- 2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析被引量：24
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲(A)型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976～2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。
- 谢佳新殷建华李淑华鹿文英韩一芳韩磊张宏伟曹广文
- 关键词：血凝素基因进化基因重排
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒基质蛋白及核蛋白基因进化分析被引量：8
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)基质蛋白(M)及核蛋白(NP)基因的进化规律。方法:从NCBI数据库下载147条甲型H1N1流感病毒M基因及NP基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对M基因和NP基因序列进行比对,并用NJ法构建进化树,同时采用EpiInfo软件分析1918～2009年人H1N1病毒的M基因和NP基因序列进化距离的线性趋势。采用MEGA4.0软件对M2蛋白氨基酸序列进行比对。结果:不同地区的2009年新型甲型H1N1流感病毒M基因、NP基因同源性高,但与历史上流行的H1N1流感病毒M基因、NP基因差异较大,且M基因进化距离随分离年限变化的趋势性检验结果有统计学意义(Ptrend=0.001)。2009年新型甲型A/H1N1流感病毒M2蛋白与1918～2008年人A/H1N1病毒M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示在第11、43、54、57、77、78氨基酸位点发生了改变;与猪、禽A/H1N1的M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示仅在第43、77位氨基酸位点发生改变。结论:2009年新型甲型A/H1N1流感病毒NP基因片段较以往流行的人H1N1流感病毒NP基因发生了改变;M2蛋白位于胞外编码区的第11位氨基酸、位于TM结构域的第43位氨基酸突变可能导致了新型甲型A/H1N1流感病毒对金刚烷胺类特异性抗病毒药物产生耐药。
- 韩一芳谢佳新殷建华李淑华张宏伟韩磊鹿文英曹广文
- 关键词：M基因NP基因进化
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶编码基因进化分析被引量：9
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)聚合酶PA、PB1和PB2编码基因的进化规律。方法:从NCBI流感病毒基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流行株的PA、PB1和PB2聚合酶编码基因序列以及人、猪和禽流感病毒相应的参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件比对和修剪此次流行株的代表序列及所有参考株序列并构建系统树,再比对和修剪此次流行株的代表序列及人A/H1N1病毒各年代(1918～2008年)参考序列并构建系统树,同时比对此次流行株的代表序列及人A/H1N1各年代(1918～2008年)参考序列编码PB2蛋白的氨基酸序列。结果:不同地区分离的2009年新型甲型H1N1流感病毒的聚合酶PA、PB1和PB2编码基因均具有高度同源性,并聚集在一个独特的进化支上,与猪流感病毒对应基因接近。三者均与2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒基因(A/Iowa/CEID23/2005/H1N1)具有高度的相似性。2009年新型甲型H1N1流感病毒、2005年美国爱荷华州流行的H1N1(DQ889682)病毒PB2蛋白第627位氨基酸与禽类流感病毒相同,均为谷氨酸,而与其他人A/H1N1(1918～2008年)病毒的赖氨酸不同。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶基因可能来源于2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒,禽流感病毒可能参与了聚合酶基因的重排过程。
- 韩磊殷建华谢佳新李淑华韩一芳鹿文英苏彤曹广文
- 关键词：基因重排
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析被引量：18
- 2009年
- 目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒(A/H1N1)全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对8条基因序列进行拼接和比对,分析2009年爆发株与历史流行株序列间的同源性;同时采用Simplot3.5.1软件分析新型流感病毒A/H1N1基因重组现象。结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymerase B1,PB1)基因来自于人H3N2,其同源性为93.7%;聚合酶B2(polymerase B2,PB2)和聚合酶A(polymerase A,PA)与禽H5N1同源性较高,同源性分别为89.0%、89.9%;血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structural protein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%;神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrixprotein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为90.5%、95.5%。全基因序列同源性分析发现2009年新型A/H1N1病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为83.9%。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒可能是人H3N2、北美地区猪H1N1、欧洲地区猪H1N1、禽H5N1的基因重排病毒。
- 殷建华谢佳新韩磊鹿文英韩一芳张宏伟曹广文
- 关键词：病毒基因组进化
- 两种引起突发公共卫生事件RNA病毒的分子进化研究
- 研究背景：突发公共卫生事件，是指突然发生，造成或者可能造成社会公众健康严重损害的重大传染病疫情、群体性不明原因疾病、重大食物和职业中毒以及其他严重影响公众健康的事件。现有传染病时有暴发和流行、已消灭或被控制的传染病死灰复...
- 韩磊
- 关键词：公共卫生突发事件汉坦病毒基因进化
- 文献传递
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析及同源性比对被引量：8
- 2009年
- 目的分析2009年新型甲型H1N1流感爆发以来流感病毒的全基因组进化变异及重组情况。方法从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流感病毒(A/H1N1)代表性全基因组序列,先用MEGA4.0软件对8个基因序列片段进行比对和拼接;然后将历史上流行的H1N1、H5N1、H3N2等不同宿主(人、禽、猪)的流感病毒全基因组序列用MEGA做比对拼接,并用NJ法构建进化树。采用Simplot 3.5.1软件分析2009年新型甲型H1N1流感病毒基因重组情况。结果自2009年3月爆发新型甲型H1N1流感以来,截至9月,病毒基因没有出现变异,同源性为99.69%～99.93%。基因重组分析显示,新型甲型H1N1病毒株PB2、PB1、PA、HA、NP和NS基因来源于近年来北美地区猪源人H1N1,同源性分别为95.25%,95.08%,95.21%,93.52%,95.23%,94.78%;NA和MP与欧洲地区猪H1N1同源性较高,分别为90.21%,94.43%。全基因序列同源性分析发现2009年新型甲型H1N1流感病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为92.22%。结论2009年新型甲型H1N1流感病毒是由2005年北美地区猪H1N1病毒与欧洲猪H1N1的NA和MP片段重排进化而成,新病毒暂未发生变异,H1N1新流感疫苗具有保护作用。
- 鹿文英殷建华李淑华韩磊韩一芳苏彤曹广文
- 关键词：流感流感病毒A型H1N1亚型进化分子
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒基质蛋白基因进化的新探讨被引量：3
- 2009年
- 目的探讨甲型H1N1流感病毒基质蛋白(M)基因的进化规律及M2蛋白的氨基酸替代情况。方法从NCBI数据库下载甲型H1N1病毒M基因179条进行预分析,最终选取50条采用MEGA4.0软件对其进行比对,采用NJ法构建进化树,同时采用MEGA4.0软件对M2蛋白氨基酸序列进行比对。结果不同地区新型甲型H1N1流感病毒M基因同源性高,达99.6%～100.0%,但与历史上流行的H1N1和H3N2流感病毒M基因差异较大,仅与1999-2002年间香港地区流行的H3N2亚型猪流感病毒同源性较近,为96.7%～97.7%。2009年流行的新型甲型H1N1流感病毒与历年来流行的H1N1人流感病毒相比,在第11、13、14、16、20、28、31、43、54、57、77、78、82、86、89、93位氨基酸位点发生了变异;与历年来流行的H1N1禽流感病毒相比,在第13、14、16、31、43、55、77、89位氨基酸位点发生了变异;与H1N1猪流感病毒相比,在第13、14、19、43、55位氨基酸位点发生了变异。2009年流行的甲型H1N1流感病毒与历年来流行的H3N2人流感病毒相比,在第11、13、16、20、28、31、43、54、57、77、78、82、86、89、93位氨基酸位点发生了变异;与历年来在欧亚大陆流行的猪流感病毒相比,所比较的19个位点均有部分毒株发生变异;而与1999-2002年间在香港流行的H3N2猪流感病毒相比,仅在第13、14、21、43位氨基酸位点发生变异。结论此次新型甲型H1N1流感病毒M基因可能由香港地区流行的H3N2猪流感病毒重组而来。M2蛋白胞外编码区氨基酸位点发生变异,提示在疫苗研制方面应注意由此带来的影响。跨膜区的突变可能是导致此次新型甲型H1N1流感病毒对金刚烷胺类特异性抗病毒药物产生耐药性的原因,第43位氨基酸位点可能为引起此次耐药的主要位点。
- 韩一芳李淑华张宏伟韩磊鹿文英苏彤曹广文
- 关键词：流感流感病毒A型H1N1亚型进化
- 一株新型甲型H1N1流感病毒H275Y的奥司他韦耐药变异分析被引量：10
- 2009年
- 目的探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化规律,分析NA蛋白酶活性位点以及糖基化位点变化情况。方法从NCBI检索获得110株不同年代、不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用MEGA 4.0软件进行基因进化分析,并用NJ法构建进化树;对NA基因核苷酸序列同源性及编码蛋白氨基酸序列进行分析。结果2009年新型甲型H1N1流感病毒世界各地不同毒株间的NA基因同源性极高,达到99.5%～100%,但与以往甲型H1N1人流感病毒的NA基因差异较大。2009年新型甲型H1N1流感病毒与欧洲A/swine/H1N1的NA基因同源性高,达到89.6%～92.9%,且糖基化位点分布一致,分别在50、58、63、68、88、146、235和386位存在糖基化现象。另外2009年新型甲型H1N1流感病毒与A/chicken/H5N1的NA基因同源性也较高,达到83.6%～85.3%。绝大部分2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA蛋白酶活性中心及周围相关位点氨基酸组成保守,仍然表现为R118、D151、R152、R225、E277、R293、R368、Y402、E119、R156、W179、S180、D199、I223、E228、H275、E278、N295和E425,但丹麦、日本、我国香港及湖南分离到的4株病毒出现H275Y突变。2009年新型甲型H1N1流感病毒NA基因可能来源于欧洲A/swine/H1N1流感病毒,并与A/chicken/H5N1病毒有较近的亲缘关系。结论2009年新型甲型H1N1流感病毒并非由以往人H1N1流感病毒逐渐进化而来,而是一种新型重排病毒,我国湖南地区发现的一株新型甲型H1N1流感病毒具有H275Y奥司他韦耐药变异。
- 苏彤李淑华鹿文英韩磊韩一芳曹广文
- 关键词：流感流感病毒A型H1N1亚型奥司他韦
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化及变异特征分析被引量：7
- 2009年
- 目的了解自2009年3月新型甲型H1N1流感流行以来,其主要免疫原性基因--HA基因的进化及氨基酸变异特性。方法从NCBI下载2009年新型甲型H1N1流感病毒以及北美地区、欧洲地区、亚洲地区以往流行的甲型H1N1流感病毒HA基因序列,利用MEGA 4.0软件对所选序列进行基因进化系统发育树分析;对2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因的核苷酸同源性及氨基酸特异性进行分析,并与北美地区、欧洲地区、亚洲地区分离株进行比较。结果2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与2006-2007年美国A/swine/H1N1流感病毒同源性最高,核苷酸序列差异为0%～0.8%;与美国各州1930-2007年分离的A/swine/H1N1流感病毒具有明显的时间上的进化关系;与欧洲及亚洲地区A/swine/H1N1流感病毒进化无关。其重要的抗原性位点与A/human/H1N1流感病毒及流感疫苗株存在较大差异。全球流行半年多以来该病毒株没有发生明显变异。结论2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因是北美A/swine/H1N1流感病毒长期进化的结果,目前尚未发现明显抗原位点的变异。
- 李淑华韩一芳谢佳新韩磊苏彤鹿文英曹广文
- 关键词：流感流感病毒A型H1N1亚型抗原变异
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶编码基因的遗传特性及重要功能位点变异分析被引量：2
- 2009年
- 目的分析2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶PA、PB1和PB2编码基因序列遗传的进化特征及重要功能位点变异。方法从NCBI流感数据库中获取此次流行株的PA、PB1和PB2聚合酶编码基因序列以及不同年代、不同地区、不同宿主、不同亚型的参考序列,运用MEGA 4.0软件比对和修剪此次流行株的代表序列和所有参考株序列。并用NJ法构建进化树,同时比对此次流行株的代表序列、各年代人的A/H1N1以及禽流感病毒参考序列等编码的PB2蛋白质序列。结果不同地区、不同时间分离的2009年新型甲型H1N1流感病毒的聚合酶PA、PB1和PB2编码基因同源性均>99.8%,且聚集在一枝独特的进化枝上,与禽流感病毒接近。进化树显示三者来源皆为禽类,目前仍未发生突变;PB2的重要功能位点第627位氨基酸为谷氨酸,具有禽流感病毒的特点。结论本次流感大流行为新型甲型H1N1病毒导致的同源爆发,但还不具备典型的高致病性,禽流感病毒可能参与了聚合酶基因的重排过程。
- 韩磊谢佳新殷建华韩一芳鹿文英曹广文
- 关键词：流感流感病毒A型H1N1亚型聚合酶
