刘蓉
- 作品数：2 被引量：12H指数：2
- 供职机构：北京大学物理学院技术物理系更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 真核生物DNA非编码区的组分分析被引量：8
- 2002年
- 在全基因组水平上 ,用直方图、混沌表示灰度图、距离差异度和信息熵差异度四种方法 ,研究了拟南芥、线虫、果蝇的DNA内含子、基因间隔区DNA、外显子三种区域的核苷酸短序列组分及组分复杂度 .结果表明 :a 不同基因组之间 ,不管基因数目多少 ,用 4种方法得到的外显子部分其组分复杂度都比较接近 ,而非编码区部分的组分复杂度却很大 .这一点定量地说明了物种之间的复杂程度 ,主要不体现在编码区部分 ,而体现在非编码区部分 .b 同一基因组中 ,内含子的核苷酸短序列组分复杂度都是相似的 ,外显子和intergenicDNA部分的组分复杂度也是相似的 .c 内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构等方面有很大的不同 ,但它们在核苷酸短序列组分上的差异却很小 ,说明内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构上的不同并不通过核苷酸短序列组分来进行限制 .
- 刘蓉齐震朱小蓬凌伦奖韩汝珊
- 关键词：真核生物
- Fisher线性判别函数在基于COGs分类的基因组间距离研究中的应用被引量：4
- 2002年
- 利用全基因组信息构建系统发育树 .基于COGs类 ,对每一个基因组的每一个基因 ,都用一个 17维的向量来描述其编码蛋白隶属于 17个COGs类的程度 ;而与一个基因组的所有基因相对应的那些矢量就组成一个集合 .接着 ,利用Fisher线性判别函数 ,寻找一组最优化的权重因子 ;在此基础上利用Fisher线性变换将上述各集合中每一个矢量进行线性变换 .使得经Fisher线性变换后 17个COGs类对基因组进化的重要程度得到更准确的反映 .最后 ,用进行变换后的矢量组成的集合间的距离代替基因组之间的距离 .使用这种方法 ,分别用 38个和 4 3个基因组做的进化树都支持了Woese的三界理论 .该方法克服了其他基于全基因组信息构建系统发育树方法难以对大小相差很大的基因组进行比较的问题 。
- 刘蓉王月兰朱小蓬凌伦奖韩汝珊
