刘振明
- 作品数：82 被引量：227H指数：5
- 供职机构：北京大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金河北省自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生理学化学工程生物学更多>>
- 磷脂生物代谢网络的对接重构计算被引量：1
- 2014年
- 目的:拟在分析蛋白的功能聚类和体内作用基础上,建立生物体内蛋白质的生理功能相关网络,相关研究结果有助于在基于整体生物学功能理解的基础上做出正确的选择。方法:通过多重对接策略构建生物功能网络,采用受体-配体相互作用强度分子指纹图谱揭示蛋白质未知的生物学功能以及它们之间的联系。结果:对包含27个蛋白酶和28个内源性生物活性分子的磷脂代谢网络进行了重构计算,从蛋白质–配基作用网络的重构和基于生物网络的分子设计两个方面研究了直接相互作用方法在实际生物体系中的有效性。结论:对于弱相互作用的生物体系,通过多次平行的对接计算和聚类分析方法可达到有效的排名和认定真正存在的相互作用的目的;本研究所建立的基于多重对接和受体-配体相互作用强度指纹图谱的生物网络重构计算策略可进一步作为一类有效的工具,广泛应用在蛋白质分类、靶标选择和抑制剂的设计中。
- 武治印刘振明
- 关键词：聚类分析
- 一种肾癌相关的类器官组合及其应用
- 本发明属于医药领域，公开了一种肾癌相关类器官组合及其应用，包括肾癌相关类器官的分组建立、筛选药物的选择、药物敏感性终点的确立，其中所述肾癌相关类器官来自肾癌患者体内，分别选自肾旁细胞、肾癌细胞以及肾癌癌栓组织，分别经过培...
- 孙晓娇雷艺芝刘振明张亮仁张树栋
- 文献传递
- 人多药耐药相关蛋白MRP4不同状态的分子模型（英文）
- 2016年
- ATP结合盒(ABC)转运蛋白中的多药耐药相关蛋白MRP4与多药耐药性的产生有关。多药耐药性的产生对于抗肿瘤和抗感染的治疗是一个很大的挑战。在一些MRP4高表达的肿瘤中,抑制MRP4的作用对影响肿瘤的进程和药物的耐药性都有显著效果。由于MRP4的结构信息非常有限,缺少X-射线晶体结构,同源模建是获得MRP4三维结构的一种有效的方法。我们主要基于秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)的P-gp,海栖热胞菌(Thermotoga maritima)的ABC转运蛋白TM287/288及金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的ABC转运蛋白Sav1866的结构分别建立了人MRP4的底物摄取态、底物转运态和底物释放态模型。模建的结构进一步进行能量最小化和分子动力学模拟优化,经过多种工具和服务器的验证证明了模建结构的合理性和可靠性。这些MRP4的结构可以用来研究MRP4结构和功能的关系,以及设计特定的膜转运蛋白调节剂(MTMA)。
- 陈亚金宏威张亮仁刘振明
- 关键词：同源模建分子动力学模拟
- 二酮酸类HIV-1整合酶抑制剂的构效关系研究
- ＜正＞～～
- 石雅玮刘振明金宏威张亮仁张礼和
- 关键词：HIV-1整合酶抑制剂药效团
- 文献传递
- CD38非共价键抑制剂的设计、合成与活性研究
- 目的设计与合成钙信号传导调控酶CD38的非共价键抑制剂。方法根据蛋白晶体结构建造药效团模型,采用逐级筛选的策略对商用小分子数据库进行虚拟筛选,并对先导化合物进行结构改造。结果与结论活性测试得到数个中等抑制活性的化合物,丰...
- 周伊司原琦刘振明张亮仁
- 关键词：CD38抑制剂
- 文献传递
- 人白细胞抗原DR4亚型蛋白的拮抗剂
- 本发明公开了人白细胞抗原DR4亚型蛋白(HLA－DR4)的拮抗剂。本发明人通过实验证实，式I化合物能内源性抗原肽对HLA－DR4限制性T细胞的活化，可以作为HLA－DR4拮抗剂的应用；式I中Ar选自苯基，乙酰苯基，C1－...
- 来鲁华刘莹刘振明李博栗占国李霞张翠华陈巧林
- 文献传递
- 咪康唑在预防血管破裂中的应用
- 本发明涉及咪康唑在制备预防血管出血药物中的应用。本发明还涉及咪康唑在血管外周细胞中，作为MMP9抑制剂的应用。本发明还涉及咪康唑在血管外周细胞中，作为ERK抑制剂的应用。本发明还涉及一种预防血管出血的药物组合物，主要药效...
- 熊敬维刘振明韩晶岩杨冉朱小君
- 文献传递
- 基于注意力机制神经网络的药物实体关系抽取方法及系统
- 本发明涉及一种基于注意力机制神经网络的药物实体关系抽取方法及系统。该方法包括：(1)解析药化文献的文本内容，以句子为基本单位分句，并对句子中的每个词进行向量化表示；(2)将向量化表示的结果输入循环神经网络，通过循环神经网...
- 张亮仁杨波刘振明宗晓琳胡建星
- 文献传递
- 基于支持向量机与层次分析法的中药方剂配伍分析被引量：8
- 2018年
- 组合用药是如今新药研究的一个热点,而中药是组合用药的经典实践。该文针对中药方剂配伍及其组成药物的相关性质进行计算研究,验证并探讨所得结果在指导配伍方面的可行性。中国中医科学院中药研究所中药新药设计课题组应用中医传承辅助平台（V2.0）构建了中药成方制剂的结构化数据库,其中包含4 012组方剂配伍、2 072种药物组分、26种药物属性、381种中医疾病与316种中医证候数据。在此数据集的基础上,该文采用支持向量机（SVM）分析方剂配伍数据,对药物配伍的可行性进行了预测建模;采用层次分析法（AHP）与聚类分析药物属性在方剂配伍合理性中的影响。计算结果显示,方剂-疾病与方剂-证候2个数据集在线性SVM模型下的功效预测准确率均可达90%左右,这2个数据集在线性SVM预测模型下的宏平均值与微平均值分别为0.92,0.46。并且在经过AHP映射处理后,大部分配伍禁忌组合在聚类冰柱图中与其他用药组合在聚类过程中显示出明显差别。表明采用合适的机器学习算法可以为未来进一步阐述中药组合规律以及建立更加详细的中药-病证预测模型奠定基础,为组合用药提供一定程度上的理论指导。
- 金滋力胡建星金宏威张亮仁刘振明
- 关键词：支持向量机层次分析法
- 基于卷积神经网络的药化实体识别方法及系统
- 本发明涉及一种基于卷积神经网络的药化实体词识别方法及系统。该方法包括：(1)将待识别药化实体的文献中的每一个词转换成词向量形式；(2)对每个词进行解析，通过字符级卷积神经网络提取每个词的字符级特征；(3)通过词级扩张卷积...
- 张亮仁杨波刘振明胡建星宗晓琳
- 文献传递
