梁建丽
- 作品数：28 被引量：32H指数：4
- 供职机构：中国农业科学院蔬菜花卉研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生生物学更多>>
- CAPS与熔解曲线技术相结合的菜薹SNP基因分型体系的建立与验证
- 2013年
- 根据不同长度或不同碱基序列的DNA片段的熔解温度(Tm)不同的原理,将酶切扩增多态性序列(cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS)与熔解曲线(melting curve,MC)技术相结合,建立了CAPS-MC技术,从而实现SNP分子标记基因分型。通过菜薹‘L58’和紫菜薹‘ZCT095’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列(‘Chiifu-401-42’的基因组序列)的比对,预测了719个HindⅢ内切酶识别碱基序列的SNP位点,并将其设计成CAPS-MC分子标记,从中随机选择10对标记进行体系建立与优化,结果显示本体系有灵敏度强、精准性高、快速、高通量、经济实用等优势。
- 李平霞黄英金刘博梁建丽程锋武剑王晓武
- 关键词：菜薹熔解曲线
- 辣椒高多态性KASP标记的开发
- 2023年
- 针对辣椒缺乏稳定且高多态性的SNP标记问题,根据辣椒高密度遗传图谱和物理图谱的对应关系,以20 cM间距设计KASP标记,共设计了234对KASP引物。利用F2分离群体筛选获得具有多态性的引物159对,标记设计成功率67.9%。利用来自14个引种地的207份材料构成的辣椒群体,对引物进行了高通量体系转化和标记的多态性、稳定性验证。通过高通量基因分型体系对挑选出的141个标记进行多态性检测,其中130个KASP标记成功分型,成功率为92%,且在辣椒材料中具有多态性的标记数量变化范围为24~129个,对应的多态性位点百分率范围为18.46%~99.23%。试验开发了一组包含130个辣椒KASP标记,均匀分布在辣椒的12条染色体上,通过对国内的14个引种来源地辣椒品种的分型,证明了这套标记多态性高、普适性强,适用于辣椒品种的高通量基因分型。
- 张涛常立春郭春贵张立国武剑梁建丽高杰王晓武
- 关键词：辣椒
- 利用第三代测序技术升级白菜参考基因组
- 白菜类作物包含多种重要的蔬菜和油料作物.由于使用二代测序技术组装,目前白菜参考基因组(v2.5和v1.5)存在基因组连续性较差和组装错误等问题,这些因素限制其在白菜遗传育种中应用.本研究利用PacBio、BioNano和...
- 张磊蔡旭武剑程锋梁建丽林润茂王晓武
- 关键词：白菜
- 与甘蓝育性紧密连锁的InDel标记及其检测方法和应用
- 本发明涉及生物技术辅助育种领域，特别涉及与甘蓝育性紧密连锁的InDel标记。所述InDel标记为CGAGG，其存在于甘蓝基因组1.0版本上的与甘蓝隐性可育紧密连锁的9号染色体上，并且其在所述9号染色体的从5’端起的第29...
- 王晓武马原程锋武剑梁建丽
- 文献传递
- 与甘蓝育性紧密连锁的InDel标记及其检测方法和应用
- 本发明涉及生物技术辅助育种领域，特别涉及与甘蓝育性紧密连锁的InDel标记。所述InDel标记为CGAGG，其存在于甘蓝基因组1.0版本上的与甘蓝隐性可育紧密连锁的9号染色体上，并且其在所述9号染色体的从5’端起的第29...
- 王晓武马原程锋武剑梁建丽
- 大白菜BrAOP2基因的遗传多样性及其与硫甙含量的相关性分析被引量：4
- 2013年
- 以大白菜品种Chiifu为试验材料,采用RT-PCR技术,克隆了3个硫甙合成关键基因BrAOP2基因的cDNA序列(BrAOP2.1、BrAOP2.2、BrAOP2.3)。通过氨基酸同源性比对分析,BrAOP2.1与BrAOP2.2的同源性为78%,BrAOP2.1与BrAOP2.3的同源性为74%,BrAOP2.2与BrAOP2.3的同源性为81%。通过32份大白菜重测序数据分析了3个BrAOP2基因CDS序列的遗传多样性,并对其与硫甙含量的相关性进行了分析。结果表明:在32份大白菜中共检测到7种硫甙,其中4-戊烯基硫甙(GBN)含量和2-羟基-3-丁烯基硫甙(PRO)含量较高,分别占总硫甙含量的23.99%和23.16%。在BrAOP2.1基因编码区检测到5个变异位点,在BrAOP2.2基因编码区检测到7个变异位点,在BrAOP2.3基因编码区仅检测到1个变异位点。其中BrAOP2.1基因的A1051G变异位点与PRO含量极显著相关,BrAOP2.2基因的A560G、C753T、A790G和T927C变异位点与PRO含量显著相关,BrAOP2.2基因的G825A位点与4-羟基-3-吲哚基甲基硫甙(4OH)含量显著相关。
- 刘志远张冀芳武剑梁建丽王晓武
- 关键词：大白菜硫代葡萄糖甙
- 一组普适性SNP标记的分型及应用
- 本发明公开一组普适性SNP标记的分型及应用。本发明的分型包括以下步骤：提取待测西红柿的基因组DNA；基于多个SNP位点组成的位点集信息，通过程序性降低扩增温度进行SNP位点的检测；基于检测结果对待测西红柿进行基因分型以及...
- 王晓武章力常立春蔡旭武剑梁建丽林润茂
- 文献传递
- 白菜类作物开花时间的全基因组关联分析被引量：12
- 2017年
- 【目的】解析白菜类作物开花时间的调控位点,定位白菜类作物开花时间相关的候选基因,为白菜类作物抽薹开花时间的遗传改良提供依据。【方法】以116份白菜类作物组成的自然群体作为研究材料,分别种植在温室与露地2个独立的环境中,进行开花时间调查。同时,提取试验材料的DNA样品进行深度为1.2x的重测序,对测序数据用Pooled Mapping法进行过滤、与参考基因组比对,获得全基因组高密度SNP集合。经过条件过滤后,对高质量的SNP集合进行生物信息分析,包括试验材料的群体结构分析和全基因组连锁不平衡分析。从高质量的SNP集合中,随机挑选出2 000个变异位点,用Phy ML软件以最大似然法对116份试验材料进行系统发育树分析。用全部的高质量SNP集合位点通过软件Haploview进行全基因组连锁不平衡分析。最后,将高质量的SNP集合与开花时间数据结合,通过TASSEL和GAPIT软件包以及R程序语言进行全基因组关联分析。根据强关联峰值信号点位置和连锁不平衡区间定位开花时间候选位点,再通过白菜与同源物种拟南芥的基因共线性关系以及基因功能注释分析来预测白菜类作物开花时间相关的候选基因。【结果】不同种植条件下、不同类型的白菜类作物在开花时间上存在广泛差异。试验材料在露地环境下的开花时间高峰期明显早于温室环境下的材料;试验材料在露地环境下的开花时间总体表现出偏正态分布,而在温室环境下,开花时间各个阶段呈现出较为均衡的分布。温室与露地环境下的开花时间呈显著正相关。通过生物信息学分析最终得到的高质量SNP位点共103万个。试验材料的群体结构分析表明在系统发育树上各亚群内部分布较为集中,不同亚群之间的分布与材料的地理起源密切相关。全基因组衰减平均LD为2.3 kb,表明在116份白菜类作物构建的群体内存在较为频�
- 高宝祯刘博李石开梁建丽程锋王晓武武剑
- 关键词：白菜类作物开花时间全基因组关联分析候选基因
- 一种用于获取植物叶肉细胞染色质构象信息的方法及试剂盒
- 本发明公开一种用于获取植物叶肉细胞染色质构象信息的方法及试剂盒，该方法包括取植物叶肉细胞在交联缓冲液中进行处理，然后经研磨、过滤得到细胞核；将细胞核经通透处理后加入酶切反应液，得到平末端DNA序列，进一步进行加尾反应；加...
- 王晓武张路澎赵冉泽武剑梁建丽蔡旭张磊
- 用于检测芥菜裂叶基因连锁的KASP标记的核酸及其应用
- 本发明公开用于检测芥菜裂叶基因连锁的KASP标记的核酸及其应用。其中该核酸包含用于检测由多个SNP位点组成的位点集的信息，该位点集选自由A10_18183785、A10_18413471、A10_18876551、A10...
- 王晓武常立春章力武剑梁建丽
- 文献传递
