的结构扮演重要的角色。目前对基因调控过程的研究多数集中在蛋白质上,而将DNA作为一个单纯的结合位点,少有目光投...
- 古婵杨立江高毅勤
- 关键词：DNA分子模拟
- 文献传递
- 分子模拟中的增强抽样方法被引量：2
- 2012年
- 分子模拟在化学、物理、生物、材料等多学科的发展中起着越来越重要的作用。然而,受到当前计算机处理速度的限制,分子模拟计算所能够达到的时间尺度同实验或实际应用中要求的时间尺度相比还存在着巨大的差距。增强抽样方法的发展和应用可以有效地拓宽分子模拟所能研究体系的时间尺度,极大地提高分子模拟的热力学和动力学计算能力。本文中先简单介绍增强抽样方法的发展以及几类增强抽样方法的优缺点,然后重点介绍了我们研究组所发展的温度积分抽样方法(integrated tempering sampling,ITS)的基本思路及其在蛋白质折叠研究中的应用。文章最后总结了增强抽样方法发展的新需求,同时也对此研究方向的广阔发展前景进行了展望。
- 杨立江邵强高毅勤
- 关键词：分子模拟蛋白质折叠
- DNA序列,结构与别构效应
- 蛋白质与DNA 的结合和相互作用在基因表达和调控中具有十分重要的生物学意义。而在蛋白质与DNA 的结合中DNA 本身的结构扮演重要的角色。目前对基因调控过程的研究多数集中在蛋白质上，而将DNA 作为一个单纯的结合位点，少...
- 古婵杨立江高毅勤
- 关键词：DNA分子模拟
- 尿素/氧化三甲胺混合溶剂影响单壁碳纳米管内部水合性质的分子动力学模拟
- 是早已被人们认识的蛋白质变性剂,而氧化三甲胺则是最常用的蛋白质结构保护剂.虽然多年来被广泛应用在生物实验中,但是它们是如何在蛋白质结构形成中起作用,特别是氧化三甲胺是如何在高浓度尿素环境中起到抑制尿素蛋白变性作用的分子机...
- 杨立江高毅勤
- 关键词：尿素氧化三甲胺碳纳米管分子动力学
- 聚皂及其智能凝胶的疏水效应与环境敏感性的研究
- 杨亚江杨立江陈顺清赵彦兵
- 该项目属自然科学基础研究领域。聚皂是一类疏水改性的聚合物电解质，在其聚合物主链上既含有带电荷基团，又含有长链疏水基团。带电荷基团赋予聚合物良好的水溶性，而长链疏水基团在分子间(内)的疏水相互作用下，可形成疏水微区(hyd...
- 关键词：
- 关键词：疏水改性聚合物电解质氢键
