王东
- 作品数：10 被引量：48H指数：4
- 供职机构：四川大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金四川省自然科学基金教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：生物学农业科学理学轻工技术与工程更多>>
- 聚类GO术语在基因表达差异研究中的应用被引量：1
- 2011年
- 针对基因功能分类体系基因本体(Gene Ontology,GO)特殊的有向无环图特点,改进传统的用单个GO术语检测基因差异表达信号的缺陷,设计出"聚类GO术语提升差异表达检测(ScaGO)"算法.通过简单的输入对照和实验组表达谱上的全部基因表达信号,来研究一些比较新的差异表达功能组,有助于进一步解释基因差异表达的生物学意义,如疾病发病机制、药物作用机理等.将ScaGO和基于单GO术语差异分析法应用到急性淋巴细胞性白血病数据集和酵母Rap1 DNA绑定突变体差异表达数据集上,结果显示,ScaGO能比基于单GO术语差异分析法发现一些新的与差异表达相关联的功能类基因,对于指导实验具有积极意义.
- 唐秋菊须涛王东李令锦杜林方
- 关键词：基因本体层次聚类基因差异表达语义相似性
- 基于MaxEnt模型的小黄花茶在中国的适生区域研究被引量：12
- 2021年
- 珍稀植物小黄花茶(Camellia luteoflora Y.K.Li)在自然分布区内数量缩减,存在濒临灭绝的风险.为分析当前气候环境条件下小黄花茶的潜在适宜分布区,本研究运用最大熵(MaxEnt)生态位模型和地理信息系统(ArcGIS)软件对小黄花茶在我国的适生区进行预测,探讨影响其分布的主要环境因子.结果显示,四川泸州、宜宾,贵州遵义,云南昭通、昆明以及重庆江津、綦江是小黄花茶的高度适生区(适生指数>0.54),黔、川、渝交界处是其核心分布地.刀切法(Jackknife)检测结果表明,影响小黄花茶分布区的主要环境因子包括最热季平均气温(Bio10)、最热季降水量(Bio18)以及最冷季降水量(Bio19),累计贡献率高达90.8%.适生区环境因子的统计分析结果显示,最热月最高气温为22.5~27.5℃,最热季平均气温为11.1~18.0℃,最湿月降水量为290~500mm,最热季降水量为4.4~6.6mm,最冷季降水量为16.7~24.8mm,海拔为450~1 000m,坡向在-40°~190°范围内,而坡度在20°~64°之间是小黄花茶最适宜生长的生态位参数.本次研究预测了小黄花茶适生区,除已知报道的三处自然分布区外,预测结果显示可能还存在尚未发现的小黄花茶生长地,有待进行实地勘测.
- 代玉烜金瑭徐海霞王东王丽
- 关键词：濒危植物物种分布
- 小黄花茶(Camellia luteoflora Y.K.Li)花和叶中挥发性成分的分析被引量：1
- 2021年
- 本文利用GC-MS对小黄花茶(Camellia luteoflora Y.K.Li)的挥发性成分进行检测,分析和比较不同提取方法、不同器官间挥发性成分的异同。采用超声辅助提取法(Ultrasonic-Assisted Extraction,UAE)和顶空固相微萃取提取法(Head Space Solid-Phase Micro-Extractions,HS-SPME)分别提取小黄花茶花和叶的挥发油,利用气相色谱-质谱联用法(GC-MS)对其成分进行分析,用NIST08.LIB标准质谱检索库定性,并用峰面积归一法进行定量分析。结果显示花和叶中共检测到137种挥发性成分,鉴定出121种。花中共鉴定到74种化合物,其中含有15种萜类化合物,1种甾类化合物,11种芳香族化合物,及46种脂肪族化合物,含量最高的为芳樟醇(16.71%);叶中共鉴定到72种化合物,含有23种萜类化合物,2种甾类化合物,14种芳香族化合物,及33种脂肪族化合物,含量最高的是反式-2-己烯醛(20.63%);花和叶中共有芳樟醇、反式-2-己烯醛和己醛等25种化合物,分别占花挥发油含量的44.82%,叶的47.69%。本文从小黄花茶中鉴定到多种具有药理活性和吸引虫害的挥发性成分,为了解小黄花茶挥发性成分奠定了基础,为虫害防治及开发利用提供了理论依据。
- 金瑭代玉烜王东徐海霞王丽
- 关键词：挥发油气相色谱-质谱联用法超声辅助提取顶空固相微萃取
- 川西亚高山林线岷江冷杉和红杉对气候变化的响应被引量：10
- 2022年
- 为揭示川西亚高山林线优势树种岷江冷杉(Abies fargesii var.faxoniana)和红杉(Larix potaninii)径向生长对气候变化的响应差异。通过树木年轮生态学的方法,研究了岷江冷杉和红杉径向生长与年均温的分异现象、生长衰退以及应对严重干旱事件的抵抗力和恢复力稳定性,并结合限制岷江冷杉和红杉径向生长的主要气候因素进行了分析。结果表明:(1)温度是限制林线岷江冷杉径向生长的主要气候因素,而限制红杉径向生长的主要气候因素是降水;(2)岷江冷杉的径向生长与年平均温度的变化趋势一致,红杉在20世纪90年代后径向生长呈现出下降的趋势,与年均温的升高出现分异;(3)1800-2019年间,岷江冷杉出现生长衰退2次,红杉出现生长衰退5次,相同的时间内,红杉的衰退频率高于岷江冷杉;(4)岷江冷杉对严重干旱事件的恢复力相比升温前有所增强,抵抗力相比升温前下降明显,红杉对严重干旱事件的抵抗力和恢复力相比升温前均呈现出下降的趋势。可为川西亚高山林线的植被动态变化预测和历史区域气候重建提供参考。
- 薛盼盼缪宁王东张远东
- 关键词：岷江冷杉红杉林线抵抗力恢复力
- 拟南芥TAK蛋白激酶的结构预测与功能分析被引量：3
- 2009年
- TAK1、TAK2和TAK3属于TAK蛋白激酶家族,由拟南芥核基因编码,其中TAK1参与了主要捕光色素复合物LHCⅡ蛋白磷酸化调控与光系统的状态转移.本文使用生物信息学手段对TAK1、TAK2和TAK3蛋白进行了较为系统的分析,发现TAK1、TAK2和TAK3为单次跨膜蛋白,具有保守的激酶活性域、疏水性强的N端跨越类囊体膜、亲水性高的C端处于基质中等特点.在PDB中找到了不少与TAK1、TAK2和TAK3同源性大于30%的蛋白序列,其中大部分也带有酪氨酸激酶保守域,使用同源建模的方法,建立了拟南芥蛋白激酶TAKs核心结构域的三维结构,围绕蛋白激酶的结构和作用机制关系进行了探讨,设计出多肽抗体,并进行蛋白印迹检测抗体的专一性,为TAKs蛋白激酶进一步的功能研究奠定了基础.
- 蒋佳宏王东胡源杜林方
- 关键词：磷酸化LHCII同源建模
- 产朊假丝酵母(Candida utilis)尿酸酶的基本特性被引量：2
- 2006年
- 产朊假丝酵母尿酸酶通过由DEAE-sepharose和Xanthine-agarose等层析纯化．纯化酶经SDS- PAGE显示单一蛋白带,HPLC显示纯度为97．5％．其相对分子质量为127 kDa,变性SDS-PAGE表明该酶的表观分子质量为33 kDa．该酶具有较强的酸碱稳定性和热稳定性,最适pH为8．5,最适温度为40．0℃．在最适条件下测得其Km为35．0μmol／L．某些金属离子对酶活性的研究结果表明,Co3+, Pb2+,Mn2+及EDTA,NEMI对尿酸酶活性有抑制作用,Mg2+,Triton X-100对尿酸酶活性略有激活作用．
- 钱文雨赵兴秀田素华刘震童仕波姚庆陈莉莉许墨松王东孟延发
- 关键词：尿酸酶
- 京尼平对丝素蛋白交联的染色作用被引量：13
- 2009年
- 京尼平是一种环烯醚萜类化合物,能够与氨基酸反应生成蓝色素.制备的无色丝素蛋白溶液与京尼平溶液混合后,溶液显蓝紫色.利用紫外可见光光谱和荧光光谱,分析了整个反应过程,考察了温度、酸碱度等影响因素,并对颜色产物对光照的稳定性进行了分析,初步探讨了京尼平对丝素蛋白交联染色作用的机制.结果显示:生成的颜色产物在590nm处具有特征光吸收,高温和碱性条件有利于反应的进行;交联产物的颜色与反应时pH相关,酸性条件下偏蓝色,碱性条件下偏紫色;生成的颜色产物具有较高的稳定性,于自然光强下放置一个月或5000lx光强照射6h,590nm吸收值减小不显著.丝素蛋白的内源荧光显著降低,表明反应导致丝素蛋白构象的剧烈变化.京尼平可能与丝素蛋白中某些氨基酸侧链基团反应形成稳定的颜色产物.研究结果对环烯醚萜类化合物用于蚕丝染色具有一定的指导意义.
- 李令锦李俊嵩王东段晓琼丁克毅杜林方
- 关键词：京尼平环烯醚萜丝素蛋白蚕丝交联
- 川西亚高山林线不同坡向岷江冷杉生长特征研究被引量：3
- 2022年
- 【目的】探索坡向对川西亚高山林线交错带岷江冷杉(Abies fargesii var.faxoniana)生长的影响。【方法】在川西亚高山林线交错带设置的阴坡3000 m^(2)(30 m×100 m)和半阴坡4200 m^(2)(30 m×140 m)样地内进行种群调查,采用独立样本t检验,比较了阴坡和半阴坡岷江冷杉的形态大小(树高、胸径和冠幅)差异;用卡方检验,比较了阴坡和半阴坡岷江冷杉幼树和大树(胸径≥15 cm)在种群内的占比。基于林线交错带不同坡向样点的年轮树芯数据,采用单因素方差分析,对阴坡和半阴坡岷江冷杉大树的径向生长速率差异进行了多重比较。【结果】1)半阴坡样地内的岷江冷杉大树的胸径和树高均显著大于阴坡样地(P<0.05)。2)阴坡样地内的岷江冷杉大树在种群内的占比显著高于半阴坡样地(P<0.05),而半阴坡样地内的幼树在种群内的占比显著大于阴坡样地(P<0.05)。3)阴坡或半阴坡的不同采样点间的岷江冷杉大树径向生长速率均无显著差异(P>0.05);而半阴坡样地的岷江冷杉径向生长速率显著大于阴坡样地(P<0.05),前者是后者的1.68倍。【结论】坡向对川西亚高山林线岷江冷杉的生长特征有明显的影响,半阴坡岷江冷杉大树的胸径、树高、幼树密度以及径向生长速率都高于阴坡。
- 王东薛盼盼李桾溢孙浩然张远东王丽缪宁
- 关键词：岷江冷杉林线交错带坡向种群特征生长速率
- 一种新的加权功能相似性算法在蛋白质相互作用研究中的应用
- 2010年
- 基于GO术语衡量基因产物之间的相似性主要是通过语义相似性进行,此类方法主要是先计算GO术语之间的相似性,然后再通过与GO术语相关的基因产物的相似性两步来实现的.第一步GO术语之间的相似性已经有了大量的研究,但是关于第二步的功能相似性研究却很少,针对平均化计算功能相似性的一些缺陷,提出了一种新的加权的功能相似性计算方法——wfcSim方法.应用DIP数据库中人类和线虫的蛋白质相互作用数据,通过ROC曲线对基于平均化、基于最大化、Wang和wfcSim等4种功能相似性研究方法进行了评估,结果表明,与前人通常使用的基于平均的方法相比,wfcSim方法在功能相似性分析方面具有较高的优越性.
- 王东须涛李令锦杜林方
- 关键词：语义相似性蛋白质相互作用
- 光照与温度对拟南芥tak基因表达与LHC磷酸化的影响被引量：6
- 2009年
- TAK1和TAK2是拟南芥核基因编码的蛋白激酶,TAK1可能参与植物状态转换中LHCⅡ蛋白磷酸化的调控.根据TAK1蛋白序列,合成了一段含12个氨基酸残基的亲水短肽,与牛血清白蛋白(BSA)偶联并免疫家兔得到TAK1抗体.经免疫双扩散和蛋白质印迹检测,该多肽抗体效价和特异性较高.借助TAK1抗体以及磷酸化抗体进行杂交试验,结合特异引物进行半定量PCR,研究了光照与温度对拟南芥tak1和tak2基因表达的影响.结果表明,光强与温度调节LHCⅡ蛋白磷酸化,也会在转录水平和蛋白质水平上影响tak1和tak2基因表达.LHCⅡ蛋白磷酸化对光响应趋势与TAK1蛋白水平变化相同.此外,低光照促进tak2基因表达,tak2基因转录表达受温度的影响较小.tak1和tak2基因表达调控方式不同,可能与启动子响应元件的不同相关.
- 蒋佳宏王东胡源高秀杜林方
- 关键词：LHC合成多肽基因表达
