刘昕
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院更多>>
- 发文基金：国际科技合作与交流专项项目国家自然科学基金博士科研启动基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 用支持向量机预测HIV-1整合酶抑制剂活性
- 2013年
- HIV整合酶可催化病毒复制周期中的整合过程,即将HIV反转录产物cDNA整合入宿主基因组,它是病毒复制过程中不可缺少的酶,也是抗HIV药物设计的重要靶点.构建嘧啶酮类(pyrimidones)HIV-1整合酶抑制剂定量构效关系模型,有助于进一步了解影响抑制剂活性的结构因素.本文应用CoMFA软件计算了68个化合物的拓扑、分子极化、亲水性等结构参数,用所选的结构参数作为支持向量机(support vector machine,SVM)的输入,建立起非线性的支持向量机回归模型.研究表明:支持向量机算法与分子结构参数的有机集成,可为HIV整合酶抑制剂的结构与活性数据建立起预测模型,为抗HIV药物设计提供生物学信息.
- 刘昕谭建军陈慰祖刘斌李杉王存新
- 关键词：支持向量机HIV-1整合酶抑制剂定量构效关系嘧啶酮
- HIV-1整合酶链转移反应抑制剂的荧光筛选方法
- 2013年
- 整合酶被认为是抗HIV-1药物研究的理想靶点之一。为了建立便捷高效的整合酶链转移反应抑制剂筛选方法,首先将HIV-1整合酶原核表达载体pNL-IN转化入大肠杆菌感受态细胞BL21(DE3)进行原核表达,并用镍琼脂糖凝胶进行亲和纯化,获得了纯度和活性均较高的整合酶重组蛋白;然后设计了生物素标记的供体DNA和FITC标记的靶DNA,用链霉亲和素磁珠捕获反应体系中的DNA产物;最后用荧光分析仪检测DNA产物的荧光信号,并计算待测样品的抑制率。用已知整合酶抑制剂S-1360和MK-0518对筛选方法进行了验证,测定结果与已有实验数据相当,表明本筛选方法能够有效应用于HIV-1整合酶链转移反应抑制剂的筛选。与现有的整合酶链转移反应抑制剂筛选方法相比,本筛选方法步骤更为简化、耗时更短、成本更低。
- 刘斌刘昕李杉何红秋张小轶谭建军陈慰祖王存新
- 关键词：HIV-1整合酶链转移抑制剂筛选
