杜联明
- 作品数：28 被引量：68H指数：7
- 供职机构：四川大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划江西省科技计划项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生化学工程更多>>
- GenBank序列检索与处理软件—GenScalpel
- GenBank是由美国国立生物信息中心(NCBI)创建维护的核酸序列数据库,在世界三大生物信息学数据库中数据存储量最大、应用最为广泛。本研究采用文档处理语言Perl(v5.12.4),设计开发针对GenBank序列记录检...
- 尹湧华杜联明岳碧松
- 文献传递
- 大鼠全基因组微卫星分布特征研究被引量：16
- 2015年
- 大鼠（Rattus norvegicus）一直是医学和药学研究中良好的模式生物,其全基因组是继人和小鼠之后第3个被测定的哺乳动物。利用生物信息学软件对大鼠全基因组1~6 bp不同类型重复微卫星进行搜索及统计,表明大鼠全基因组微卫星序列共1 483 525个,其序列长度占全基因组的1.41%。大鼠全基因组微卫星分布频率以12号染色体最高,其次是10号染色体,最低的是X性染色体。大鼠微卫星数量与染色体DNA序列长度具有相关性（r=0.978,P〈0.000 1）,微卫星分布具有随机性。大鼠全基因组不同重复类型微卫星表现为二碱基（46.9%）〉单碱基（22.6%）〉四碱基（17.7%）〉三碱基（8.4%）〉五碱基（2.4%）〉六碱基（2.0%）,单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基优势微卫星类型分别是A、AC、AGG、AAAC、AAACA、ACAGAG。本研究为大鼠全基因组微卫星筛选及进一步的研究提供数据支持。
- 涂飞云刘晓华杜联明严超超黄晓凤
- 关键词：基因组微卫星序列
- MSDB:一个界面友好的微卫星搜索及数据库创建软件的开发
- 星DNA 由1~6 个核苷酸的串联重复片段构成,由于重复单元的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富,所以微卫星DNA 标记在基因组连锁图构建、基因定位、亲缘关系鉴定以及医学等方面有着非常广泛的应用.使用传统方法获得微...
- 杜联明李玉芝张修月岳碧松
- 关键词：微卫星数据库
- 牦牛和水牛全基因组微卫星分布规律及其比较分析被引量：11
- 2015年
- 微卫星(simple sequence repeats,SSRs)广泛分布于原核生物和真核生物基因组中,包括编码区和非编码区,是最常用的分子标记。本文利用生物信息学方法搜索和统计了牦牛和水牛全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析。牦牛和水牛全基因组中SSRs总数量分别为968 134个和1 052 443个,占其全基因组长度的比例分别为5.80‰和5.69‰。牦牛和水牛全基因组SSRs总丰度(366.01 vs 371.07个/Mb)和总密度(5 686.00 vs 5 799.34 bp/Mb)基本接近。牦牛和水牛全基因组SSRs丰富度分布模式如下:单核苷酸SSRs>二核苷酸SSRs>三核苷酸SSRs>五核苷酸SSRs>四核苷酸SSRs>六核苷酸SSRs,这6种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异,而相同重复类型SSRs特征基本一致。水牛第1条染色体上SSRs数量最多(72 934个),其次依次是第2、3、4条染色体,而较少的是第23、24条染色体,其所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异(p>0.05)。牦牛和水牛SSRs序列随着重复单元中核苷酸数量的增加,而其重复拷贝数逐渐下降。牦牛全基因组和水牛各染色体上各重复类型优势SSRs序列基本一致,并与普通牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致。
- 戚文华蒋雪梅杜联明肖国生
- 关键词：牦牛水牛基因组微卫星序列生物信息学
- 在熊猫血液中与年龄相关的microRNA的差异性表达
- 大熊猫基因组早已组装完成,但是还没有关于其microRNA的研究报道.最近有研究表明,microRNA 表达量的改变与年龄及相关疾病有关,比如人类癌症和心血管疾病.本研究通过Solexa深度测序技术测序了四只不同年龄不同...
- 杨茗羽杜联明范振鑫张修月岳碧松
- 关键词：年龄
- 美洲大蠊(Periplanetaamericana)转录组学研究
- 李午佼杜联明张丽芳景洁范振鑫张修月岳碧松
- 藏酋猴血液转录组分析
- 藏酋猴(Macaca thibetana)属猴科Cercopithecidae、猕猴属Macaca,是中国特有种,为国家Ⅱ级保护动物。转录组数据可反映生物个体在特定空间和时间所有基因的表达水平,有助于深入了解其生命活动特...
- 李鹏杜联明李午佼易勇岳碧松李静
- 关键词：藏酋猴血液转录组免疫系统基因注释
- 牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析被引量：38
- 2013年
- 本研究利用MSDB v2.4搜索牛和绵羊全基因组中完整型微卫星序列,并对其进行生物信息学分析。牛基因组共统计了806 272个微卫星位点,其微卫星数量最多的是第1条染色体,其次是第2、3、4、5、6条染色体,数量较少的是第25和28条染色体。绵羊基因组共统计了682 891个位点,其微卫星数量最多的也是第1条染色体,其次是第2、3条染色体和X性染色体,数量较少的是第24、25、26条染色体。通过检验表明,牛和绵羊染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性(r>0.80,P=0.000)。牛和绵羊基因组中单碱基重复类型微卫星数量最多(45.33%vs 44.42%),其次依次是二碱基>三碱基>五碱基>四碱基>六碱基重复类型。牛和绵羊基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AGC、ACG、AAC、AAT、AAAT、AAAC和AAAG,而其数量较少的是C、CG、AGT、CCG、ACT、AACG、AAGC、AACC、AACT、ACCG、AGCT、AGCG、CCGG和CCCG。
- 戚文华蒋雪梅肖国生黄小云杜联明
- 关键词：绵羊基因组微卫星序列生物信息学
- 德国小蠊全基因组中微卫星分布规律被引量：13
- 2015年
- 【目的】分析德国小蠊Blattella germanica全基因组中微卫星的数量和分布规律,并对外显子中含有微卫星的基因进行功能注释。【方法】使用微卫星搜索软件查找德国小蠊基因组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,编写Python脚本对微卫星进行定位,并通过Blast2Go和KASS程序对外显子中含有微卫星的基因进行功能注释。【结果】共找到1~6碱基重复类型的微卫星序列604 386个,总长度15 301 255 bp,约占全基因组序列(约2.04 Gb)的0.75%,分布频率为1/3.37 kb,微卫星序列的长度主要在12~60个碱基长度范围内。不同类型的微卫星中,三碱基(226 876)重复类型微卫星数量最多,占微卫星总数的37.54%;四碱基(150 355)重复类型次之,占微卫星总数的24.88%;其余依次是单碱基(141 167)、二碱基(60 877)、五碱基(21 570)和六碱基(3 541)重复类型,分别占微卫星总数的23.36%,10.07%,3.57%和0.59%。出现最多的重复拷贝类别有:ATT,AAT,A,T,AAAT,ATTT和AT,共411 789个微卫星,占微卫星总数的68.13%,这7种类别的微卫星数量均大于30 000个。共有2 372个微卫星在外显子上,它们分别位于1 481个基因上。GO功能注释结果表明,其中434条归类于细胞组分(cellular component),402条归类于分子功能(molecular function),660条归类于生物学过程(biological process)。KEGG通路分析结果表明,与新陈代谢相关的基因最多(380个),其次是与机体系统相关的(276个),与遗传信息进程相关的基因最少(92个)。【结论】本研究为进一步系统深入分析德国小蠊微卫星功能及微卫星分子标记筛选打下了基础。
- 王晨杜联明李鹏杨茗羽李午佼沈咏梅张修月岳碧松
- 关键词：德国小蠊微卫星生物信息学功能注释基因组外显子
- 大熊猫血液转录组分析
- 大熊猫Ailuropoda melanoleuca是我国特有珍稀濒危动物,目前野生大熊猫仅有2500-3000只。大熊猫全基因组已测序完毕,预测了2万多个基因。然而大熊猫至今没有转录组数据,NCBI db EST数据库中...
- 杜联明李午佼沈福军杨茗羽范振鑫汪自立简佐义侯蓉岳碧松张修月
- 关键词：大熊猫转录组免疫基因注释选择性剪接
- 文献传递
