马相如
- 作品数：24 被引量：101H指数：6
- 供职机构：中国地质大学(武汉)环境学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家杰出青年科学基金中国石油化工股份有限公司海相油气勘探前瞻性项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学天文地球更多>>
- 伪狂犬病病毒Ea株基因组UL区的克隆与序列分析被引量：6
- 2004年
- 从伪狂犬病病毒Ea株基因组DNA中扩增到3.76 kb的基因组片段,该片段包含UL31、UL32、UL33和UL34基因完整编码区,以及UL30和UL35基因部分序列.UL31、UL32、UL33和UL34基因G+C含量为69.5%~73.4%,偏向于使用富含GC特别是第三密码子位置上核苷酸是C或G的密码子,Ala、Leu、Arg的利用率最高,占氨基酸残基总数的36.4%.PRV Ea株UL31和UL32基因与PRV Ka株核苷酸与氨基酸序列同源性都很高,在98%以上;而UL33和UL34基因与Ka株的氨基酸序列同源性较低,分别为95.7%和94.8%.UL31基因在疱疹病毒α-亚科所有成员之间都很保守,并且UL31基因与马疱疹病毒IV型同源程度最高.UL32、UL33和UL34基因均与牛疱疹病毒I型同源程度最高.UL31、UL32、UL33与UL34基因产物均有酪蛋白激酶2磷酸化位点和蛋白激酶C磷酸化位点,表明UL31、UL32、UL33、UL34蛋白质可能都是磷酸化蛋白质.
- 马相如胡勤芹肖少波方六荣陈焕春
- 关键词：伪狂犬病病毒基因组牛疱疹病毒I型
- 伪狂犬病病毒gI/gE双缺失通用转移载体的构建与初步应用被引量：2
- 2003年
- 对含伪狂犬病病毒 (pseudorabies virus,PRV) Ea株 g I、g E、11K全基因 ,g D、2 8K基因部分编码区的质粒p SK4.5进行改造 ,消除其中的 Bam H 和 Not 位点 ,将晚期基因 g G的启动子、多克隆位点以及 SV 40 poly(A)同时插入改造后的质粒 p SKBN的 Stu 和 Bst E 位点 ,取代 g I和 g E的部分编码区 ,构建了由 g G启动子驱动的 g I/ g E双缺失通用转移栽体 pg GIE- Uni。序列分析进一步证实 :至少有 8个单一酶切位点可供外源基因直接插入 ,上下游侧翼分别为 0 .8kb和 2 .4kb。将猪繁殖 -呼吸障碍综合征 (兰耳病 )主要抗原基因 ORF5插入 pg GIE- Uni的 Bam H 和 Not 位点之间 ,构建了含 ORF5的转移质粒 pg GIE- ORF5。上述结果为进一步研制猪伪狂犬病 -兰耳病的 2价基因工程疫苗奠定了基础。
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- 关键词：伪狂犬病病毒通用转移载体
- 基于predictprotein平台的蛋白质结构预测被引量：1
- 2013年
- 基于predictprotein平台,通过整合threader、ROSETTA和ZDOCK等关于大分子建模的免费软件包,构建了蛋白质结构预测虚拟机,并对不能进行同源建模的BmKAP蛋白质序列的二级结构和三维结构分别进行了初步预测。
- 马相如肖冬
- 关键词：蛋白质结构预测ROSETTA虚拟机
- 伪狂犬病病毒gG基因缺失通用转移载体的构建被引量：10
- 2001年
- 对克隆有伪狂犬病病毒Ea株基因组DNASphI 15kb片段的质粒pBSA用SphI和KpnI消化 ,将含gG全基因及其上游PK基因、下游gD基因部分编码区约 2 .6kb的片段亚克隆到消除了EcoRI位点的载体pUC19中 ,获得重组质粒pUSK(E)。以pEGFP N1为模板 ,通过PCR扩增约 0 .3kb的SV40Poly(A)片段 ,并将其克隆到杆状病毒转座载体pFastBac1的NotI和PstI位点 ,利用pFastBac1的BamHI和PstI将含有 9个酶切位点以及SV40Poly(A)的片段亚克隆到pUSK(E)的相应位点 ,在插入的同时导致gG基因 5’端编码区约 40 0bp的缺失 ,构建了由gG启动子驱动gG部分编码区缺失的通用转移载体pgG Uni。序列分析进一步证实 :有 7个单一酶切位点可供外源基因直接插入。
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- 关键词：伪狂犬病病毒通用转移载体克隆真核表达系统疱疹病毒科分子生物学
- 伪狂犬病病毒Ea株gM和gN基因的克隆与结构分析被引量：3
- 2002年
- gM和gN是最近经经典免疫沉淀法确定的伪狂犬病病毒 (PRV)第三对异源糖蛋白二聚体。根据PRV国外Ka株的核苷酸序列 ,设计两对分别包含gM和gN完整编码区的特异性引物 ,以PRV国内地方分离株 (Ea株 )的细胞感染物为模板 ,PCR扩增出大小约 1.2kb和 0 .3kb的特异性片段。将扩增产物克隆到杆状病毒转座载体pFastBacl中 ,酶切鉴定证实后进行序列测定。结果表明 :Ea株gM、gN基因分别编码 394和 98个氨基酸 ,与Ka株的同源性分别为 98.4 %和 97.6 %。DNATool和DNASIS软件对gM、gN进行二级结构预测 ,发现gM存在 8个潜在跨膜区和一个N_糖基化位点 ,是典型的能反复多次跨膜的Ⅲ型糖蛋白 ;gN具有N_端信号肽序列、C_端跨膜区和潜在 0_糖基化位点 ,属Ⅰ型糖蛋白。上述结果为下一步深入研究gM、gN的相互作用位点及二聚体的功能奠定了基础。
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- 关键词：伪狂犬病毒基因克隆
- 伪狂犬病病毒宿主关闭蛋白的基因克隆、表达及其结构分析
- α疱疹病毒在感染细胞过程中,普遍产生对细胞内大分子合成的显著抑制作用,从而引起宿主细胞蛋白质合成的快速关闭.进一步研究发现单纯疱疹病毒1型中UL41基因编码的磷酸化蛋白与宿主细胞核糖核蛋白体的关闭和mRNA降解有关,该蛋...
- 马相如
- 关键词：伪狂犬病病毒克隆
- 文献传递
- 伪狂犬病病毒基因编码区碱基组成与密码子使用偏差(英文)被引量：4
- 2005年
- 由于伪狂犬病病毒(PRV)中G+C含量高达74%,至今尚没有一个毒株完成全基因组测序。对已知的68 个PRV基因编码区序列碱基组成及密码子使用现象进行了统计分析,结果发现PRV基因中存在非常强的密码子使用偏差。所有68个PRV基因编码区密码子第三位总的G+C含量为96.24%,其中UL48基因高达99.52%。PRV基因偏向于使用富含GC的密码子,特别是以C或G结尾的密码子。此外,还发现PRV中G+C含量变化较大的UL48、UL40、UL14和IE180等基因附近正好与已知的PRV基因组复制起始区相对应。根据基因功能将PRV基因分为6类进行分析发现,基因功能相同或相近的基因其密码子使用模式相似,其中调节基因的同义密码子相对使用度(RSCU)与其他基因有显著差异,在调节基因中以C结尾的密码子的RSCU值远大于其他同义密码子。最后,对PRV基因氨基酸组成差异进行多元分析,发现不同功能的PRV基因在对应分析图上分布不同,表明PRV基因密码子使用模式可能与基因功能相关。
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- 关键词：伪狂犬病病毒G+C含量调节基因
- 基于局域网的生物信息学应用与开发平台的建立被引量：4
- 2009年
- 通过改写AceDB软件的部分源代码,扩展了AceDB数据库管理和图像显示的数据类型,并以自主开发的程序和免费软件Blast、wEMBOSS和AcePerl等建立了基于局域网的生物信息学应用与开发平台。初步建成的平台,集成了丰富的核酸与蛋白质序列分析工具及其他数据分析软件,与实验室各种生物学数据库连接整合,可进行深入的数据挖掘和知识发现。平台提供了多种语言的开发环境,可完成生物信息学新算法、新模型、新工具的设计与开发,开放的框架使平台具有良好的可扩展性及向后的兼容性。
- 马相如王红梅顾延生葛继稳
- 关键词：生物信息学局域网免费软件
- 学时缩减背景下动物学及其实验课程教学改进尝试被引量：2
- 2017年
- 动物学是一门生物科学专业重要的基础课程。在普遍缩减学时的大环境下,为提高教学质量,同时培养学生的自主学习能力和专业综合素养,在动物学理论及其实验课的教学内容、教学方法等方面分别进行了改进尝试。
- 杨晓菁顾延生李继红马相如
- 关键词：动物学教学改进
- 分子地层学的原理、方法及应用实例被引量：16
- 2007年
- 当前分子地层学研究已涉及蛋白质、核酸、碳水化合物、类脂物和木质素等多种生物化学组分。在地层中,分子化石具有分布的广泛性、定量的准确性、应用的指纹性和信息的多样性等特点,其地层学应用的主要原理是依据分子化石的生物源信息和其离开生物体后发生的一系列转化途径来实现的,其表述方法可以是含量、相对丰度、碳数分布和单体同位素特征等。在各类年代学框架下,由这些分子化石参数所揭示的各类生物事件和环境事件可以成为区域性乃至全球性地层对比的主要依据。分子地层学与分子古生物学、生物地球化学、有机地球化学密切相关,它与传统三大地层学分支学科明显不同,目前还没有明确的分子地层单位,也没有进行广泛的分子地层划分与对比工作。对各类生物事件与环境事件有重要指示作用的分子地层学,与生态地层学、事件地层学等地层学分支学科类似,其主要任务是在传统生物地层学或其他年代学框架下,提高地层划分和对比的精度。以浙江长兴煤山二叠纪-三叠纪界线地层和第四纪泥炭为例,以高分辨率的生物事件与环境事件为切入点,分别探讨在生物地层学或其他年代学框架下的分子地层工作,由此提出了分子地层学的分类单位——分子化石带。
- 谢树成赖旭龙黄咸雨马相如杨淑娟
- 关键词：生物标志化合物分子化石同位素地层学全球变化
