目的:研究TNF-α启动子区基因多态性连锁不平衡与严重急性呼吸道综合征(Sever acute respiratory syndrome,SARS)发生关系。方法:采用病例对照研究设计,检测75例SARS康复人员和95例健康人员的TNF-α基因启动子区多态性,分析TNF-α基因启动子区多态性位点的连锁作用与SARS-Cov易感性关系;在SARS康复病人中采用病例-病例对照研究设计,研究TNF-α基因多态性位点的连锁作用与SARS临床症状的关系。采用PCR-SBT(PCR Sequencing Based Typing)方法进行TNF-α启动子区基因多态性检测,运用LDA分析软件完成(Linkage Disequilibrium Analyzer Ver1.0,Chinese national human genome center,Beijing,China)进行多态性位点的连锁作用分析,采用Phase软件(http://www.stat.washington.Edu/stephens,v2.1.1)进行单倍体型分析。结果:PCR-SBT方法可以成功获得TNF-α启动子区基因多态性,检测出的多态性位点有-1031、-863、-857、-572、-308、-238、-204和-163,其中-572(A>C)和-204(T>C)为新发现多态性位点。单倍体型分析结果显示,SARS组和对照组主要以Hap(T;C;C;A;G;G;T;G)、Hap(C;A;C;A;G;G;T;G)、Hap(T;C;T;A;G;G;T;G)和Hap(C;C;C;A;G;A;T;G)为主,但两组人群的单倍体型分布频率无显著差别(P=0.30)。对照人群的连锁模式可能不同于SARS人群,对照组-857(C>T)和-572(A>C)分别与-308(G>A)存在连锁关系,而SARS组不存在该位点的连锁,但存在-238(G>A)与-163(G>A)连锁关系。轻症组和重症组主要以Hap(T;A;C;A;G;G;T;G)、Hap(T;A;T;A;G;G;T;G)、Hap(C;C;C;A;G;G;T;G)和Hap(C;A;C;A;G;A;T;G)为主,两组人群的单倍体型分布频率无显著差别(P=0.39)。重症SARS的-857(C>T)与-308(G>A)也存在连锁关系,而轻症SARS不存在该连锁关系。结论:TNF-α基因启动子区的连锁不平衡可能与SARS的发生及进展相关联。
目的:研究中国汉族人群TNF-α基因启动子区的基因多态性。方法:采用PCR-SBT(PCR Sequencing Based Typing)方法进行TNF-α基因启动子区的多态检测。结果:采用PCR-SBT方法可以成功获得TNF-α基因启动子区的多态性结果并能够发现新的多态性位点;本次研究发现中国汉族人群TNF-α基因启动子区的多态性位点有:-1031、-863、-857、-572、-308、-238、-204和-163,其中-572和-204的多态性位点为首次报道;我国汉族人群该区域的核酸差异性为(11.00±0.46)×10-4,低于非洲人群;与Malawi人群相比,我国汉族人群-1031C、-308A、-238A出现频率较低,而-857T的频率却较高;与Gambian人群相比,-863A和-857T出现频率较高,-308A出现频率较低;我国汉族人群TNF-α基因启动子区的-1031C、-863A、-857T与-572C、-308A、-238、-204C、-163C有相关性。结论:采用PCR-SBT方法可以成功对TNF-α基因启动子区的基因多态性进行研究,我国汉族人群TNF-α基因启动子区的基因多态性可能存在独特的特点。
