朱明珠
- 作品数：14 被引量：12H指数：2
- 供职机构：首都医科大学生物医学工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市教育委员会科技发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 结合蛋白质互作与基因表达谱信息大范围预测蛋白质的精细功能被引量：8
- 2006年
- GESTs(gene expression similarity and taxonomy similarity)是结合基因表达相似性和基因功能分类体系Gene Ontology(GO)中的功能概念相似性测度进行功能预测的新方法.将此预测算法推广应用于蛋白质互相作用数据,并提出了几种在蛋白质互作网络中为功能待测蛋白质筛选邻居的方法.与已有的其它蛋白质功能预测方法不同,新方法在学习过程中自动地从功能分类体系中的各个功能类中选择最合适的尽可能具体细致的功能类,利用注释于其相近功能类中的互作邻居蛋白质支持对此具体功能类的预测.使用MIPS提供的酵母蛋白质互作信息与一套基因表达谱数据,利用特别针对GO体系结构层次特点设计的3种测度,评价对GO知识体系中的生物过程分支进行蛋白质功能预测的效果.结果显示,利用文中的方法,可以大范围预测蛋白质的精细功能.此外,还利用此方法对2004年底Gene Ontology上未知功能的蛋白质进行预测,其中部分预测结果在2006年4月发布的SGD注释数据中已经得到了证实.
- 高磊李霞郭政朱明珠李彦辉饶绍奇
- 关键词：基因表达谱GENEONTOLOGY蛋白质功能
- 酵母基因表达相关性与蛋白质互作网络距离分析
- 随着基因芯片技术和蛋白质互作检测技术的发展,对基因表达相关性与蛋白质互作关系的研究已受到越来越多的关注,本文以研究相对比较完善的酵母物种作为研究对象,对2467个酵母基因表达谱数据和MIPS提供的15660条蛋白质互作数...
- 朱明珠高磊李霞
- 关键词：基因表达谱相关系数
- 文献传递
- 结合表达谱信息进行基因功能预测中样本不平衡处理
- 应用机器学习进行分类是基因功能预测的一种重要手段.但许多预测集中的阳性样本过少,会降低功能预测的效果.针对此问题本文对结合支持向量机(SVM)算法的几种常用非平衡数据分类方法进行实验比较.在此基础上提出通过加权修正投票的...
- 朱明珠郭政李彦辉李霞高磊刘帅
- 关键词：支持向量机基因表达谱
- 文献传递
- 根据基因表达谱筛选间接互作蛋白质进行蛋白质功能预测
- 2006年
- 利用基因表达谱数据,通过计算互作蛋白质的表达相关系数,来筛选、优化蛋白质互作网络。结果显示,利用经过筛选的互作数据,根据邻居计数法和卡方法进行功能预测的预测效果明显提高,距离待测蛋白质较远的邻居也包含着与待测蛋白质功能一致的信息。
- 高磊朱明珠郭政李霞
- 关键词：基因表达谱基因功能
- 蛋白质功能位点和结构域与人类蛋白质互作关联分析
- 蛋白质是实现生命活动的基本单位,蛋白质间的相互作用对于实现生物功能极其重要。功能位点和结构域作为蛋白质上的特征结构,具有重要的生物学意义。我们的工作是基于蛋白质功能位点和结构域数据,对蛋白质进行分类,并检验每个类别中存在...
- 王靖李霞高磊朱明珠杨德武
- 关键词：蛋白质功能位点结构域
- 文献传递
- 结合基因表达相似性与蛋白质互作数据的基因功能预测
- 蛋白质互作是蛋白质行使功能的方式,通过蛋白质互作信息预测基因功能是目前较为常用的方法.本文引入基因表达谱信息,利用表达相似性水平对蛋白质互作数据进行筛选,重新构建互作网络,结合我们提出的基于基因表达相似性和基因功能类的概...
- 高磊郭政朱明珠
- 关键词：基因表达谱基因功能
- 文献传递
- 基因功能预测问题中的样本不平衡处理被引量：5
- 2006年
- 应用机器学习进行分类是基因功能预测的一种重要手段。但是许多预测集中的阳性样本过少,会降低功能预测的效果。针对此问题,本研究对结合支持向量机(SVM)算法的几种常用非平衡数据分类方法进行实验比较,包括投票整合分类器和移动分类面等。在此基础上提出通过加权修正投票的整合策略,以提高预测效果。实验结果显示,结合多数类样本限数取样及整合思想的投票整合法预测效果优于移动分类面法,而在投票整合法基础上的加权修正整合方法在所有方法中获得更好更稳定的结果。
- 朱明珠郭政李霞刘帅李彦辉高磊
- 关键词：支持向量机基因表达谱不平衡
- 基于蛋白质互作网络的蛋白质功能预测及药物靶点识别研究
- 随着结构基因组计划的基本完成，基因组研究逐渐进入到后基因组时代。如何利用已有的高通量生物学数据对药物作用机制进行研究具有重大意义。由于蛋白质很少孤立的发挥作用，往往通过网络中彼此间相互作用来共同行使功能。因此网络生物学分...
- 朱明珠
- 关键词：药物靶点蛋白质药理学
- 结合多种数据源的功能模块分析
- 基因型与表型间的相关关系研究是生物信息学中的一个热点问题。本文通过基因表达差异值和IBD值对单核苷酸多态位点(SNP)和基因之间的相关关系进行了分析。通过t值对SNP和基因对间的相关系进行评价,并找到了大量SNP-GEN...
- 高磊朱明珠刘志成李霞
- 关键词：基因表达谱IBD
- 文献传递
- 人类蛋白质互作网络hub蛋白与其结构域关联分析被引量：1
- 2008年
- hub蛋白质作为参与较多互作的"中心蛋白",在实现蛋白质功能和生命活动中发挥着关键作用.而结构域作为蛋白质上的基本功能区域,决定着蛋白质功能及蛋白质互作的情况.互作网络中hub蛋白质和结构域对于蛋白质功能的实现均起到决定性的作用.对蛋白质互作与结构域的关系分析表明,蛋白质互作与结构域之间存在着密切的联系.对人类蛋白质互作网络中的hub蛋白与结构域进行关联分析,探讨hub蛋白及其互作partner与结构域数目之间的关系,并通过hub蛋白质之间的互作对相应结构域的关系进行进一步的论证.
- 王靖李霞朱明珠肖雪
- 关键词：蛋白质互作网络连通度结构域
