- Hela S3细胞的染色质相互作用分析
- 邹斌斌周萍王营张玉祥
- 利用RNA捕获法在全基因组进行egfr启动子片段的富集被引量：1
- 2011年
- 目的以表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,egfr)启动子片段为目标靶序列,用RNA捕获法在全基因组进行靶序列的富集,结合第二代测序技术,实现候选基因区段的深度测序。方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa S3 egfr启动子为模型,提取基因组后用MboⅠ酶切,补平加PE接头,回收400 bp～1000 bp的DNA片段作为模板,并用egfr启动子RNA与制备的基因组模板杂交将egfr启动子片段富集,富集的DNA片段PCR扩增15轮后用Solexa高通量测序。结果通过生物信息学技术分析,从实验组中随机取总条数为106 reads,比对到egfr启动子片段reads条数为1 889条,而比对到随机挑选的notch 1、pdgf-B、src基因reads条数分别为2、3、3条。从人类全基因组随机取总条数为106的等长reads作为对照组,比对到notch 1、pdgf-B、src、egfr基因reads条数分别为3,2,3,2条。在本实验中egfr启动子片段通过RNA捕获法被富集了630倍。结论用本研究建立的RNA捕获法进行基因组靶序列捕获、富集、测序文库建立的技术路线可行,所建DNA文库可直接用于Solexa测序仪的测序。RNA捕获技术与第二代高通量测序技术结合能应用于靶区域的重测序,研究可变剪切、核小体分布,发现和分析新的单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphisms,SNPs)位点,寻找许多复杂疾病相关基因及位点,针对性强,简便易行,节约成本。
- 杨锦邹斌斌张玉祥王泽生
- 关键词：高通量测序
- 一个基于随机单接头扩增DNA文库的方法
- 一个基于随机单接头扩增DNA文库的方法，是将一个随机生成的序列加上一个酶切序列并末端突出T的双链接头加到文库DNA两头，并用接头引物对连接产物扩增，从而达到扩增DNA文库的目的。由于接头制备简单快速，价格便宜，对于快速扩...
- 张玉祥邹斌斌
- 文献传递
- Hela S3细胞的染色质相互作用分析
- <正>随着人类基因组测序草图和个人基因测序的完成,生物学家已经将更多的精力放在解读基因组序列。染色质是基因的载体,染色质的状态决定着基因的表达。分析染色质与染色质相互作用,我们可以知道基因的三维结构信息,这将有助于鉴定基...
- 邹斌斌周萍王营张玉祥
- 文献传递
